粗基质中的核酸的检测制造技术

一种方法包括使粗基质与靶核酸物质的等温核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；在足以进行所述等温核酸扩增反应的条件下培育所述混合物，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

【技术实现步骤摘要】
本申请是中国专利技术专利申请，申请号：201080042456.4，题目：粗基质中的核酸的检测的分案申请。相关申请案交叉参考本申请案主张于2009年9月25日提出申请的美国专利公开案第61/245,758号的优先权，所述案件的全部内容以引用方式并入本文中。
本揭示内容涉及通过扩增方法检测粗基质中的核酸。
技术介绍
等温扩增方法能够使核酸靶标在几分钟内以特异性方式从痕量水平扩增到极高且可检测水平。所述等温方法(例如重组酶聚合酶扩增(RPA))可使基于核酸的诊断的应用扩大到例如重点照护测试与现场和消费者测试(fieldandconsumertesting)等新兴领域。所述技术的等温和宽温度范围可允许用户避免使用复杂的需求电力的仪器。
技术实现思路
本专利技术至少部分是基于以下发现：可不进行核酸提取和/或纯化在粗基质中检测各种病原性有机体。使用粗基质不进行核酸提取和/或纯化可为上述等温核酸扩增方法的优点增加简单试样制备的优点。在一些情形下，简单处理(例如碱裂解或裂解酶处理)对于检测即足够。在一些其它情形下，可以高敏感性检测有机体的靶核酸序列，而无利用常规裂解溶液预处理试样的任何需要。相反，使试样与等温扩增反应接触可足够以高敏感性检测有机体。在一个方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使粗基质与靶核酸物质的等温核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；在足以进行等温核酸扩增反应的条件下培育所述混合物，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使粗基质与靶核酸物质的核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；将所述混合物在低于95℃(例如，低于90℃、低于85℃、低于80℃、低于75℃、低于70℃、低于65℃、低于60℃、低于55℃、低于50℃、低于45℃或低于40℃)的温度下维持足以进行核酸扩增反应的时间，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使粗基质与靶核酸物质的核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；将所述混合物的摄氏温标温度改变小于30％(例如，小于25％、小于20％、小于15％、小于10％或小于5％)或小于20℃(例如，小于15℃、小于10℃、小于5℃、小于2℃或小于1℃)达足以进行核酸扩增反应的时间，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：实施混合物的等温反应以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩增反应的组份；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使混合物在最高80℃(例如，最高75℃、最高70℃、最高65℃、最高60℃、最高55℃、最高50℃、最高45℃或最高40℃)的温度下反应以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩增反应的组份；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。在另一方面中，本揭示内容的特征在于包括以下的方法：使混合物反应，同时将混合物的摄氏温标温度改变至多30％(例如，至多25％、至多20％、至多15％、至多10％或至多5％)或至多20℃(例如，至多15℃、至多10℃、至多5℃、至多2℃或至多1℃)以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩增反应的组份；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。在上述方面的一些实施例中，粗基质包括生物试样，例如血液、尿、唾液、痰、淋巴、血浆、精液、肺吸出物和脑脊液中的至少一者。在一些实施例中，生物试样包括至少一种选自由以下组成的群组的试样：咽拭子、鼻拭子、阴道拭子或直肠拭子。在一些实施例中，生物试样包含活检试样。在上述方面的一些实施例中，粗基质未经受裂解处理。在上述方面的一些实施例中，粗基质未用离液剂、洗涤剂或裂解酶制剂处理。在上述方面的一些实施例中，粗基质未经受高温(例如，80℃或更高、85℃或更高、90℃或更高或95℃或更高)热处理步骤。在上述方面的一些实施例中，粗基质未经受裂解处理且靶核酸物质是葡萄球菌(例如，金黄色葡萄球菌或耐甲氧西林的金黄色葡萄球菌(MRSA))核酸。在上述方面的一些实施例中，粗基质未经受裂解处理且靶核酸物质是支原体核酸。在上述方面的一些实施例中，粗基质可经受裂解处理。例如，用洗涤剂和/或裂解酶(例如噬菌体溶菌素(例如，链球菌C1噬菌体溶菌素(PlyC)))处理粗基质。在上述方面的一些实施例中，粗基质经受裂解处理且靶核酸物质是链球菌(例如，A组链球菌或B组链球菌)核酸。在上述方面的一些实施例中，粗基质经受裂解处理且靶核酸物质是沙门氏菌(例如，鼠伤寒沙门氏菌)核酸。在上述方面的一些实施例中，靶核酸是来自(例如)选自以下的细菌或来自本文所述另一细菌的细菌核酸：沙眼衣原体、奈瑟氏淋病双球菌、A组链球菌、B组链球菌、难辨梭状芽孢杆菌、埃希氏大肠杆菌、结核分枝杆菌、幽门螺杆菌、阴道加德纳氏菌、人型支原体、活动弯曲杆菌属、普雷沃氏菌属和红棕色单胞菌属。在上述方面的一些实施例中，靶核酸是哺乳动物核酸，例如核酸与肿瘤细胞有关。在上述方面的一些实施例中，靶核酸是(例如)来自HIV、流感病毒或登革病毒或来自本文所述另一病毒的病毒核酸。在上述方面的一些实施例中，靶核酸是(例如)来自白色念珠菌或本文所述另一真菌的真菌核酸。在上述方面的一些实施例中，靶核酸是(例如)来自毛滴虫或本文所述另一原生动物的原生动物核酸。在上述方面的一些实施例中，等温核酸扩增反应是重组酶聚合酶扩增。在一些实施例中，等温核酸扩增反应是转录介导的扩增、基于核酸序列的扩增、信号介导的RNA扩增、链置换扩增、滚环扩增、环介导的DNA等温扩增、等温多重置换扩增、解链酶依赖性扩增、单引物等温扩增、环解链酶依赖性扩增或切口和延长扩增反应。在上述方面的一些实施例中，反应条件包含(例如)浓度大于1％的聚乙二醇(PEG)。在另一方面中，本揭示内容的特征在于检测特定DNA或RNA物质的方法，其中使试样在未经离液剂、洗涤剂先前裂解处理、无高温热处理步骤或裂解酶制剂的情况下与反应再水合缓冲液或水合反应系统接触，并且扩增到可检测水平。在一些实施例中，靶核酸物质包括金黄色葡萄球菌或MRSA的基因组DNA。在一些实施例中，扩增方法是重组酶聚合酶扩增(RPA)方法。在一些实施例中，再水合缓冲液或完全再水合扩增环境中包括浓度大于1％本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种方法，其包含：使粗基质与靶核酸物质的等温核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；在足以进行所述等温核酸扩增反应的条件下培育所述混合物，由此提供产物；和确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。

【技术特征摘要】
2009.09.25 US 61/245,7581.一种方法，其包含：
使粗基质与靶核酸物质的等温核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；
在足以进行所述等温核酸扩增反应的条件下培育所述混合物，由此提供产物；和
确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。
2.一种方法，其包含：
使粗基质与靶核酸物质的核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；
将所述混合物维持在低于80℃的温度一段足以进行所述核酸扩增反应的时间，由此
提供产物；和
确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。
3.一种方法，其包含：
使粗基质与靶核酸物质的核酸扩增反应的组份接触，由此提供混合物；
使所述混合物的摄氏温标温度改变小于25％或15℃一段足以进行所述核酸扩增反
应的时间，由此提供产物；和
确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。
4.一种方法，其包含：
实施混合物的等温反应以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩
增反应的组份；和
确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。
5.一种方法，其包含：
使混合物于最高80℃的温度下反应以提供产物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物
质的核酸扩增反应的组份；和
确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。
6.一种方法，其包含：
使混合物反应，同时使所述混合物的摄氏温标温度改变至多25％或15℃以提供产
物，所述混合物包含粗基质和靶核酸物质的核酸扩增反应的组份；和
确定所述产物中是否存在所述靶核酸物质的指示物。
7.根据权利要求1到6中任一权利要求所述的方法，其中所述粗基质是生物试样。
8.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物试样包含至少一种选自由以下组成
的群组的试样：血液、尿、唾液、痰、淋巴、血浆、精液、肺吸出物和脑脊液。
9.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物试样包含至少一种选自由以下组成
的群组的试样：咽拭子、鼻拭子、阴道拭子或直肠拭子。
10.根据权利要求7所述的方法，其中所述生物试样包含活检试样。
11.根据权利要求1到10中任一权利要求所述的方法，其中所述粗基质未经受裂
解处理。
12.根据权利要求1到11中任一权利要求所述的方法，其中所述粗基质未经离液
剂、洗涤剂或裂解酶制剂处理。
13.根据权利要求1到12中任一权利要求所述的方法，其中所述粗基质未经受高
温热处理步骤。
14.根据权利要求1到13中任一权利要求所述的方法，其中所述靶核酸物质是葡
萄球菌(Staphylococcus)核酸。
15.根据权利要求14所述的方法，其中所述葡萄球菌是金黄色葡萄球菌(S.aureus)。
16.根据权利要求15所述的方法，其中所述金黄色葡萄球菌是耐甲氧西林
(methicillin)的金黄色葡萄球菌MRSA。
17.根据权利要求1到13中任一权利要求所述的方法，其中所述靶核酸物质是支
原体核酸。
18.根据权利要求1到10中任一权利要求所述的方法，其中所述粗基质经受裂解
处理。
19.根据权利要求18所述的方法，其中所述裂解处理包含用洗涤剂处理所述粗基
质。
20.根据权利要求18或19所述的方法，其中所述裂...

【专利技术属性】
技术研发人员：尼尔·A·阿姆斯，
申请(专利权)人：艾利尔圣迭戈公司，
类型：发明
国别省市：美国;US