鉴定处于慢性损伤风险的肾异体移植物接受者的方法技术

一种鉴定处于慢性异体移植物损坏或间质性纤维化和肾小管萎缩(IF/TA)风险的肾异体移植物接受者的方法，该方法通过将预选的基因标志集的转录水平与对比标准的转录水平进行比较，如果所述预选的基因标志集的转录水平显著地高于所述对比标准的转录水平，诊断所述接受者处于慢性异体移植物损坏的风险。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及鉴定处于慢性损伤风险中的肾异体移植物(allograft)接受者的方法和用于本专利技术的试剂盒。所述方法包括分析从稳定功能肾异体移植物的早期活检物获得的转录组标志，以鉴定和治疗此类患者。
技术介绍
肾移植是美国进行的最常见的实体器官移植；在2010年进行了超过16,000例移植(2011SRTR数据报告)。尽管急性排斥的发生率降低了，尚没有实现在长期的异体移植物存活方面的进步(1-2)。慢性异体移植物损坏(CAD)，或未知原因的间质性纤维化和肾小管萎缩(IF/TA)是移植第一年后移植物损失的主要决定因素(3)。与IF/TA相关的临床和组织学事件对于移植物损失的预示性不好(4)，使得难以鉴定可受益于早期介入以防止纤维化发展的异体移植物。响应于肾功能障碍的异体移植物活检仍然是当前对慢性损伤的诊断途径，在这个阶段已经发展了不可逆的纤维化。有确实证据的是，肾异体移植物中的病理改变发生于功能改变之前(5)。程序性活检(protocolbiopsies)已经提示，具有稳定肾脏功能的移植物的百分之五十以上在1年时有IF/TA的迹象(6)。开发在移植后早期鉴定有风险移植物的预测性分析对于设计有目标的治疗介入是必不可少的。本专利技术人已经认识到，从移植后早期进行的程序性活检获得的分子改变发生于纤维化发展之前。根据本专利技术，已经开发了鉴定有渐进性损伤风险的异体移植物的预测性的基因集。这一发现允许在治疗性介入可预防IF/TA的时候鉴定有移植物损失风险的接受者。
技术实现思路
已经鉴定了13个基因的集，其对于1年时纤维化的发展和早期移植物损失是独立地有预测性的。所述基因集的高预测能力(AUC0.947)优于临床指标(AUC0.78)。常规组织学参数不能鉴定出纤维化进展的组织学正常的异体移植物，而所述预测性的基因集精确地辨别和鉴定了纤维化最终进展的组织学正常的异体移植物(AUC＝0.987)。该13个基因也精确地预测了早期移植物损失(2年和3年AUC分别为0.86和0.83)。使用独立的群组和两个独立的公众可获得的表达数据集验证了这一基因集的预测价值。在3个月时从稳定功能的肾异体移植物获得的基因集，与12个月时对慢性异体移植物损坏建立的标志物的发展是相关的，并被证明了优于鉴定有异体移植物损坏和损失风险的肾移植接受者的临床实践中当前使用的临床-病理变量。在一个方面中，本专利技术提供了鉴定处于慢性异体移植物损坏风险的肾异体移植物接受者的方法，包括提供在移植后3个月从肾异体移植物获得的活检样本的步骤。在进一步的方面中，本专利技术提供了用于选定的13基因标志集的引物，所述基因标志集包含基因KLHL13、KAAG1、MET、SPRY4、SERINC5、CHCHD10、FJX1、WNT9A、RNF149、ST5、TGIF1、RXRA和ASB15。在进一步的方面中，本专利技术提供了为治疗选择肾异体移植物接受者以降低慢性异体移植物损坏或IF/TA风险的方法，该方法通过将从异体移植物获得的预选的基因标志集的转录水平与对比表达文库的转录水平比较，以及如果所述预选的基因标志集的转录水平明显高于对比标准的转录水平，选择所述患者来治疗异体移植排斥或损坏。在本专利技术的另一个方面中提供了用于鉴定处于慢性肾损害或IF/TA风险的患者的基因标志集，所述基因标志集包含基因KLHL13、KAAG1、MET、SPRY4、SERINC5、CHCHD10、FJX1、WNT9A、RNF149、ST5、TGIF1、RXRA和ASB15。在更进一步的方面中，本专利技术提供了用于鉴定处于慢性异体移植物损坏风险的肾异体移植物接受者的试剂盒，该试剂盒在独立的容器中包含13成员的基因标志集的引物、缓冲剂、三种持家基因和阴性对照以及使用说明书。根据本说明书、权利要求和附图，本专利技术的这些和其他方面对于本领域的普通技术人员而言将是显而易见的。具体实施方式定义如本文使用的，术语“约”或“大约”通常是指对于值的类型和测量方法处于可接受的误差范围内。例如，它可意指在给定值或范围的20％之内，更优选10％之内，还最优选在5％之内。可选地，特别是在生物系统中，术语“约”是指在约一个log(即，一个数量级)之内，优选的在给定值的两个因数之内。本文公开的是一项使用唯一的和详细的临床、组织学和分子数据集，在预定时间点的系列程序性活检的前瞻性研究。已经鉴定并验证了在移植后3个月从稳定功能的肾异体移植物获得的基因集(基因标志集，KLHL13、KAAG1、MET、SPRY4、SERINC5、CHCHD10、FJX1、WNT9A、RNF149、ST5、TGIF1、RXRA、ASB15)。这个基因集可以用于预测慢性异体移植物损坏的进展。对于在几个患者群组中移植物损伤的组织学进展，以及在公众可获得的群组中的移植物损失，已经发现这种分子性风险基因标志在鉴定有风险的肾移植接受者方面优于临床-病理的变量。本专利技术提供了鉴定处于慢性异体移植物损伤风险的肾异体移植物接受者的方法，该方法采用了如本文描述的选定的基因标志集。具有13成员标志集表达升高的异体移植物接受者处于慢性异体移植物损伤的风险中。本专利技术提供了鉴定本文描述的此类患者的材料和方法。慢性异体移植物损伤的自然史已经揭示了移植后十二个月的早期和快速的组织学衰退(3)。在标准的和低风险肾脏中12个月时有害的组织学改变(纤维化和/或炎症)的存在与有害的长期异体移植物结局相关联(14-16)。具体地，12个月时慢性异体移植物损坏指数分值(CADI-12)≥2已在本文描述的群组和来自先前公开的群组中鉴定了3年时移植物损失风险的接受者(5,17)。由于在12个月后异体移植物中观察到的更多逐步的组织学衰退，一旦慢性异体移植物损坏已经建立，免疫治疗的介入很少会改变结局(3)。虽然更早时点的异体移植物组织学已经与慢性异体移植物神经病变(CAN)的进展和异体移植物损失(18)相关联，但将异体移植物分类为面临早期组织学衰退风险和后期移植物损失的、甚至是具有中度敏感性的临床-病理变量还未能被鉴定出来。例如，虽然群组的60％在3个月时具有低的CADI分值(0-1)，到12个月时，具有异体移植物损坏的组织学进展的患者的超过一半属于这个组，并且不能在3个月时单独通过组织学鉴定出来。也已经注意到在第一年内Banff分值(6)进展而没有肌酐的可检测的改变(19)。反之，已经报道了在3个月时观察到的组织学改变被12个月的评估逆转(20)。在本文公开的群组中，具有高CADI-3的异体移植物的40％改善为0-1的CADI-12。因此，本专利技术的13成员基因标志集的重要的临床应用是在适合介入的阶段鉴定有CAN发展和进展风险的肾脏的能力，该风险当前单独通过临床-病理参数是不可鉴别的。此外，与“一刀切(onesizefitsall)”免疫抑制策略相反，本文的基因集有潜力区分低风险的异体移植物接受者，所述受试者此后可从降低的免疫抑制受益。如许多个小组所显示的，慢性肾异体移植物损伤的原因是多样的和累加的(3，15)。这反映在相对大数量的基因上，所述基因在2个现有技术验证的群组中与有害的异体移植物结局相关。Einecke等人鉴定了组织基因标志(与组织损伤、TGF-β效应相关的886个基因)，对于移植后1-31年之间进本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴定处于慢性异体移植物损坏或间质性纤维化和肾小管萎缩(IF/TA)风险的肾异体移植物接受者的方法，所述方法包括以下步骤：(a)提供来自所述异体移植物的活检样本；(b)提供表达文库作为对比标准；(c)从所述活检样本分离mRNA；(d)从所述mRNA合成cDNA；(e)检测步骤(c)的预选的基因标志集的转录水平(f)将所述预选的基因标志集的转录水平与对比标准的转录水平比较，和(g)如果所述预选的基因标志集的所述转录水平高于所述对比标准的所述转录水平，将所述接受者诊断为处于慢性异体移植物损坏或IF/TA的风险。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2014.03.12 US 61/951,6511.一种鉴定处于慢性异体移植物损坏或间质性纤维化和肾小管萎缩(IF/TA)风险的肾异体移植物接受者的方法，所述方法包括以下步骤：(a)提供来自所述异体移植物的活检样本；(b)提供表达文库作为对比标准；(c)从所述活检样本分离mRNA；(d)从所述mRNA合成cDNA；(e)检测步骤(c)的预选的基因标志集的转录水平(f)将所述预选的基因标志集的转录水平与对比标准的转录水平比较，和(g)如果所述预选的基因标志集的所述转录水平高于所述对比标准的所述转录水平，将所述接受者诊断为处于慢性异体移植物损坏或IF/TA的风险。2.根据权利要求1所述的方法，其中所述选定的基因标志集包含基因KLHL13、KAAG1、MET、SPRY4、SERINC5、CHCHD10、FJX1、WNT9A、RNF149、ST5、TGIF1、RXRA和ASB15。3.根据权利要求2所述的方法，其包括如果所述预选的基因标志集的转录水平显著地高于所述对比标准的转录水平，治疗所述接受者来预防慢性异体移植物损坏或IF/TA。4.根据权利要求3所述的方法，其中所述治疗包括向被鉴定为处于慢性异体移植物损坏或IF/TA风险的接受者给予免疫抑制剂。5.根据权利要求4所述的方法，其中所述免疫抑制剂是环孢菌素。6.根据权利要求5所述的方法，其中所述治疗包括通过向所述接受者施用血管紧张肽转化酶来治疗被鉴定为处于慢性异体移植物损坏或IF/TA风险的接受者。7.根据权利要求1所述的方法，其包括使用选自由β肌动蛋白(ACTB)、60S核糖体蛋白P0(RPLP0)、3-磷酸甘油醛脱氢酶(GAPDH)和18s核糖体RNA构成的组的基因作为阴性对照。8.一种用于鉴定处于慢性异体移植物损坏或IF/TA风险的肾异体移植物接受者的试剂盒，其包含具有对于13成员基因标志集的引物和印刷的使用说明书的容器。9.根据权利要求8所述的试剂盒，其进一步包含具有用于持家基因的集合的引物的第二容器。10.根据权利要求9所述的试剂盒，其进一步包含具有缓冲溶液的第三容器。11.一种用于...

【专利技术属性】
技术研发人员：B·墨菲，张维嘉，P·J·奥康奈尔，
申请(专利权)人：西奈山伊坎医学院，西悉尼本地卫生区，
类型：发明
国别省市：美国;US