一种自闭症致病基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒制造技术

一种自闭症的致病基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒，其特征在于，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC的漂洗液，0.1倍浓度的SSC的漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括282条RNA探针，所述的RNA探针序列如Seq ID No1～Seq ID No282。本发明专利技术提供的一种用于检测自闭症的致病基因、易感基因和可能相关基因的试剂盒，可同时检测6个疾病相关的致病/易感基因，可以为自闭症患病个体进行分子遗传学诊断，也可以对自闭症患者的父母亲再生育时进行新生儿的自闭症患病风险评估。

Autism pathogenic gene, susceptible gene and related gene mutation detection kit

A pathogenic gene and autism susceptibility genes and related gene mutation detection kit, which is characterized in that includes the following parts: RNA probe group, closed primer, buffer, RNA enzyme blocking solution, hybridization buffer, binding buffer, rinse 1 times the concentration of SSC, rinse 0.1 times the concentration of SSC, PCR reaction solution and TE buffer; RNA probe group includes 282 RNA probe, the probe sequence of Seq RNA ID No1 ~ Seq ID No282. The invention provides a method for detecting pathogenic gene and autism susceptibility genes and genes related to the kit, the simultaneous detection of susceptibility genes of 6 disease associated pathogenic / for autism prevalence individual molecular genetic diagnosis, can also be carried out on neonatal patients with autism when parents give birth again autism risk assessment.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因变异检测领域，尤其涉及一种自闭症致病基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒。
技术介绍
自闭症，又称孤独症(autism)或孤独性障碍(autisticdisorder)等，是广泛性发育障碍(pervasivedevelopmentaldisorder，PDD)的代表性疾病。自闭症对健康产生重大影响。对有自闭症患者的家族进行研究发现，儿童自闭症同胞患病率为2％～8％，是一般人群发病率的50～200倍。双生子研究则显示，同卵双生的同病一致率为60％，异卵双生的同病一致率为0。这些证据证明遗传因素是儿童自闭症发病的重要原因。目前国际上自闭症诊断主要是依赖于自闭症行为量表(AutismBehaviorChecklist，ABC)、儿童自闭症评定量表量表(ChildhoodAutismRatingScale，CARS)、自闭症诊断观察量表(AutismDiagnosticObservationScheduleGeneric，ADOS—G)和自闭症诊断访谈量表修订版(AutismDiagnosticInterview—Revised，ADI—R)，而这些诊断所需的信息基本来源于父母的对患病儿童的描述，导致信息存在很多偏差，容易造成漏诊和误诊。并且由于患儿出现症状的年龄往往早于2周岁，而以上量表仅适用于2周岁以上的儿童，因此导致自闭症确诊时患儿的大脑发育基本成熟，很难通过行为干预等治疗措施进行自闭症症状的缓解。准确地确定患者的基因型和表型数据，是精准医疗的前提，对自闭症患儿进行自闭症致病基因/易感/可能相关基因的检测，是有效诊断自闭症患者的必要前提，现有技术中，自闭症的基因的检测方法主要是通过sanger测序、荧光定量PCR、高通量测序等技术来实现，但这些技术一次只能检测少数位点(10个以内)或者只能检测单个基因拷贝数变化的区域，然而与自闭症遗传相关的基因已经报道了200多个，因此，采用sanger测序或者荧光定量PCR技术，要实现对这200多个基因进行全筛查，需要大量的费用。以sanger测序为例，按每个基因编码区域的长度平均为2000bp计算，sanger测序检测单个基因的成本约为人民币300元，总计需要大约人民币6万元。如此高昂的费用，是一般家庭所无法承受的；高通量测序可以对人的全基因组进行全部测序，但人类基因组的大小约为3Gb，进行全基因组测序总计约需90Gb测序数据，巨大的数据量要求所致高昂的测序成本(约1万元人民币)。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术的目的在于提供一种自闭症的基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒，可同时检测自闭症疾病相关的致病/易感基因/相关基因，可以为自闭症患病个体进行分子遗传学诊断。为了实现上述专利技术目的，本专利技术提供以下技术方案：本专利技术提供了一种自闭症的基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC漂洗液，0.1倍浓度的SSC漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括282条RNA探针，所述的RNA探针序列如SeqIDNo1～SeqIDNo282。优选的，所述的RNA探针组能特异性捕获自闭症致病基因、自闭症易感基因和自闭症可能相关基因；所述的自闭症致病基因包括CHD8和ASXL3；所述的自闭症易感基因包括TCF7L2和ZC3H4；所述的自闭症可能相关基因包括BSDC1和DLG2。优选的，所述引物正向引物序列为SeqIDNo283，所述引物正向引物序列为SeqIDNo284。优选的，所述的RNA探针为生物素标记的RNA探针。优选的，所述的封闭缓冲液成分包括人cot-1DNA、鲑鱼精DNA和特异性封闭引物。优选的，所述的特异性封闭引物的序列为SeqIDNo285～SeqIDNo290。优选的，所述的杂交缓冲液成分包括SSPE溶液、Denhardt溶液、EDTA和SDS。优选的，所述的结合缓冲液成分包括NaCl，Tris～HCl和EDTA。优选的，所述的RNA酶封闭液为RNA酶抑制剂。优选的，所述的1倍浓度的SSC漂洗液包括1倍浓度的SSC溶液和0.1％SDS；所述的0.1倍浓度的SSC漂洗液包括0.1倍浓度的SSC溶液和0.1％SDS。本专利技术的有益效果：本专利技术提供的一种用于检测自闭症的致病基因、易感基因和可能相关基因的试剂盒，可同时检测6个疾病相关的致病/易感基因，可以为自闭症患病个体进行分子遗传学诊断，也可以对自闭症患者的父母亲再生育时进行新生儿的自闭症患病风险评估。具体实施方式本专利技术提供了一种自闭症的致病基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC漂洗液，0.1倍浓度的SSC漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括282条RNA探针，所述的RNA探针序列如SeqIDNo1～SeqIDNo282。本专利技术提供的试剂盒，可同时检测6个疾病相关的致病/易感基因，可以为自闭症患病个体进行分子遗传学诊断，也可以对自闭症患者的父母亲再生育时进行新生儿的自闭症患病风险评估。本专利技术提供的试剂盒包括RNA探针组。所述的RNA探针组能特异性捕获自闭症致病基因、自闭症易感基因和自闭症可能相关基因。所述RNA探针组的浓度优选为150ng/μl。所述RNA探针组的体积优选为200μl。本专利技术中，所述自闭症致病基因、易感基因和可能相关基因的获取方法优选通过调研医学文献检索服务系统PUBMED上截止目前所有有关自闭症的遗传学研究的论文，确定了自闭症相关的2个致病基因和2个易感基因。通过对国际范围内最大规模自闭症家系的全外显子组测序，分析自闭症患者的新生突变和罕见遗传性突变所在基因功能，筛选出基因功能和脑、神经发育相关的基因2个。本专利技术中，所述的自闭症致病基因优选包括如下2个基因：CHD8和ASXL3。本专利技术中，所述的自闭症易感基因包括如下2个基因：TCF7L2和ZC3H4；本专利技术中，所述的自闭症可能相关基因包括如下2个基因：BSDC1和DLG2。本专利技术中，所述RNA探针组优选分为三类探针组，分别为能特异性捕获自闭症致病基因的探针组，能特异性捕获自闭症易感基因的探针组和能特异性捕获自闭症可能相关基因的探针组。本专利技术中，所述能特异性捕获自闭症致病基因的探针组的核苷酸序列如SeqIDNo1～SeqIDNo142所示。本专利技术中，所述能特异性捕获自闭症易感基因的探针组的核苷酸序列如SeqIDNo143～SeqIDNo213所示。本专利技术中，所述能特异性捕获自闭症可能相关基因的探针组的核苷酸序列如SeqIDNo214～SeqIDNo282所示。所述自闭症的致病基因、易感基因和相关基因与探针组对应关系如表1所示。表1自闭症的致病基因和相关基因与探针组对应关系本专利技术还提供了所述RNA探针组中探针的设计方法，优选包括以下内容：探针序列长度为55bp～120bp，且与目标区域序列一致；探针序列和目标区域序列的Tm值与探针序列和非目标区域序列Tm值的差值大于等于5℃；所述的探针自身形成发卡结构的Tm值小于等于47℃，所述的探针之间形成二聚体的Tm值小于等于47℃本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种自闭症的致病基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒，其特征在于，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC的漂洗液，0.1倍浓度的SSC的漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括282条RNA探针，所述的RNA探针序列如Seq ID No1～Seq ID No282。

【技术特征摘要】
1.一种自闭症的致病基因、易感基因和可能相关基因变异检测试剂盒，其特征在于，包括以下部分：RNA探针组，引物，封闭缓冲液，RNA酶封闭液，杂交缓冲液，结合缓冲液，1倍浓度的SSC的漂洗液，0.1倍浓度的SSC的漂洗液，PCR反应液和TE缓冲液；所述的RNA探针组包括282条RNA探针，所述的RNA探针序列如SeqIDNo1～SeqIDNo282。2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述的RNA探针组能特异性捕获自闭症的致病基因、自闭症易感基因和自闭症可能相关基因；所述的自闭症致病基因包括：CHD8和ASXL3；所述的自闭症易感基因包括TCF7L2和ZC3H4；所述的自闭症可能相关基因包括BSDC1和DLG2。3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于，所述的引物正向引物序列为SeqIDNo283，所述的引物正向引物序列为SeqIDNo284。4.根据权利要求1所述的试剂...

【专利技术属性】
技术研发人员：滕花景，梁加龙，李津臣，孙中生，
申请(专利权)人：中国科学院动物研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11