一种核酸扩增技术及其在蚊媒病毒检测中的应用制造技术

技术编号:14964332 阅读:113 留言:0更新日期:2017-04-02 18:43
本发明专利技术公开了一种核酸扩增技术及其在蚊媒病毒检测中的应用。本发明专利技术提供了一种检测待测样本中是否含有n种靶标RNA序列的方法,依次包括如下步骤:(1)提取待测样本的总RNA;(2)进行逆转录重组酶聚合酶扩增;(3)进行重组酶聚合酶扩增;n为自然数。本发明专利技术提供了一种引物探针组合,由序列表的序列1至18所示的引物、探针组成。本发明专利技术将微流控芯片、重组酶聚合酶扩增和核酸序列依赖性扩增结合起来,可以有效的解决微流控芯片检测限降低的问题。进一步,本发明专利技术提供了一种用于检测蚊媒病毒的试剂盒。本发明专利技术提供的试剂盒,可以一次性同时完成对六种蚊媒病毒的检测,具有灵敏度高、特异性好、快速便捷等优点,具有广泛的应用价值。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及一种核酸扩增技术及其在蚊媒病毒检测中的应用
技术介绍
聚合酶链式反应(PolymeraseChainReaction,PCR)是目前核酸检测最常用的一种检测技术,其检测结果准确、特异性高、重复性好。多重PCR是在PCR的基础上发展的一种可同时检测多个靶标基因的技术,一般多重PCR反应体系中至少有两对或两对以上的引物,可在一次反应中同时扩增出多个核酸片段,主要用于同时多个病原微生物的同时检测或鉴定。但由于多重PCR中有多条PCR引物,引物之间容易产生相互干扰,重数越多,内含的引物越多,互相之间产生干扰的几率越大,设计开发过程就越困难这成为多重PCR体系设计开发过程中的主要问题。为了避免同一反应内进行多重引物设计引起的巨大的设计开发困难,利用微流控芯片的物理分腔技术将同一PCR管内的多重反应简化为多个微型腔体内的单重反应,这大大简化了多指标的引物扩增体系开发流程。微流控芯片技术,是一种通过物理分腔,实现高通量检测的技术,可在一次检测中同时完成多个指标的检测,很好的解决了多重PCR引物设计中的难题,微流控芯片无需设计多重引物,且其有更大的定制自由度、通量可根据需要进行调节。然而,虽然采用物理分腔的方式大大简化了多通量体系开发,但同时也产生了一个较为严重的副作用。即多腔引起了加入样本模板的分流,导致其检测灵敏度变差,例如,24孔微流控芯片,有限的样本模板分别进入了24个反应受体,其检测限下降了24倍,这对其在临床上的应用是一大考验。蚊媒病毒在全世界分布广泛,是一种重要的传染病病原,一般通过蚊虫叮咬传播,传播速度快。近年来,世界各地不断有相关蚊媒病毒疫情爆发,主要包括寨卡病毒、基孔肯雅病毒、登革热病毒等。这些病毒感染,均会引起发热、关节痛等相似症状,很难从临床表现上判断是那种病毒感染。因此,蚊媒相关病毒的核酸检测至关重要。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种核酸扩增技术及其在蚊媒病毒检测中的应用。本专利技术首先提供了一种引物探针组合,为如下(a1)或(a2)或(a3):(a1)由引物探针组Ⅰ、引物探针组Ⅱ、引物探针组Ⅲ、引物探针组Ⅳ、引物探针组Ⅴ和引物探针组Ⅵ组成;(a2)由所述引物探针组Ⅰ、所述引物探针组Ⅱ、所述引物探针组Ⅲ、所述引物探针组Ⅳ、所述引物探针组Ⅴ和所述引物探针组Ⅵ中的任意两个、任意三个、任意四个或任意五个组成;(a3)所述引物探针组Ⅰ、所述引物探针组Ⅱ、所述引物探针组Ⅲ、所述引物探针组Ⅳ、所述引物探针组Ⅴ或所述引物探针组Ⅵ;所述引物探针组Ⅰ由引物ZIKV-F、引物ZIKV-R和探针ZIKV-P组成;所述引物ZIKV-F为如下(b1)或(b2);(b1)序列表的序列1所示的单链DNA分子;(b2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子;所述引物ZIKV-R为如下(b3)或(b4);(b3)序列表的序列2所示的单链DNA分子;(b4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子;所述探针ZIKV-P的核苷酸序列为如下(b5)或(b6);(b5)如序列表的序列13所示的单链DNA分子;(b6)将序列13经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列13具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅱ由引物CHIKV-F、引物CHIKV-R和探针CHIKV-P组成;所述引物CHIKV-F为如下(c1)或(c2);(c1)序列表的序列3所示的单链DNA分子;(c2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子;所述引物CHIKV-R为如下(c3)或(c4);(c3)序列表的序列4所示的单链DNA分子;(c4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子;所述探针CHIKV-P的核苷酸序列为如下(c5)或(c6);(c5)如序列表的序列14所示的单链DNA分子;(c6)将序列14经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列14具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅲ由引物DENV1-F、引物DENV1-R和探针DENV1-P组成;所述引物DENV1-F为如下(d1)或(d2);(d1)序列表的序列5所示的单链DNA分子;(d2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV1-R为如下(d3)或(d4);(d3)序列表的序列6所示的单链DNA分子;(d4)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV1-P的核苷酸序列为如下(d5)或(d6);(d5)如序列表的序列15所示的单链DNA分子;(d6)将序列15经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列15具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅳ由引物DENV2-F、引物DENV2-R和探针DENV2-P组成;所述引物DENV2-F为如下(e1)或(e2);(e1)序列表的序列7所示的单链DNA分子;(e2)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV2-R为如下(e3)或(e4);(e3)序列表的序列8所示的单链DNA分子;(e4)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV2-P的核苷酸序列为如下(e5)或(e6);(e5)如序列表的序列16所示的单链DNA分子;(e6)将序列16经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列16具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅴ由引物DENV3-F、引物DENV3-R和探针DENV3-P组成;所述引物DENV3-F为如下(f1)或(f2);(f1)序列表的序列9所示的单链DNA分子;(f2)将序列9经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列9具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV3-R为如下(f3)或(f4);(f3)序列表的序列10所示的单链DNA分子;(f4)将序列10经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列10具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV3-P的核苷酸序列为如下(f5)或(f6);(f5)如序列表的序列17所示的单链DNA分子;(f6)将序列17经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列17具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅵ由引物DENV4-F、引物DENV4-R和探针DENV4-P组成;所述引物DENV4-F为如下(g1)或(g2);(g1)序列表的序列11所示的单链DNA分子;(g2)将序列11经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列11具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV4-R为如下(g3)或(g4);(g3)序列表的序列12所示的单链DNA分子;(g4)将序列12经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列12具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV4-P的核苷酸本文档来自技高网
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一种核酸扩增技术及其在蚊媒病毒检测中的应用

【技术保护点】
引物探针组合,为如下(a1)或(a2)或(a3):(a1)由引物探针组Ⅰ、引物探针组Ⅱ、引物探针组Ⅲ、引物探针组Ⅳ、引物探针组Ⅴ和引物探针组Ⅵ组成;(a2)由所述引物探针组Ⅰ、所述引物探针组Ⅱ、所述引物探针组Ⅲ、所述引物探针组Ⅳ、所述引物探针组Ⅴ和所述引物探针组Ⅵ中的任意两个、任意三个、任意四个或任意五个组成;(a3)所述引物探针组Ⅰ、所述引物探针组Ⅱ、所述引物探针组Ⅲ、所述引物探针组Ⅳ、所述引物探针组Ⅴ或所述引物探针组Ⅵ;所述引物探针组Ⅰ由引物ZIKV‑F、引物ZIKV‑R和探针ZIKV‑P组成;所述引物ZIKV‑F为如下(b1)或(b2);(b1)序列表的序列1所示的单链DNA分子;(b2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子;所述引物ZIKV‑R为如下(b3)或(b4);(b3)序列表的序列2所示的单链DNA分子;(b4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子;所述探针ZIKV‑P的核苷酸序列为如下(b5)或(b6);(b5)如序列表的序列13所示的单链DNA分子;(b6)将序列13经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列13具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅱ由引物CHIKV‑F、引物CHIKV‑R和探针CHIKV‑P组成;所述引物CHIKV‑F为如下(c1)或(c2);(c1)序列表的序列3所示的单链DNA分子;(c2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子;所述引物CHIKV‑R为如下(c3)或(c4);(c3)序列表的序列4所示的单链DNA分子;(c4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子;所述探针CHIKV‑P的核苷酸序列为如下(c5)或(c6);(c5)如序列表的序列14所示的单链DNA分子;(c6)将序列14经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列14具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅲ由引物DENV1‑F、引物DENV1‑R和探针DENV1‑P组成;所述引物DENV1‑F为如下(d1)或(d2);(d1)序列表的序列5所示的单链DNA分子;(d2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV1‑R为如下(d3)或(d4);(d3)序列表的序列6所示的单链DNA分子;(d4)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV1‑P的核苷酸序列为如下(d5)或(d6);(d5)如序列表的序列15所示的单链DNA分子;(d6)将序列15经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列15具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅳ由引物DENV2‑F、引物DENV2‑R和探针DENV2‑P组成;所述引物DENV2‑F为如下(e1)或(e2);(e1)序列表的序列7所示的单链DNA分子;(e2)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV2‑R为如下(e3)或(e4);(e3)序列表的序列8所示的单链DNA分子;(e4)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV2‑P的核苷酸序列为如下(e5)或(e6);(e5)如序列表的序列16所示的单链DNA分子;(e6)将序列16经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列16具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅴ由引物DENV3‑F、引物DENV3‑R和探针DENV3‑P组成;所述引物DENV3‑F为如下(f1)或(f2);(f1)序列表的序列9所示的单链DNA分子;(f2)将序列9经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列9具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV3‑R为如下(f3)或(f4);(f3)序列表的序列10所示的单链DNA分子;(f4)将序列10经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列10具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV3‑P的核苷酸序列为如下(f5)或(f6);(f5)如序列表的序列17所示的单链DNA分子;(f6)将序列17经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列17具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅵ由引物DENV4‑F、引物DENV4‑R和探针DENV4‑P组成;所述引物DENV4‑F为如下(g1)或(g2);(g1)序列表的序列11所示的单链DNA分子;(g2)将序列11经过一个或几个核苷酸的取...

【技术特征摘要】
1.引物探针组合,为如下(a1)或(a2)或(a3):(a1)由引物探针组Ⅰ、引物探针组Ⅱ、引物探针组Ⅲ、引物探针组Ⅳ、引物探针组Ⅴ和引物探针组Ⅵ组成;(a2)由所述引物探针组Ⅰ、所述引物探针组Ⅱ、所述引物探针组Ⅲ、所述引物探针组Ⅳ、所述引物探针组Ⅴ和所述引物探针组Ⅵ中的任意两个、任意三个、任意四个或任意五个组成;(a3)所述引物探针组Ⅰ、所述引物探针组Ⅱ、所述引物探针组Ⅲ、所述引物探针组Ⅳ、所述引物探针组Ⅴ或所述引物探针组Ⅵ;所述引物探针组Ⅰ由引物ZIKV-F、引物ZIKV-R和探针ZIKV-P组成;所述引物ZIKV-F为如下(b1)或(b2);(b1)序列表的序列1所示的单链DNA分子;(b2)将序列1经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列1具有相同功能的DNA分子;所述引物ZIKV-R为如下(b3)或(b4);(b3)序列表的序列2所示的单链DNA分子;(b4)将序列2经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列2具有相同功能的DNA分子;所述探针ZIKV-P的核苷酸序列为如下(b5)或(b6);(b5)如序列表的序列13所示的单链DNA分子;(b6)将序列13经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列13具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅱ由引物CHIKV-F、引物CHIKV-R和探针CHIKV-P组成;所述引物CHIKV-F为如下(c1)或(c2);(c1)序列表的序列3所示的单链DNA分子;(c2)将序列3经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列3具有相同功能的DNA分子;所述引物CHIKV-R为如下(c3)或(c4);(c3)序列表的序列4所示的单链DNA分子;(c4)将序列4经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列4具有相同功能的DNA分子;所述探针CHIKV-P的核苷酸序列为如下(c5)或(c6);(c5)如序列表的序列14所示的单链DNA分子;(c6)将序列14经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列14具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅲ由引物DENV1-F、引物DENV1-R和探针DENV1-P组成;所述引物DENV1-F为如下(d1)或(d2);(d1)序列表的序列5所示的单链DNA分子;(d2)将序列5经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列5具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV1-R为如下(d3)或(d4);(d3)序列表的序列6所示的单链DNA分子;(d4)将序列6经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列6具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV1-P的核苷酸序列为如下(d5)或(d6);(d5)如序列表的序列15所示的单链DNA分子;(d6)将序列15经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列15具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅳ由引物DENV2-F、引物DENV2-R和探针DENV2-P组成;所述引物DENV2-F为如下(e1)或(e2);(e1)序列表的序列7所示的单链DNA分子;(e2)将序列7经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列7具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV2-R为如下(e3)或(e4);(e3)序列表的序列8所示的单链DNA分子;(e4)将序列8经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列8具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV2-P的核苷酸序列为如下(e5)或(e6);(e5)如序列表的序列16所示的单链DNA分子;(e6)将序列16经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列16具有相同功能的DNA分子;所述引物探针组Ⅴ由引物DENV3-F、引物DENV3-R和探针DENV3-P组成;所述引物DENV3-F为如下(f1)或(f2);(f1)序列表的序列9所示的单链DNA分子;(f2)将序列9经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列9具有相同功能的DNA分子;所述引物DENV3-R为如下(f3)或(f4);(f3)序列表的序列10所示的单链DNA分子;(f4)将序列10经过一个或几个核苷酸的取代和/或缺失和/或添加且与序列10具有相同功能的DNA分子;所述探针DENV3-...

【专利技术属性】
技术研发人员:张岩盖伟邢婉丽宋翠丹程京
申请(专利权)人:博奥生物集团有限公司
类型:发明
国别省市:北京;11

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