一种检测阴沟肠杆菌O20型的引物及方法技术

本发明专利技术公开一种检测阴沟肠杆菌O20型的引物及方法，引物为两组核苷酸序列之一，第一组核苷酸序列的正向引物5’—AGAATCTTACACTGGCTTA—3’；反向引物5’—CTTAATACACCTGGCACA—3’；第二组核苷酸序列的正向引物5’—TTTGGCTATGGCCGTATT—3’；反向引物5’—GTGCAGATGCCTGATGAA—3’。在进行检测时，提取待检测样品的DNA，利用第一组核苷酸序列或者第二核苷酸序列作为引物进行PCR扩增，将扩增产物进行电泳检测。本发明专利技术避免采用传统鉴定方法缺点，检测阴沟肠杆菌O20型时间短、特异性强、灵敏度高。

Primer and method for detecting Enterobacter cloacae O20 type

The primer and the invention discloses a method for detection of Enterobacter cloacae O20, one of the two sets of primers for the nucleotide sequence, the first group of nucleotide sequence of the forward primer 5 'AGAATCTTACACTGGCTTA 3'; the reverse primer 5 'CTTAATACACCTGGCACA 3'; second groups of the nucleotide sequence of the forward primer 5 'TTTGGCTATGGCCGTATT 3'; the reverse primer 5 'GTGCAGATGCCTGATGAA 3'. During the detection, the DNA of the sample to be detected is extracted, and the PCR amplification is performed by using the first nucleotide sequence or the dinucleotide sequence as the primer, and the amplified product is detected by electrophoresis. The method avoids the disadvantages of traditional identification method, and has the advantages of short time, high specificity and high sensitivity of detecting O20 type of Enterobacter cloacae.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物检测
，具体涉及一种检测阴沟肠杆菌O20型的引物及方法。
技术介绍
阴沟肠杆菌(Enterobactercloacae)作为一种革兰氏阴性粗短杆菌，广泛存在于自然界中，在土壤、植物、昆虫及人和动物的粪便中均可检出，是人和动物肠道正常菌种之一，同时它也是一种重要的条件致病菌。近年来，由于第三、四代头孢菌素、碳青酶烯类等超广谱抗菌药物在临床上的广泛使用，该菌的耐药菌株日益增多，使得临床上对该菌引起的感染性疾病的治疗趋于复杂化。耐药菌株的出现的主要原因是未能在第一时间辨明病原菌，在不明病原菌的情况下，滥用药物。80年代以来，陆续有文献报道了对阴沟肠杆菌进行血清型分型、噬菌体分型、细菌素分型，以及生物型分型等手段。但以上分型方法只能联合使用，由于单独使用一种方法分型的重现性不理想和分型能力弱，不能很好地将阴沟肠杆菌进行准确分型。因此，临床上迫切需要一种快速、精准的检测手段，识别病原体，从而进行针对性治疗。
技术实现思路
本专利技术的目的在于克服现有技术的不足，提供一种针对阴沟肠杆菌O20型的检测引物及方法。该方法可用于阴沟肠杆菌O20型的PCR检测，具有检测时间短，成本低，检测结果特异性高，结果易判断，实用性强。本专利技术的技术目的是通过以下的技术方案实现的。一种检测阴沟肠杆菌O20型的引物为下述两组核苷酸序列之一，每组核苷酸序列由正向引物和反向引物组成：第一组核苷酸序列：正向引物(SEQIDNO.1)5’—AGAATCTTACACTGGCTTA—3’；反向引物(SEQIDNO.2)5’—CTTAATACACCTGGCACA—3’；第二组核苷酸序列：正向引物(SEQIDNO.3)5’—TTTGGCTATGGCCGTATT—3’；反向引物(SEQIDNO.4)5’—GTGCAGATGCCTGATGAA—3’。上述引物在检测阴沟肠杆菌O20型中的应用，即检测阴沟肠杆菌O20型的方法，首先提取待检测样品的DNA，并以样品DNA为模板，利用第一组核苷酸序列或者第二核苷酸序列作为引物进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，判断样品中是否含有阴沟肠杆菌O20型。在上述的检测方法中，采用第一组核苷酸序列作为引物时，若电泳结果在459bp位置出现单一条带，则说明样品中含有阴沟肠杆菌O20型；反之，则样品中不含阴沟肠杆菌O20型。在上述的检测方法中，采用第二组核苷酸序列作为引物时，若电泳结果在246bp位置出现单一条带，则说明样品中含有阴沟肠杆菌O20型；反之，则样品中不含阴沟肠杆菌O20型。在上述检测方法中，进行PCR扩增的反应体系为30μL的反应体系，具体为：10×PCRBuffer(含Mg2+)2.5μL；2.5mmol/L的dNTP1μL；Taq酶1.5-2.25U；10μmol/L的引物(即检测阴沟肠杆菌O20型的引物，第一组核苷酸序列代表的引物对或者第二组核苷酸序列代表的引物对)0.1-0.3μL；10-300ng/μL的样品DNA(即模板DNA)1μL；最后用灭菌超纯水补至30μL。在上述检测方法中，进行PCR扩增时，PCR反应程序为：95℃5min，1个循环；94℃30s,58℃-65℃45s,68℃1min，共35个循环；72℃7min，1个循环；4℃保存。在上述检测方法中，10μLPCR扩增产物进行1％琼脂糖凝胶电泳检测，在检测时从PCR扩增产物中进行取样检测，即PCR扩增的反应体系为PCR检测体系。与现有技术相比，本专利技术具有如下优点：采用本专利技术的检测方法检测阴沟肠杆菌O20型所需时间短、特异性强、灵敏度高。本专利技术避免了采用传统鉴定方法操作繁琐、耗时长、准确性低、检出率低等缺点。同时，本专利技术所涉及的仪器设备、试剂等较为常用，一般基层实验室即可开展检测工作，实用性更强。本专利技术所检测的靶点具有单一性，检测结果特异，易于判定，所需时间短、降低了检测成本，提高了检测效率。附图说明图1为实施例中PCR检测方法特异性评估实验凝胶电泳结果图。图2为实施例中PCR检测方法灵敏度评价实验凝胶电泳结果图。图3为实施例中临床样品检测凝胶电泳结果图。具体实施方式下面结合具体实施例进一步说明本专利技术的技术方案。实施例中未注明具体条件的实施方法，通常按照常规条件例如Sambrook等分子克隆，实验室手册(NewYork:ColdSpringHaborLaboratoryPress,1989)中所述的条件，或按照制造厂商所建议的条件。实验试剂蒸馏水Milli-Q系统，MilliporeCo.,USA10×PCRBuffer(含Mg2+)宝生物工程(大连)有限公司2.5mmol/L的dNTP宝生物工程(大连)有限公司Taq酶宝生物工程(大连)有限公司DL1000分子量标准宝生物工程(大连)有限公司100bpDNALadder分子量标准宝生物工程(大连)有限公司1％琼脂糖凝胶GenviewCo.,USA实验仪器恒温摇床上海世平实验设备有限公司分光光度计德国Eppendorf公司，BioPhotometer凝胶成像系统上海Tanon公司,GIS2010超纯水仪MilliporeCo.,USA离心机湖南湘仪实验室仪器开发有限公司公司H1650-W实验菌种菌名来源菌种原始编号阴沟肠杆菌EnterobactercloacaeO20株NCTC11589大肠杆菌EscherichiacoliO22CMCC44182沙门氏菌SalmonellatyphiO67株CMCC50071-9痢疾志贺氏菌ShigelladysenteriaeO1株CMCC51491鲍氏志贺氏菌ShigellaboydiiO2株CMCCC2CMCC：中国医学微生物菌种保藏管理中心，即中国医学细菌保藏管理中心，北京市东城区天坛西里2号；NCTC：NationalCollectionofTypeCultures,CentralPublicHealthLaboratory,London,UnitedKingdom英国国立标准菌种收藏中心。步骤一，设计针对阴沟肠杆菌O20型的特异性引物对，并由Invitrogen英潍捷基(上海)贸易有限公司合成。第一组核苷酸序列：正向引物5’—AGAATCTTACACTGGCTTA—3’；反向引物5’—CTTAATACACCTGGCACA—3’；第二组核苷酸序列：正向引物5’—TTTGGCTATGGCCGTATT—3’；反向引物5’—GTGCAGATGCCTGATGAA—3’。步骤二，DNA模板制备将阴沟肠杆菌O20型接种于5mL营养肉汤液体培养基(制备方法参考J.Sambrook等《分子克隆实验指南(第二版)》909页)中，于35℃恒温摇床中震荡培养12h增菌后，取1mL菌液，放入1.5mL无菌离心管中；12000r/min离心15min，弃尽上清液，加入500μL灭菌超纯水，用移液器轻轻吹打，重悬菌体，12000r/min离心15min，弃尽上清液，收集细菌；加入100μL灭菌超纯水，用移液器轻轻吹打，重悬菌体，置于沸水中煮15min，立即取出，在-20℃放置30min。随后35℃解冻，12000r/min离心15min，取上清液放置4℃备用或-20℃保存。步骤三，阴沟肠杆菌O20型特异性PCR检本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测阴沟肠杆菌O20型的引物，其特征在于，所述引物为下述两组核苷酸序列之一，每组核苷酸序列由正向引物和反向引物组成：第一组核苷酸序列：正向引物5’—AGAATCTTACACTGGCTTA—3’；反向引物5’—CTTAATACACCTGGCACA—3’；第二组核苷酸序列：正向引物5’—TTTGGCTATGGCCGTATT—3’；反向引物5’—GTGCAGATGCCTGATGAA—3’。

【技术特征摘要】
1.一种检测阴沟肠杆菌O20型的引物，其特征在于，所述引物为下述两组核苷酸序列之一，每组核苷酸序列由正向引物和反向引物组成：第一组核苷酸序列：正向引物5’—AGAATCTTACACTGGCTTA—3’；反向引物5’—CTTAATACACCTGGCACA—3’；第二组核苷酸序列：正向引物5’—TTTGGCTATGGCCGTATT—3’；反向引物5’—GTGCAGATGCCTGATGAA—3’。2.一种检测阴沟肠杆菌O20型的方法，其特征在于，检测阴沟肠杆菌O20型的方法，首先提取待检测样品的DNA，并以样品DNA为模板，利用第一组核苷酸序列或者第二核苷酸序列作为引物进行PCR扩增，然后将PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳检测，判断样品中是否含有阴沟肠杆菌O20型，采用第一组核苷酸序列作为引物时，若电泳结果在459bp位置出现单一条带，则说明样品中含有阴沟肠杆菌O20型；反之，则样品中不含阴沟肠杆菌O20型；采用第二组核苷酸序列作为引物时，若电泳结果在246bp位置出现单一条带，则说明样品中含...

【专利技术属性】
技术研发人员：李雅玥，王晓彤，李彤，
申请(专利权)人：天津市第三中心医院，
类型：发明
国别省市：天津;12