大肠杆菌特异性抗体序列制造技术

本发明专利技术涉及一种与大肠杆菌菌株O25b抗原特异性结合的分离抗体，包括至少一个抗体重链可变区(VH)，所述抗体重链可变区(VH)包括图1所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，及任选进一步包括抗体轻链可变区(VL)，所述抗体轻链可变区(VL)包括图1所列CDR4至CDR6序列中的任一个序列，或包括前述CDR1‑6序列中任一个序列的功能活性CDR变体。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及一种与大肠杆菌(E.coli)菌株O25b抗原特异性结合、并以特异性CDR序列为特征的分离抗体。
技术介绍
脂多糖(LPS)是肠道细菌病原体表面最丰富的抗原。一般说来，LPS具有三个结构部分：i)脂质A(亦称为内毒素)，ii)核心寡糖，及iii)O-抗原。后者由3-6个糖的重复亚单位组成(取决于血清型)。脂质A和核心OS在一种单一的肠道细菌菌种中非常保守，但是，它们对抗体的接近性受到限制。另一方面，O-抗原高度可接近，但是，其结构非常多样(在大肠杆菌中，有～180种不同的O-型)。针对O-抗原的抗体能够与大肠杆菌表面结合，因此，它们被用于诊断(如流行病学研究的O-分型)以及作为治疗措施。但是，鉴于庞大的结构变化性，利用O-抗原特异性抗体进行广泛的保护非常麻烦。大肠杆菌引起的肠外感染很常见，发病率和死亡率都很高。最近出现的大肠杆菌多重耐药性(MDR)菌株导致的感染占大肠杆菌感染的很大一部分。由于这些MDR菌株已经演变出对大多数类别的临床相关抗生素具有抗性，因此，针对这些MDR菌株的治疗选择非常有限。因此，替代的治疗选择，如单克隆抗体(mAb)被动免疫法将来会具有巨大的潜力。过去数年来，出现了定义明确的MDR大肠杆菌无性系ST131-O25b:H4，其导致的感染占所有肠外大肠杆菌感染的大约10％，并占MDR大肠杆菌感染的大约一半(Peiranoetal.IntJAntimicrobAgents2010Apr；35(4):316-21；Rogersetal.JAntimicrobChemother2011Jan；66(1):1-14；Woodfordetal.FEMSMicrobiolRev2011Sep；35(5):736-55)。属于此系的菌株表现出有限的异质性，因此，可视为在抗原库方面非常类似。属于这一簇的大多数菌株表达O25b抗原，因此，编码合成此抗原的酶的特定基因(LPS合成基因座内)被用于鉴定此克隆(Clermontetal.JAntimicrobChemother2008May；61(5):1024-8)。或者，尽管正如基因差异所揭示，此系的O抗原与经典O25抗原不同(因此，被称为O25b)，但是，可以利用O25分型血清的凝集作用。但是，O25分型血清无法区分大多数非-MDRO25克隆和MDRO25b克隆。Rogers等人(JAntimicrobChemother2011Jan；66(1):1-14)描述了通过三个主要特征来检测大肠杆菌O25b-ST131菌株，即其血清组(O25b)、其系统发育组(B2)和其ST(ST131)。这些特征中的每一个均被公开用于辅助检测。各种分子技术被描述，即MLST、基于PCR的快速检测法、重复序列PCR和PFGE。包括各种免疫球蛋白的多克隆抗血清(针对O25a菌株而建立)已被用于确定O25抗原，而不是区分亚型。Jadhav等人(PLOSONE2011；6(3):e18063)描述了对与B2-O25b-ST131-CTX-M-15毒力/多重耐药型连接的O25b亚组呈阳性的菌株的毒性特点和基因亲和力。对人类临床分离物进行分析，将它们划分为各种血清型，并得到了毒性标记谱。采用抗O-抗原_——O1至O173的多克隆抗血清进行血清分型，对O25阳性菌株进行了鉴定。通过靶向rfbO25b亚组基因座的等位基因特异性PCR，对O25阳性菌株进一步开展基因分型。Mora等人(Int.J.AntimicrobialAgents2011；37(1):16-21)描述了产CTX-M-14大肠杆菌临床分离物中的某些克隆组的出现，其中有O25b：H4-B2-ST131。O分型用特异性O抗血清(多克隆)完成。Clermont等人(JAntimicrobChemother2008May；61(5):1024-8)公开了针对O25bST131大肠杆菌的等位基因特异性pabBPCR试验。Szijarto等人(FEMSMicrobiolLett2012；332:131-6)以LPS分子的核心结构为基础，描述了大肠杆菌菌株分离物的分子分型。利用靶向核心操纵子中的基因和分别对R1-4和K-12核心类型具有特异性的引物，采用PCR确定分离物的核心类型。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供特异性改善的针对大肠杆菌特别是MDR菌株的抗体，以用于预防或治疗由LPSO25b携带菌株引起的大肠杆菌感染。本专利技术进一步的目的是提供能够快速、可靠地诊断大肠杆菌(如MDR菌株)的手段和方法。本专利技术的目的通过本专利技术的主题实现。本专利技术提供一种与大肠杆菌菌株的O25b抗原特异性结合的分离抗体，包括至少一个抗体重链可变区(VH)，所述抗体重链可变区(VH)包括图1所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，或其功能活性CDR变体。本专利技术提供一种与大肠杆菌菌株的O25b抗原特异性结合的分离抗体，包括至少一个抗体重链可变区(VH)，所述抗体重链可变区(VH)包括按照Kabat编号系统命名的表1所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，或包括按照IMGT编号系统命名的表2所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，或包括它们的功能活性CDR变体。特别是，大肠杆菌菌株是MDR菌株。在下文中，除非另外说明，本专利技术涉及的是按照Kabat编号，即按照Kabat命名法确定(参见Kabatetal.,SequencesofProteinsofImmunologicalInterest,5thEd.PublicHealthService,U.S.DepartmentofHealthandHumanServices.(1991))的CDR序列，特别是表1列出的那些CDR序列(SEQID1-97)。很好理解的是，本专利技术及权利要求的范围还包括CDR区编号和命名不同的相同抗体和CDR，例如，按照IMGT系统(TheinternationalImMunoGeneTics,Lefrancetal.,1999,NucleicAcidsRes.27:209-212)定义的表2所列CDR区(SEQID98-183，及SEQID39)。特别是，抗体是A)选自由组员i)至xiv)组成的组，其中i)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID1组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID2组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID3组成的CDR3；ii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID7组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID8组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID9组成的CDR3；iii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID11组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID12组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID13组成的CDR3；iv)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID17组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID18组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID19组成的CDR3；v)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID23组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID24组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID25组成的CDR3；vi)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID29组成的CDR1；和本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与大肠杆菌菌株的O25b抗原特异性结合的分离抗体，包括至少一个抗体重链可变区(VH)，所述重链可变区(VH)包括按照Kabat编号系统命名的表1所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，或按照IMGT编号系统命名的表2所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，或它们的功能活性CDR变体。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.02.06 EP 14154158.1;2014.04.28 EP 14166200.71.一种与大肠杆菌菌株的O25b抗原特异性结合的分离抗体，包括至少一个抗体重链可变区(VH)，所述重链可变区(VH)包括按照Kabat编号系统命名的表1所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，或按照IMGT编号系统命名的表2所列CDR1至CDR3序列中的任一个序列，或它们的功能活性CDR变体。2.权利要求1所述的抗体，其是A)选自由组员i)至xiv)组成的组，其中i)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID1组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID2组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID3组成的CDR3；ii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID7组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID8组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID9组成的CDR3；iii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID11组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID12组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID13组成的CDR3；iv)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID17组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID18组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID19组成的CDR3；v)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID23组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID24组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID25组成的CDR3；vi)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID29组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID30组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID31组成的CDR3；vii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID34组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID35组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID36组成的CDR3；viii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID29组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID40组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID41组成的CDR3；ix)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID44组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID45组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID46组成的CDR3；x)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID50组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID51组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID52组成的CDR3；xi)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID50组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID55组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID56组成的CDR3；xii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID57组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID58组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID59组成的CDR3；xiii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID61组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID62组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID63组成的CDR3；xiv)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID66组成的CDR1；和b)由氨基酸序列SEQID67组成的CDR2；和c)由氨基酸序列SEQID68组成的CDR3；或B)一抗体，所述抗体是亲本抗体的功能活性变体，包括亲本抗体CDR1、CDR2或CDR3中任一个的至少一个功能活性CDR变体，所述亲本抗体是A的任一组员。3.权利要求1或2所述的抗体，包括a)选自图2所示任一VH序列的VH氨基酸序列，优选是抗体重链(HC)氨基酸序列的VH序列，所述抗体重链(HC)氨基酸序列是SEQID184至SEQID231中的任一序列或SEQID312至SEQID315中的任一序列；b)抗体重链(HC)氨基酸序列，其是SEQID184至SEQID231中的任一序列或SEQID312至SEQID315中的任一序列；或c)抗体重链(HC)氨基酸序列，其是SEQID184至SEQID231中的任一序列或SEQID312至SEQID315中的任一序列，而且进一步包括C-端氨基酸删除与/或Q1E点突变，如果VH序列的第一个氨基酸是Q的话。4.权利要求1至3任一项所述的抗体，其进一步包括抗体轻链可变区(VL)，所述抗体轻链可变区(VL)包括按照Kabat编号系统命名的表1所列CDR4至CDR6序列中的任一个序列，或按照IMGT编号系统命名的表2所列CDR4至CDR6序列中的任一个序列，或它们的功能活性CDR变体。5.权利要求4所述的抗体，其是A)选自由组员i)至xiv)组成的组，其中i)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID4组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID5组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID6组成的CDR6；ii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID10组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID5组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID6组成的CDR6；iii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID14组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID15组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID16组成的CDR6；iv)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID20组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID21组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID22组成的CDR6；v)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID26组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID27组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID28组成的CDR6；vi)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID20组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID32组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID33组成的CDR6；vii)是一种抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID37组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID27组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID38组成的CDR6；viii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID42组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID32组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID43组成的CDR6；ix)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID47组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID48组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID49组成的CDR6；x)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID53组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID32组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID54组成的CDR6；xi)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID57组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID32组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID54组成的CDR6；xii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID26组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID27组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID60组成的CDR6；xiii)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID64组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID65组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID38组成的CDR6；xiv)是一抗体，包括：a)由氨基酸序列SEQID69组成的CDR4；和b)由氨基酸序列SEQID70组成的CDR5；和c)由氨基酸序列SEQID71组成的CDR6；或B)一抗体，其是亲本抗体的功能活性变体，包括亲本抗体CDR4、CDR5或CDR6中任一个的至少一个功能活性CDR变体，所述亲本抗体是A的任一组员。6.权利要求4或5所述的抗体，包括选自图2所示任一VL序列的VL氨基酸序列，优选是抗体轻链(LC)氨基酸序列的VL序列，所述抗体轻链(LC)氨基酸序列是SEQID248至SEQID295中的任一序列或SEQID316至SEQID319中的任一序列，或包括抗体轻链(LC)氨基酸序列，所述抗体轻链(LC)氨基酸序列是SEQID248至SEQID295中的任一序列或SEQID316至SEQID319中的任一序列。7.权利要求1所述的抗体，其与O25a抗原和O25b抗原共享的表位交叉特异性结合，特别是，相对大肠杆...

【专利技术属性】
技术研发人员：E·纳吉，G·纳吉，V·西亚尔托，L·瓜查利亚，M·瓦斯克斯，
申请(专利权)人：阿尔萨尼斯生物科学有限责任公司，
类型：发明
国别省市：奥地利;AT