本发明专利技术公开了一组用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克的SNP位点，这些SNP位点分别位于：SSC1、2、5、7、9、12、14、23上，SNP名称分别为：H3GA0021245、ASGA0033017、ALGA0075620、ALGA0075780、INRA0025222、H3GA0006033、ASGA0024360、ASGA0011065、ASGA0042109、ASGA0090983、ALGA0016497、M1GA0016745、ASGA0089906、ALGA0040895、ALGA0075815、ALGA0099582、ALGA0066519、ALGA0075754、ALGA0075715、SIRI0001491共计20个SNP位点。本发明专利技术的20个SNP位点能够用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及动物分子生物技术及动物遗传育种领域，主要内容是开发一套分子标记用于加系杜洛克、台系杜洛克的鉴别。
技术介绍
中国是世界上养猪最早的国家之一，历史达几千年之久，猪在中国被誉为六畜之首。由于自然环境、经济条件和民俗文化的影响，中国的地方猪种资源丰富且各具特色，是世界猪种基因库中的宝贵资源。但迄今为止，用于品种鉴定的SNP标记组合以及个体识别的SNP标记组合还很少。随着猪高密度SNP芯片的应用、全基因组测序技术的普及和发展，及基因分型、测序成本的不断下降，建立基于DNA标记或全基因组序列的个体追踪溯源技术和品种鉴定技术成为可能。加系杜洛克、台系杜洛克是我国的养猪从业者对来自不同地区杜洛克的称呼，加系杜洛克表明该杜洛克来自加拿大，台系杜洛克则来自台湾，每个品系的杜洛克有各自的特点，比如说加系杜洛克更加注重增长速度，肉质。台系杜洛克更加注重体型，以双肌臀为主要特点。但是市场上大部分养猪从业者很难判定这个杜洛克到底是台系还是加系，主要是从购买者那里得知是什么品系。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供一种便宜，快速，方面的分子技术用于鉴别台系杜洛克、加系杜洛克。申请人利用加系杜洛克、台系杜洛克的全基因组60K信息，经过全基因组关联分析、筛选最后挑选出20个可用于加系杜洛克、台系杜洛克鉴别的SNP位点。本专利技术提供的技术方案如下：本专利技术提供一组可用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克的SNP位点。这些SNP位点分别位于：SSC(猪染色体，Susscrofachromosome)1、2、5、7、9、12、14、23上，SNP位点分别为：H3GA0021245、ASGA0033017、ALGA0075620、ALGA0075780、INRA0025222、H3GA0006033、ASGA0024360、ASGA0011065、ASGA0042109、ASGA0090983、ALGA0016497、M1GA0016745、ASGA0089906、ALGA0040895、ALGA0075815、ALGA0099582、ALGA0066519、ALGA0075754、ALGA0075715、SIRI0001491共计20个SNP位点。这20个SNP位点的位置信息如下表。表1:20个SNP位点在染色体上的位置。其中，SNP分别为：H3GA0021245位置的A或C、ASGA0033017位置的A或C、ALGA0075620位置的C或A、ALGA0075780位置的A或G、INRA0025222位置的A或G、H3GA0006033位置的A或G、ASGA0024360位置的G或A、ASGA0011065位置的G或A、ASGA0042109位置的G或A、ASGA0090983位置的G或A、ALGA0016497位置的G或A、M1GA0016745位置的G或A、ASGA0089906位置的G或A、ALGA0040895位置的G或A、ALGA0075815位置的G或A、ALGA0099582位置的G或A、ALGA0066519位置的G或A、ALGA0075754位置的G或A、ALGA0075715位置的G或A、SIRI0001491位置的A或C共计20个SNP位点。本专利技术的20个SNP位点能够用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克。附图说明图1为加系杜洛克、台系杜洛克成分分析结果展示。X轴：主成分1Y轴：主成分2；具体实施方式下面结合实施例并对照附图对本专利技术作进一步详细说明。本专利技术以加系杜洛克、台系杜洛克为研究材料，利用Illumina60KSNP芯片对这些杜洛克个体进行全基因组基因分型，分析并筛选出尽可能少的能够用于加系杜洛克、台系杜洛克鉴定的SNP标记组合。实验猪群：本专利技术使用的材料来自94头加系杜洛克个体、18头台系杜洛克个体。猪全基因组60KSNP基因型检测：从上述群体中的每个个体采集一小块耳组织样，以标准酚氯仿方法提取基因组DNA，将DNA溶解于TE缓冲液中。标准苯酚-氯仿法提取全基因组DNA，其具体步骤如下：1、将耳样剪碎，放入1.5mlEP管中，加入350ul裂解液、20ul蛋白酶K和0.9ulRNaseA，混匀。2、在热孵育器中，55℃过夜。(刚开始可每隔30min摇晃一次)3、取出EP管，加入等体积Tris平衡苯酚，用力摇晃3min；12000g，离心10分钟。4、轻轻吸取上清至一新的1.5mlEP管中。5、向上清中加入等体积苯酚/氯仿，用力摇晃2分钟；12000g，离心2分钟。6、吸取上清至另一新的1.5mlEP管中，加入1/10体积的醋酸钠溶液和2.5倍体积的无水乙醇，摇匀。7、12000g，离心1分钟，尽可能吸除上层乙醇。8、加入1ml，70％乙醇漂洗DNA，用力摇匀，以去除残留的SDS和苯酚；9、12000g，离心1分钟，去除乙醇。10、将EP管倒置在吸水纸上，以吸干乙醇。(9、10可重复一次)11、用65℃预热的无菌ddH2O,35ul溶解DNA，-20℃保存。用Nanodrop-1000核酸蛋白分析仪对提取出来的DNA进行质量检测和浓度测定，A260/280比值在1.8-2.0，A260/230比值在1.7-1.9判定为合格。合格的DNA样品统一稀释成50ng/μL，利用IlluminaInfiniumSNP分型平台，订购PorcineSNP60DNAAnalysisKit芯片，根据IlluminaInfinium的使用说明和标准流程进行芯片杂交与结果扫描，通过GenomeStudio软件读取基因型数据。用PLINKv1.07对获得的基因型数据进行质量控制，剔除检出率<99.7％、次等位基因频率(minorallelefrequency，MAF)<0.01或偏离哈代温伯格平衡(Hardy–WeinbergEquilibrium，HWE)P≤10-6的SNP标记，排除检出率<90％、家系孟德尔错误率高于0.1的个体，最后有48165个SNP和112个个体用于数据分析。全基因组关联(GWAS)分析，使用plink软件对加系杜洛克和台系杜洛克开展Case-Control分析，加系杜洛克为Case，台系杜洛克为Control。采用Bonferroni法确定在加系杜洛克、台系杜洛克猪中存在显著差异的SNP位点，基因组水平显著阈值为0.05除以有效SNP位点数量，即0.05/48165＝1.04e-6；GWAS结果显示，top20的SNP位点分别位于：SSC(猪染色体)1、2、5、7、9、12、13、14、23上，用于加系杜洛克、台系杜洛克猪的鉴别。20个SNP位点在加系杜洛克、台系杜洛克中的基因型分布如表1所示。J开头的代表加系杜洛克，T开头的代表台系杜洛克。以SNP位点：H3GA0021245为例，在加系杜洛克个体中AA的比例很高，而在台系杜洛克群体中CC的比例最高。每个SNP位点在加系杜洛克和台系杜洛克的主要基因型都不一样，因此通过20个点的组合，便可以达到区分加系杜洛克和台系杜洛克的目的。主成分分析：为了检验该20个SNP位点鉴别加系杜洛克、台系杜洛克的准确性，我们用这20个SNP位点在94头加系杜洛克、18头台系杜洛克个体中进行了验证。主要使用R软对加系杜洛克和台系杜洛克进行主本文档来自技高网...
【技术保护点】
一组用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克的SNP位点，这些SNP位点分别位于：SSC1、2、5、7、9、12、14、23上，SNP位点分别为：H3GA0021245、ASGA0033017、ALGA0075620、ALGA0075780、INRA0025222、H3GA0006033、ASGA0024360、ASGA0011065、ASGA0042109、ASGA0090983、ALGA0016497、M1GA0016745、ASGA0089906、ALGA0040895、ALGA0075815、ALGA0099582、ALGA0066519、ALGA0075754、ALGA0075715、SIRI0001491共计20个SNP位点。
【技术特征摘要】
1.一组用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克的SNP位点，这些SNP位点分别位于：SSC1、2、5、7、9、12、14、23上，SNP位点分别为：H3GA0021245、ASGA0033017、ALGA0075620、ALGA0075780、INRA0025222、H3GA0006033、ASGA0024360、ASGA0011065、ASGA0042109、ASGA0090983、ALGA0016497、M1GA0016745、ASGA0089906、ALGA0040895、ALGA0075815、ALGA0099582、ALGA0066519、ALGA0075754、ALGA0075715、SIRI0001491共计20个SNP位点。2.如权利要求1所述的一组用于鉴别加系杜洛克、台系杜洛克的SNP位点，SNP分别为：H3GA0021245位置的A或C、ASGA00...
【专利技术属性】
技术研发人员：龙毅，万文峰，廖玲玲，李亮，吴有林，周盛昌，肖丽萍，敖大国，颜勇，周亚丽，刘自芹，
申请(专利权)人：广西柯新源原种猪有限责任公司，漳州傲农现代农业开发有限公司，福建傲农生物科技集团股份有限公司，井冈山傲新华富育种有限公司，乐山傲农康瑞牧业有限公司，湖北三匹畜牧科技有限公司，德州傲新育种有限公司，
类型：发明
国别省市：广西;45
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