一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法技术

本发明专利技术公开了一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物，通过6对大片段扩增用特异性引物对、9对基因组步移用特异性引物对和5条基因组步移用特异性引物以双棘黄姑鱼基因组DNA为模板进行PCR扩增获得线粒体全基因组序列，可为双棘黄姑鱼的保护遗传学、进化遗传学及优良养殖品种的分子标记辅助选择提供物质基础。

A primer of nibeadiacanthus mitochondrial genome sequences and amplification method

The invention discloses a whole genome amplification primer sequences of nibeadiacanthus mitochondria, through 6 pairs of large fragments were amplified using specific primers and 9 pair of specific primers of genome transfer step and 5 step to apply genome specific primers of nibeadiacanthus genomic DNA as template for PCR amplification of whole genome the sequence of mitochondria, provide the material basis for molecular marker assisted selection of nibeadiacanthus conservation genetics, evolutionary genetics and breeding excellent varieties.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因工程
，特别涉及一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物及其扩增方法。
技术介绍
双棘黄姑鱼(Protonibeadiacanthus)隶属鲈形目,石首鱼科，原黄姑鱼属,俗称黑鮸、赤鮸,是近海暖温性底层鱼类。主要分布于朝鲜、日本、东南亚及中国沿海,为近海中下层鱼类。双棘黄姑鱼具有生长快速、病害少、适应性强、易于养殖和鳔大等优点，是深水网箱或池塘养殖的理想品种之一，发展前景广阔。双棘黄姑鱼体型较大，养殖1年可达到商品规格，2年可达2～2.5Kg。早在2004年，双棘黄姑鱼的人工育苗获得成功，目前已在我国浙江、福建和广东沿海网箱广泛普及。人工养殖的双棘黄姑鱼存在着种质退化、病害频发和养殖效益下降等问题。因此，为保护这一优良海水养殖品种，系统的研究与合理的开发利用显得极为重要。关于双棘黄姑鱼的系统发育，朱元鼎等(1963)和成庆泰(1987)依据鳔和耳石的特征将双棘黄姑鱼归于黄姑鱼属。但是有学者提出异议，认为双棘黄姑鱼应为双棘原黄姑鱼，归入原黄姑鱼属。由于石首鱼科分类所采用的形态、计数和解剖特征不一致，双棘黄姑鱼的分类归属问题仍然存在一定争议。线粒体基因组是生物重要的遗传物质，其中后生动物线粒体DNA为典型的环状双链分子结构，长度大多在14-18kb之间，编码37个基因，包括13个蛋白质基因、22个tRNA以及12SrRNA和16SrRNA(WolstenholmeDR，1992，)。线粒体DNA是核外遗传物质,具有分子量小、结构简单、母系遗传等特点,成为生物多样性、群体遗传学与系统进化研究中的重要分子标记(LavouandMiya，2007)。目前，线粒体基因已作为种类鉴定和系统发育分析的重要分子标记，并且线粒体ND2、16SrRNA与Cytb基因、D-loop序列已被应用于水产动物中贝类(苏天凤，2007；汪桂玲，2009)、甲壳类(王成辉，2008)、鱼类(李林，2011；蒋宗良，2011)物种遗传多样性及系统发育关系分析。迄今为止还没有对双棘黄姑鱼的线粒体基因组序列与遗传保护相关的报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物，通过6对大片段扩增用特异性引物对、9对基因组步移用特异性引物对和5条基因组步移用特异性引物以双棘黄姑鱼基因组DNA为模板进行PCR扩增获得线粒体全基因组序列，可为双棘黄姑鱼的保护遗传学、进化遗传学及优良养殖品种的分子标记辅助选择提供物质基础。本专利技术还提供了双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增方法。本专利技术解决其技术问题所采用的技术方案是：一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物，包括6对大片段扩增用特异性引物对，6对大片段扩增用特异性引物对具体如下：第1对引物对的上游引物为：SEQIDNO.1所示的核苷酸序列(5'-AGTTGATAGTCCACGGCGTAAAG-3')，下游引物为：SEQIDNO.2所示的核苷酸序列(5'-GGGTAAGGTAAAGGTATTGGTGC-3')；第2对引物对的上游引物为：SEQIDNO.3所示的核苷酸序列(5'-TTTCTATCTATGCCTTGCTCTTTC-3')，下游引物为：SEQIDNO.4所示的核苷酸序列(5'-CCCCTGAGGAAGTTAGGAGTAAA-3')；第3对引物对的上游引物为：SEQIDNO.5所示的核苷酸序列(5'-TCCACCAATCACAAAGACATCG-3')，下游引物为：SEQIDNO.6所示的核苷酸序列(5'-GGTAGAGGCTTAGAAGTAGCACAA-3')；第4对引物对的上游引物为：SEQIDNO.7所示的核苷酸序列(5'-ACCGCTGCCCTAGGACACCT-3')，下游引物为：SEQIDNO.8所示的核苷酸序列(5'-GAATAGGGCAGAGGAGGTGAGA-3')；第5对引物对的上游引物为：SEQIDNO.9所示的核苷酸序列(5'-CTGATGAGCAGGTTGCCTAT-3')，下游引物为：SEQIDNO.10所示的核苷酸序列(5'-TTCTGTTTGGTCTGGTAGTGGG-3')；第6对引物对的上游引物为：SEQIDNO.11所示的核苷酸序列(5'-GGTAAGCTGACGACGGCGGTAT-3')，下游引物为：SEQIDNO.12所示的核苷酸序列(5'-CCAAGTAGCAGCTATGCATCAG-3')。作为优选，还包括9对基因组步移用特异性引物对，具体如下：第7对引物对的上游引物为：SEQIDNO.13所示的核苷酸序列(5'-CTTACACCGAGCAGCCATTC-3')，下游引物为：SEQIDNO.14所示的核苷酸序列(5'-GGCGTTGCCGGATCTGTATT-3')；第8对引物对的上游引物为：SEQIDNO.15所示的核苷酸序列(5'-ATCTTCACAGGAGGCTTTAC-3')，下游引物为：SEQIDNO.16所示的核苷酸序列(5'-GGTTAGTGTCCTGCAAGTCT-3')；第9对引物对的上游引物为：SEQIDNO.17所示的核苷酸序列(5'-TTCTGATTCTTCGGCCATCC-3')，下游引物为：SEQIDNO.18所示的核苷酸序列(5'-GTTAGTAGGCGGTTGTTGAG-3')；第10对引物对的上游引物为：SEQIDNO.19所示的核苷酸序列(5'-CCTCGTAGCAGTAGTTCTTC-3')，下游引物为：SEQIDNO.20所示的核苷酸序列(5'-ACTGACCGTGGCTGTAAGTT-3')；第11对引物对的上游引物为：SEQIDNO.21所示的核苷酸序列(5'-CTACTCAACACTGCCGTTCT-3')，下游引物为：SEQIDNO.22所示的核苷酸序列(5'-GTACCGGCATTAAGTCGTTC-3')；第12对引物对的上游引物为：SEQIDNO.23所示的核苷酸序列(5'-GGCGTTATCTACTGAGAAGC-3')，下游引物为：SEQIDNO.24所示的核苷酸序列(5'-TGAAACTTTGGGTCCCTACT-3')；第13对引物对的上游引物为：SEQIDNO.25所示的核苷酸序列(5'-CCGATTCAGGTGAGGATGAG-3')，下游引物为：SEQIDNO.26所示的核苷酸序列(5'-TCCCCCAGCATACATTAGTG-3')；第14对引物对的上游引物为：SEQIDNO.27所示的核苷酸序列(5'-TTTAAGTTGACGGGATGTTG-3')，下游引物为：SEQIDNO.28所示的核苷酸序列(5'-CAATAGGCTACCCTCGATTC-3')；第15对引物对的上游引物为：SEQIDNO.29所示的核苷酸序列(5'-TGCTTACGGAGCTTTCTAGG-3')，下游引物为：SEQIDNO.30所示的核苷酸序列(5'-CTTATTCTCGCCGCAGCTGG-3')。作为优选，还包括5条基因组步移用特异性引物，具体如下：第1条引物为：SEQIDNO.31所示的核苷酸序列(5'-CGAACCCAACCCGGAGAGAT-3')；第2条引物为：SEQIDNO.32所示的核苷酸序列(5'-CCCTCTAT本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物，其特征在于，包括6对大片段扩增用特异性引物对，6对大片段扩增用特异性引物对具体如下：第1对引物对的上游引物为：SEQ ID NO.1所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQ ID NO.2所示的核苷酸序列；第2对引物对的上游引物为：SEQ ID NO.3所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQ ID NO.4所示的核苷酸序列；第3对引物对的上游引物为：SEQ ID NO.5所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQ ID NO.6所示的核苷酸序列；第4对引物对的上游引物为：SEQ ID NO.7所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQ ID NO.8所示的核苷酸序列；第5对引物对的上游引物为：SEQ ID NO.9所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQ ID NO.10所示的核苷酸序列；第6对引物对的上游引物为：SEQ ID NO.11所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQ ID NO.12所示的核苷酸序列。

【技术特征摘要】
1.一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物，其特征在于，包括6对大片段扩增用特异性引物对，6对大片段扩增用特异性引物对具体如下：第1对引物对的上游引物为：SEQIDNO.1所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.2所示的核苷酸序列；第2对引物对的上游引物为：SEQIDNO.3所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.4所示的核苷酸序列；第3对引物对的上游引物为：SEQIDNO.5所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.6所示的核苷酸序列；第4对引物对的上游引物为：SEQIDNO.7所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.8所示的核苷酸序列；第5对引物对的上游引物为：SEQIDNO.9所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.10所示的核苷酸序列；第6对引物对的上游引物为：SEQIDNO.11所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.12所示的核苷酸序列。2.根据权利要求1所述的一种双棘黄姑鱼线粒体全基因组序列的扩增引物，其特征在于，还包括9对基因组步移用特异性引物对，具体如下：第7对引物对的上游引物为：SEQIDNO.13所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.14所示的核苷酸序列；第8对引物对的上游引物为：SEQIDNO.15所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.16所示的核苷酸序列；第9对引物对的上游引物为：SEQIDNO.17所示的核苷酸序列，下游引物为：SEQIDNO.18所示的核苷酸序列；第10对引物对的上游引物为：SEQIDNO.19所示的核苷酸序...

【专利技术属性】
技术研发人员：柴学军，胡则辉，王跃斌，朱云海，
申请(专利权)人：浙江省海洋水产研究所，
类型：发明
国别省市：浙江;33