一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记及方法和应用技术

本发明专利技术公开了一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记。本发明专利技术还公开了一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记引物，本发明专利技术还公开一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记方法。本发明专利技术提供的分子遗传标记不受猪的年龄、性别等限制，可用于本土黑毛家猪纯种的早期选育，也可以对未知来源的猪肉样品进行猪种及毛色的鉴别与遗传关系推断。筛选方法准确，操作简单，成本低，效率高。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于动物基因工程与分子生物学
，具体涉及一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记，本专利技术还涉及一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记引物，本专利技术还涉及一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记方法，本专利技术还涉及一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记的应用。
技术介绍
猪与人类的关系密不可分，并在人类进化的各个时期都扮演了重要角色。直到今天，养猪仍是很多贫困地区致富的有效途径。据联合国粮农组织对世界粮食与农业动物遗传资源状况的统计，全世界大约有十亿头家猪，每七个人一头。亚洲家猪数量占世界的66％，其中绝大多数在中国，而越南、印度和菲律宾也有相当数量的家猪分布。欧洲及高加索拥有家猪数量占世界20％，美洲占15％。全世界家猪品种大约有541种，占所记录世界哺乳类品种数的12％。亚洲家猪品种最多占世界的41％，其次为欧洲与高加索地区，大概占世界32％；其余地区占剩余的15％。(联合国粮食与农业组织，2007)。目前全世界分布最广的五大品种全部来自欧洲和北美，依次为英国大白猪(117个国家)、美国杜洛克(93个国家)、瑞典长白猪(91个国家)、美国汉普夏(54个国家)和德国皮特兰(35个国家)。东亚家猪的数量虽然庞大(超过世界总数的一半以上)，但没有一个品种分布排在前21位中。然而亚洲猪种对世界的贡献巨大，许多欧洲猪品种都含有中国家猪的血统。(联合国粮食与农业组织，2007)。中国是世界上家猪品种资源最丰富的国家之一，我国在20世纪80年代初完成的猪种资源普查，被认可后公布的地方品种有118个，国家承认并载入《中国猪品种志》的地方品种有48个，培育品种12个，引入品种6个，合计66个(张仲葛,1986)。地方品种指原产于我国的土著品种，根据其来源、分布、体质、外形和生产性能分为六个类型；培育品种是利用我国的地方品种与国外引进良种杂交选育而成的新品种。引进品种则是由国外直接引入的品种。毛色对野猪和家猪都具有重要意义。驯化使家猪的毛色表型与野猪相比发生了显著的改变(Andersson,2001；Diamond,2002)。对野猪来说，毛色具有非常重要的生态与行为适应性，并至少提供了三大类的功能(隐蔽、交流、生理调控)(Stoneretal.,2003)。相反，家猪的毛色若受到人工选择作用，则主要代表人类的需求与文化偏好(InnanandKim,2004)。驯化会在分子水平留下人工选择或群体事件对驯化目标基因的印记。通过对比驯化基因在家猪与野猪中的变异模式与遗传多样性，可以了解家猪毛色变异的分子遗传基础。动物的皮毛之所以有丰富多彩的颜色，是体内含有多种色素造成的。动物体内的色素有多种，其中与毛色有关的主要是酪氨酸源性色素，并以黑色素及其衍生物最重要。分布于毛囊内的黑色素细胞是黑色素的制造者。首先经过一系列的酶学反应生成黑色素小体，并最终生成黑色素。黑色素又分为两种：一种是褐黑色素(phaeomelanin)，为易溶于碱性溶液的圆形红色颗粒，产生黄色和红色两种毛色；另一种是真黑色素(eumelanin)，由酪氨酸和苯丙氨酸经一系列氨化酶的作用形成，比褐黑色素难溶解，产生黑色与褐色两种颜色。真黑色素/褐黑色素的种类、含量与分布在动物皮毛中的多态性，导致了动物不同的毛色类型。目前对于猪的毛色类型还没有标准的分类原则，有多种不同的分类方法。根据现有资料整理，我们大致将猪的毛色分为以下十类。并且对国外家猪品种与中国家猪品种的主要毛色类型进行了统计，结果显示在统计的国外家猪54个品种中白色23个(占42.59％)，黑白花9个(占16.7％)，白色黑斑7个(占12.96％)，其余为暗红色或黑色。中国家猪72个土著品种中纯净黑色45个(占62.5％)，黑白花色25个(占34.72％)，白色仅2个(占2.7％)。猪的毛色虽然属于质量性状，但其遗传基础非常复杂，目前所知，猪的毛色至少受到8个经典遗传位点的控制。促黑素皮质激素受体1(Themelanocortinreceptor1，MC1R)基因已被确定是调控哺乳动物毛发颜色的关键基因。MC1R在毛发的黑色素生成中起到重要作用，有MC1R的信号存在能产生真黑色素，没有MC1R的信号存在则产生褐黑色素。MC1R的变异与许多家养动物毛色的相关性也开展了一些研究，例如猪、狗、鸡、猫、牛和兔子。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记，MC1R的功能主要表现在对真黑色素和褐黑色素的合成起关键性的调控作用，不同的MC1R基因SNP变异能导致不同的毛色。本专利技术的另一目的是提供一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记引物。本专利技术的另一目的是提供用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记方法，本专利技术人首次发现在中国本土黑毛家猪和野猪中存在两个SNP位点的差异，用常规分子生物学方法检测这两个位点的碱基类型，可以作为一种鉴定家猪血统以及猪肉样品是否是纯种本土黑毛家猪的分子生物学方法。本专利技术的另一目的是提供一种MC1R基因SNP标记在猪肉样品的鉴别与遗传关系中的应用。本专利技术所采用的第一技术方案是，一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记，基因MC1R的六个单倍型MC1R*1、MC1R*2、MC1R*3、MC1R*4、MC1R*5和MC1R*6的核苷酸序列分别如SEQIDNO.9、SEQIDNO.11、SEQIDNO.13、SEQIDNO.15、SEQIDNO.17及SEQIDNO.19所示，上述核苷酸序列所对应的氨基酸序列分别如SEQIDNO.10、SEQIDNO.12、SEQIDNO.14、SEQIDNO.16、SEQIDNO.18及SEQIDNO.20所示；其中，毛色、猪种与基因变异对应的关系如下表所示：其中，表中的变异位置是完整编码区中的实际变异位置；上表中各单倍型的核苷酸与氨基酸变异如下表所示：其中，表2中核苷酸变异位置是以472bp所测序列第一位为起点，完整编码区中的实际位置应在本位置上增加269个；氨基酸变异的实际位置应在本位置上增加90个。本专利技术所采用的第二技术方案是，一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记引物，该引物序列如下：正向引物MC1RF1，其核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，具体为：5'-ACCTGCACTCGCCCATGTACT-3'；反向引物MC1RR1，其核苷酸序列如SEQIDNO.4所示，具体为：5'-本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记，其特征在于，基因MC1R的六个单倍型MC1R*1、MC1R*2、MC1R*3、MC1R*4、MC1R*5和MC1R*6的核苷酸序列分别如SEQ ID NO.9、SEQ ID NO.11、SEQ ID NO.13、SEQ ID NO.15、SEQ ID NO.17及SEQ ID NO.19所示，上述核苷酸序列所对应的氨基酸序列分别如SEQ ID NO.10、SEQ ID NO.12、SEQ ID NO.14、SEQ ID NO.16、SEQ ID NO.18及SEQ ID NO.20所示；其中，毛色、猪种与基因变异对应的关系如下表1所示：表1 毛色、猪种与MC1R变异对应表其中，表中的变异位置是完整编码区中的实际变异位置；上表1中各单倍型的核苷酸与氨基酸变异如下表2所示：表2 各单倍型的核苷酸与氨基酸变异其中，表2中核苷酸变异位置是以472bp所测序列第一位为起点，完整编码区中的实际位置应在本位置上增加269个；氨基酸变异的实际位置应在本位置上增加90个。

【技术特征摘要】
1.一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记，其特征在于，基因MC1R
的六个单倍型MC1R*1、MC1R*2、MC1R*3、MC1R*4、MC1R*5和MC1R*6的核苷酸序
列分别如SEQIDNO.9、SEQIDNO.11、SEQIDNO.13、SEQIDNO.15、SEQIDNO.17
及SEQIDNO.19所示，上述核苷酸序列所对应的氨基酸序列分别如SEQIDNO.10、SEQ
IDNO.12、SEQIDNO.14、SEQIDNO.16、SEQIDNO.18及SEQIDNO.20所示；其中，
毛色、猪种与基因变异对应的关系如下表1所示：
表1毛色、猪种与MC1R变异对应表
其中，表中的变异位置是完整编码区中的实际变异位置；
上表1中各单倍型的核苷酸与氨基酸变异如下表2所示：
表2各单倍型的核苷酸与氨基酸变异
其中，表2中核苷酸变异位置是以472bp所测序列第一位为起点，完整编码区中的
实际位置应在本位置上增加269个；氨基酸变异的实际位置应在本位置上增加90个。
2.一种用于鉴别猪种及其毛色的基因MC1R的SNP标记引物，其特征在于，该引
物序列如下：
正向引物MC1RF1，其核苷酸序列如SEQIDNO.3所示，具体为：
5'-ACCTGCACTCGCCCATGTACT-3'；
反向引物MC1RR1，其核苷酸序列如SEQIDNO.4所示，具体为：
5'-GAGAGGTGCAGGAAGAAGGGT-3'。
3.一种用于鉴...

【专利技术属性】
技术研发人员：李晶，宁眺，陈善元，赵智勇，
申请(专利权)人：昆明学院，云南妙哉科技有限公司，
类型：发明
国别省市：云南;53