CNTN4基因SNP位点的应用及其检测引物与试剂盒制造技术

本发明专利技术涉及生物技术领域，尤其涉及CNTN4基因SNP位点的应用及其检测引物与试剂盒。本发明专利技术通过全基因组关联分析分析发现了位于CNTN4基因上的达到全基因组关联分析显著水准的SNP位点rs12636975，基于此提供了一种评估阅读障碍人群风险的检测试剂盒以及检测方法，实验结果来自于中国人群，具有很强的中国人群适应性，研究样本量为目前最大。同时检测手段经济便捷，有利于在人群中大范围推广。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物
，尤其涉及CNTN4基因SNP位点的应用及其检测引物与试剂盒。
技术介绍
阅读障碍是一个基于特定神经组织的发育障碍，表现为阅读和拼写能力损伤，且不能通过认知能力发育迟缓或智力低下来解释。发展性阅读障碍是学龄儿童中最常见的一种学习障碍，且可以延续至成人期，可对其社会适应性造成影响。中国学龄期人群阅读障碍发生率为4％到13％。国际上普遍认为阅读障碍是遗传因素和环境因素综合作用的结果。现有技术中，对阅读障碍的诊断标准主要参照文献Siok,W.T.,Niu,Z.,Jin,Z.,Perfetti,C.A.&Tan,L.H.Astructural-functionalbasisfordyslexiainthecortexofChinesereaders.Proc.Natl.Acad.Sci.U.S.A.105,5561–6(2008)。按照语文成绩，阅读成绩和瑞文评分进行筛选。该方法操作繁琐、耗时较长。单核苷酸多态性(SingleNucleotidePolymorphism,SNP)是由单个核苷酸的改变而引起的DNA序列的改变，造成染色体基因组的多样性。SNP分布广、密度高，已成为继限制性片段长度多态性(RFLP)标志和微卫星即短串联重复(STR)标志后的第三代遗传标志，在肿瘤、糖尿病等复杂疾病的研究中起重要作用。其中，全基因组关联分析(GenomeWideAssociationStudy,GWAS)是研究这类复杂疾病易感基因的重要手段。遗传学研究表明遗传因素对阅读障碍有很大影响，约占整个表型变异的45％～75％。目前国内外不同人群的阅读障碍易感性研究，大部分是基于候选基因的研究，但国外人群的全基因关联分析研究，尚未发现具有显著意义的基因位点。而一些候选基因(如DYX1C1,DCDC2,KIAA0319,ROBO1,KIAA0319L,DOCK4,DRD2,ATP2C2,CMIP,GNPTAB,GNPTG和NAGPA)在中国人群中有验证研究。但是，中国人群的阅读障碍的全基因关联分析研究尚无报道，中国人群中也还没有一个大规模系统的阅读障碍全基因组关联分析研究，因而缺乏针对中国人阅读障碍的易感位点。因此，亦尚无针对中国人群的阅读障碍易感基因检测试剂盒。因此，在中国人群中在全基因组层面研究阅读障碍的易感基因，并且对相关易感位点进行检测，对于提高我国人口素质，降低阅读障碍的发生率将具有重要意义。
技术实现思路
有鉴于此，本专利技术要解决的技术问题在于提供CNTN4基因SNP位点的应用及其检测引物与试剂盒，本专利技术提供的引物与试剂盒适用于中国人群，准确性良好。本专利技术提供了CNTN4基因SNP位点rs12636975在制备评估人群阅读障碍风险的产品中的应用。本专利技术提供的CNTN4基因SNP位点rs12636975对评估中国人的人群阅读障碍风险具有更好的特异性。阅读障碍影响着人的生活、学习和事业，本专利技术研究发现，人群阅读障碍风险与基因类型有关，特别是CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型与阅读障碍关系密切。在阅读障碍全基因组关联分析研究方面，本专利技术是第一个完全以中国一般人群为研究对象，本专利技术通过分析4338个学龄儿童，发现一个新的SNP位点rs12636975与阅读障碍达到全基因组关联分析显著水准(2.31×10-8)，该位点位于CNTN4基因上。该基因位于3号染色体短臂，编码轴突相关细胞粘性因子即接触蛋白-4。现有研究提示CNTN4基因与神经发育异常有关，如自闭症等。本专利技术研究发现，CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型为TT或TC，则低阅读障碍风险；CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型为CC，则高阅读障碍风险。由于本专利技术的研究结果来自于中国人群，具有很强的中国人群适应性，且样本量为目前最大的研究。本专利技术还提供了一种评估人群阅读障碍风险的方法，根据CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型评估人群阅读障碍风险；CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型为TT或TC，则低阅读障碍风险；CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型为CC，则高阅读障碍风险。对CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型检测的方法可采用现有技术中的多种SNP检测技术，包括但不限于微阵列芯片法、Taqman法、质谱法、测序法、微测序、高分辨率溶解曲线法或联合应用以上方法。在本专利技术中，CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型的检测方法包括：步骤1：以待测样品的基因组DNA为模板，以SEQIDNO:1所示核苷酸序列的上游引物和SEQIDNO:2所示核苷酸序列的下游引物进行PCR扩增，获得扩增产物；步骤2：扩增产物经纯化后，以SEQIDNO:3所示核苷酸序列的单碱基延伸引物进行延伸，获得延伸产物；步骤3：延伸产物经纯化后，测定CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型。作为优选，步骤1中所述扩增体系中每个反应体系提及为5μl，具体包括：10×PCRbuffer0.5μl，MgCl2(25mM)0.4μl，dNTPmix(25mM)0.1μl，HotStarTaq(5U/μl)0.1μl，无酶水1.9μl，PCRprimermix1μl，待测DNA样品1μl。作为优选，待测样品的基因组DNA溶液的浓度为20-50ng/μL。作为优选，步骤1中所述扩增的程序为：作为优选，步骤2中所述纯化为去除游离dNTPs，采用虾碱性磷酸酶处理。虾碱性磷酸酶处理的体系包括：5μL扩增产物，1.53μl无酶水，0.17μlSAPBuffer(10×)，0.3μlSAPEnzyme(1.7U/μl)。虾碱性磷酸酶处理的反应条件为37℃孵育40min，85℃保持5min，4℃保持。作为优选，步骤2中所述延伸的体系为：无酶水0.619μl，单碱基延伸引物0.94μl，iPLEXBufferplus0.2μl，iPLEXterminator0.2μl，iPLEXenzyme0.041μl。作为优选，步骤2中所述延伸的程序为：作为优选，步骤3中所述纯化采用树脂纯化。经树脂纯化后，经芯片点样，质谱分析，结果用TYPER4.0软件(Sequenom)分型并输出结果。本专利技术提供的方法能够准确检测CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型，所用引物具有良好的特异本文档来自技高网...

【技术保护点】
CNTN4基因SNP位点rs12636975在制备评估人群阅读障碍风险的产品中的应用。

【技术特征摘要】
1.CNTN4基因SNP位点rs12636975在制备评估人群阅读障碍风险的产
品中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用，其特征在于，所述人群阅读障碍风险为
中国人的人群阅读障碍风险。
3.一种评估人群阅读障碍风险的方法，其特征在于，根据CNTN4基因
SNP位点rs12636975的基因型评估人群阅读障碍风险；
CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型为TT或TC人群，较CC基
因型人群阅读障碍风险低。
4.根据权利要求3所述的评估人群阅读障碍风险的方法，其特征在于，
所述CNTN4基因SNP位点rs12636975的基因型的检测方法包括：
步骤1：以待测样品的基因组DNA为模板，以SEQIDNO:1所示核苷酸
序列的上游引物和SEQIDNO:2所示核苷酸序列的下游引物进行PCR扩增，
获得扩增产物；
步骤2：所述扩增产物经纯化后，以SEQIDNO:3所示核苷酸序列的单
碱基延伸引物进行延伸，获得延伸产物；
步骤3：所述延伸产物经纯化后，测定CNTN4基因SNP位点rs1263...

【专利技术属性】
技术研发人员：孙义民，王斌，周禹稀，
申请(专利权)人：博奥颐和健康科学技术北京有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11