用于检测血液病相关基因变异的试剂盒制造技术

本发明专利技术提供一种用于检测血液病相关基因变异的试剂盒，该试剂盒包括用于基因捕获的探针，所述用于捕获的探针包括针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对ITD区域设计的探针，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQ ID NO:2所示核苷酸序列引物。根据本发明专利技术，在基于血液病相关基因变异的捕获测序方法中，能够同时稳定的检出基因SNV、CNV以及ITD。

Kit for detecting blood disease related gene variation

The present invention provides a kit for detecting blood disease related gene mutation, the kit includes a probe for gene trapping, for the capture probe includes a probe, SNV for regional design for regional design for CNV probe, ITD probe design area, such as SEQ ID common primer shown in NO:1 nucleotide sequences of primers and primer labels such as SEQ ID NO:2 nucleotide sequence represented by primer. According to the present invention, the detection of genes SNV, CNV, and ITD at the same time can be stably detected in a capture sequencing method based on a blood disease related gene mutation.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子体外诊断领域，具体涉及特别适用于检测血液病相关基因变异的试剂盒。
技术介绍
血液病是我国十大高发性恶性肿瘤之一，近年来发病率呈急剧上升的趋势。血液病的病因及发病机理至今未完全清楚，目前认为是多种环境与遗传因素互相作用的结果。研究显示，与血液病相关的基因，通常有数十个甚至数百个特定的基因，几乎所有恶性血液病都能检查到某种或多种基因变异，常见的基因变异类型有SNV(singlenucleotidevariant，单核苷酸变异)、CNV(CopyNumberVariation，拷贝数变异)及ITD(InternalTandemDuplications，内部串联重复)等。对基因变异的检测可以分析有利于治疗方案的确定和分析预后，稳定检测这些基因的变异对临床癌症的辅助诊断和个体化用药指导有重要意义。随着二代测序技术的发展，基于二代测序的平台的白血病相关基因变异检测方法成为主流，在临床上应用最广的方法为基于PCR平台的多重PCR技术，多重PCR是指在同一个PCR反应体系中加入多对引物，能够同时扩增出多个DNA片段的技术。目前，很多公司推出了多重PCR方法富集血液病相关基因区域的试剂盒，如LifeTechnologies的IonAmpliSeqAMLResearchPanel、Illumina的TruSightMyeloid、Qiagen的HumanMyeloidNeoplamsGeneReadDNAseqTargetedPanel等。但是这些试剂盒只能检测SNV，对于ITD和CNV，该类产品均不能准确检出，多重PCR测序的实用性受到很大限制。专利技术内容鉴于上述现有技术中存在的不足，本专利技术的目的在于提供一种用于检测血液病相关基因变异的试剂盒，使用该试剂盒进行基因检测，并通过高通量测序平台进行测序，能够同时稳定的检出基因SNV、CNV以及ITD。本专利技术的专利技术人为解决上述问题进行了深入研究，结果发现：在检测血液病相关基因变异时，通过使用基因捕获的探针，即针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对ITD区域设计的探针，公共引物如SEQIDNO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQIDNO:2～SEQIDNO:5所示核苷酸序列引物，可以同时稳定的检出基因SNV、CNV以及ITD。即本专利技术包括：1.一种用于检测血液病相关基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对ITD区域设计的探针，公共引物如SEQIDNO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQIDNO:2～SEQIDNO:5所示核苷酸序列引物。2.根据项1所述的试剂盒，其中，所述基因捕获的探针是生物素化的。3.根据项1或2所述的试剂盒，其中，所述基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。4.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。5.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒还包括用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的清洗液。6.根据项1所述的试剂盒，其中，所述试剂盒用于在血液病相关基因的基因捕获测序中进行基因捕获；优选地，所述基因捕获测序用于检测血液病相关基因的SNV、CNV、以及ITD。7.一种检测血液病相关基因变异的检测方法，其中，使用项1～6中任一项所述试剂盒进行基因捕获。8.一种用于检测血液病相关基因变异的二代测序DNA文库的构建方法，其中，包括对构建的文库进行基因捕获的步骤，其中所述基因捕获使用项1～6中任一项所述的试剂盒进行。9.一种捕获探针，其中，所述基因捕获的探针包括针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、和/或针对ITD区域设计的探针。有益效果：相对于现有方法，本专利技术的试剂盒能够同时检测更多的区域，同时检测出基因SNV、CNV及ITD。附图说明图1显示利用本专利技术的方法及试剂盒检测到CNV的结果示意图。专利技术的具体实施方式本说明书中提及的科技术语具有与本领域技术人员通常理解的含义相同的含义，如有冲突以本说明书中的定义为准。一方面，本专利技术提供一种用于检测血液病相关基因变异的的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对ITD区域设计的探针，公共引物如SEQIDNO:1所示核苷酸序列引物(如下表)，以及标签引物如SEQIDNO：2～SEQIDNO:5所示核苷酸序列引物(如下表)。优选地，所述用于捕获探针是生物素化的。这样，可以使用链霉亲和素标记的固相载体将捕获了目标基因后的探针分离出来，所述固相载体优选为磁珠。优选地，本专利技术的基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。优选地，本专利技术的试剂盒还包括用于杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。优选地，本专利技术的试剂盒还包括用于洗脱物理吸附或非特异性杂交的清洗液，它们用于提高基因捕获的特异性。优选地，本专利技术的试剂盒还包括用于对于捕获到的目标基因进行扩增的引物。优选地，本专利技术的试剂盒用于在血液病相关基因的基因捕获测序中进行基因捕获，更优选地，所述基因捕获测序用于检测血液病相关基因的SNV、CNV、以及ITD。本专利技术的试剂盒中的各个组分优选独立地包装于容器中，但在不影响使用的前提下，也可以将其中的一些组分合并包装。在本说明书中，SNV(singlenucleotidevariant，单核苷酸变异)是一种体细胞单核苷酸突变；CNV(CopyNumberVariation，拷贝数变异)是指由基因组发生重排而导致的,一般指长度为1kb以上的基因组大片段的拷贝数增加或者减少；ITD(InternalTandemDuplications，内部串联重复)是一种染色体结构变异，在这里，是指FLT3基因在近膜区域发生的基因序列片段的插入。在本说明书中，血液病基因是指可用作辅助诊断血液病，指导血液病用药和/或预测血液病预后的基因。通常认为，罹患血液病的患者中，该基因具有特定的变异结果，例如，该基因的变异可以为SNV、CNV和ITD中的一种或两种或三种。在本说明书中，所述基因捕获的探针还可以包括针对目标疾病相关的其他基因的探针。与疾病相关的其他基因是指：在目标疾病中可能发生各种类型突变的基因，其可用作诊断目标疾病、指导目标疾病用药和/或预测预后的基因，但在罹患目标疾病的患者的细胞的基因组中，该基因的特定的结构变异不常见或不具备临床意义。本专利技术提供一种用于血液病相关基因变异的二代测序DNA文库的构建方法(本专利技术的建库方法)，该方法使用了本专利技术的试剂盒进行，可用于血液病相关基因的变异检测。因此，在另一方面，本专利技术还提供一种检测血液病相关基因的检测方法，包括对构建好的文库进行基因捕获的步骤，其中，基因捕获使用本专利技术的试剂盒进行。具体包括步骤如下：步骤A：提取血液样本基因组DNA，获得基因组DNA；步骤B：将提取的基因组DNA进行打断，获得打断后的DNA片段；步骤C：将打断后的DNA片段进行末端修复，得到平末端DNA；步骤D：将平末端DNA片段进行3'端加A，得到3'端加A的DNA片段；步骤E：将3'端加A的DNA片段进行加接头，得到加接头的DNA片段；步骤F：将加接头的DNA片段进行PCR，得到文库；步本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于检测血液病相关基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对ITD区域设计的探针，公共引物如SEQ ID NO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQ ID NO:2～SEQ ID NO:5所示核苷酸序列引物。

【技术特征摘要】
2016.12.27 CN 20161122582631.一种用于检测血液病相关基因变异的试剂盒，其包括用于基因捕获的探针，所述基因捕获的探针包括：针对SNV区域设计的探针、针对CNV区域设计的探针、针对ITD区域设计的探针，公共引物如SEQIDNO:1所示核苷酸序列引物，以及标签引物如SEQIDNO:2～SEQIDNO:5所示核苷酸序列引物。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述基因捕获的探针是生物素化的。3.根据权利要求1或2所述的试剂盒，其特征在于，所述基因捕获试剂盒还包括链霉亲和素标记的磁珠。4.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述试剂盒还包括用于提供杂交捕获反应的离子环境的缓冲液。5.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：刘伟，魏少华，侯光远，陈玥茏，刘卉，玄兆伶，李大为，梁峻彬，陈重建，
申请(专利权)人：安诺优达基因科技北京有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11