肌强直性营养障碍蛋白激酶(DMPK)表达的调节制造技术

本文中提供了用于减少动物中的DMPK mRNA和蛋白质的表达的方法、化合物和组合物。本文中还提供了用于优先减少动物中的CUGexp DMPK RNA、减少动物中的肌强直或减少动物中的剪接病变的方法、化合物和组合物。此类方法、化合物和组合物对于治疗、预防、延迟或改善1型肌强直性营养不良或其症状是有用的。

【技术实现步骤摘要】
本申请是申请号为201180035573.2、申请日为2011年7月19日、专利技术名称为“肌强直性营养障碍蛋白激酶(DMPK)表达的调节”的中国专利技术专利申请的分案申请，原申请为国际申请号为PCT/US2011/044555的国家阶段申请，该国际申请要求申请日分别为2010年7月19日、2010年7月19日和2011年4月21日，申请号分别为61/365,775、61/365,762和61/478,021的美国申请的优先权。序列表本申请将同电子格式的序列表一起提交。序列以2011年7月19日创建的标题为BIOL0134USL2SEQ.txt的文件提供，其大小约为216Mb。将序列表的电子格式中的信息通过引用整体并入本文。领域本文中提供了用于减少动物中的DMPKmRNA和蛋白质的表达的方法、化合物和组合物。同样地，本文中提供了用于优先减少动物中的CUGexpDMPKRNA，减少动物中的肌强直或减少动物中的剪接病变的包括DMPK抑制剂的方法、化合物和组合物。此类方法、化合物和组合物用于例如治疗、预防或改善动物中的I型肌强直性营养不良(DM1)。背景肌强直性营养不良1型(DM1)是成人的肌营养不良症的最常见形式，据估计频率为1/7,500(HarperPS.,MyotonicDystrophy.London：W.B.SaundersCompany；2001)。DM1是由DMPK1的非编码CTG重复的扩大引起的常染色体显性障碍。DMPK1为编码胞质丝氨酸/苏氨酸激酶(BrookJD等人，Cell,1992,68(4):799-808)。该激酶的生理功能和底物还未完全确定。扩大的CTG重复位于DMPK1的3'非翻译区(UTR)。该空谈导致RNA显性(RNAdominance)，其中包含扩大的CUG重复的RNA(CUGexp)诱导细胞功能障碍的过程(OsborneRJ和ThorntonCA.,HumanMolecularGenetics.,2006,15(2)：R162-R169)。DMPK基因通常在3'非翻译区具有个5-37CTG重复。在肌强直性营养不良I型中，该数目显著扩大，在例如50至大于3,500的范围内(Harper,肌强直性营养不良(Saunders,London,ed.3,2001)；Annu.Rev.Neurosci.29：259,2006；EMBOJ.19：4439,2000；CurrOpinNeurol.20：572,2007)。CUGexp片段与RNA结合蛋白包括盲肌样(MBNL)蛋白(剪接因子)相互作用，并且引起突变的转录物保留在细胞核聚集点(nuclearfoci)。该RNA的毒性源自RNA结合蛋白的隔离和信号转导途径的激活。动物模型的研究已显示如果减少CUGexpRNA的毒性，则可逆转DM1的表型(WheelerTM等人，Science.,2009,325(5938):336-339；MuldersSA等人，ProcNatlAcadSciUSA.,2009,106(33):13915-13920)。在DM1中，骨骼肌是受到最严重影响的组织，但疾病也对心脏和平滑肌、眼睛水晶体(ocularlen)和脑具有重大影响。颅、远肢(distallimb)和膈肌也优先受到影响。手灵巧度较早受损，这引起数十年的严重失能。死亡年龄中位数为55岁，通常死于呼吸衰竭(deDie-SmuldersCE等人，Brain.,1998,121(Pt8)：1557-1563)。反义技术正新兴为调节某些基因产物的表达的有效工具，并且从而可证明在许多关于DMPK1的调节的治疗、诊断和研究应用中具有独特用途。已显示靶向CAG重复的完全经修饰的寡核苷酸的肌内注射在小鼠中阻断CUGexp-MBNLl复合物的形成，分散CUGexp转录物的细胞核聚集点，增强核质转运(nucleocytoplasmictransport)和CUGexp转录物的释放，将MBNL蛋白释放至核质，标准化MBNL-依赖性外显子的选择性剪接，和消除表达CUGexp的转基因小鼠的肌强直(WheelerTM等人，Science.,2009,525(5938):336-339；WO2008/036406)。目前，不存在可改变DM1的过程的治疗。因此疾病负担是明显的。因此，本文中的目的是提供用于治疗DM1的化合物、组合物和方法。概述本文中提供了用于抑制DMPK表达和治疗、预防、延迟或改善DMPK相关疾病和/或其症状的方法、化合物和组合物。在某些实施方案中，该化合物和组合物抑制突变的DMPK或CUGexpDMPK。某些实施方案提供了减少动物中的DMPK表达的方法，包括给动物施用包含本文中进一步描述的靶向DMPK的经修饰的寡核苷酸的化合物。某些实施方案提供了优先减少CUGexpDMPK、减少肌强直或减少动物中的剪接病变的方法，包括给动物施用包含本文中进一步描述的靶向CUGexpDMPK的经修饰的寡核苷酸的化合物。由于它们在细胞核中的更长的停留时间，CUGexpDMPK转录物据信对于通过细胞核核糖核酸酶的反义敲低特别敏感，并且该敏感性据认为允许相关组织(例如肌肉)中的CUGexpDMPK转录的有效反义抑制，尽管存在对反义寡核苷酸的组织吸收的生物分布屏障。不通过细胞核核糖核酸酶引发裂解的反义机制例如WheelerTM等人，Science.,2009,325(5938):336-339和WO2008/036406中描述的CAG-重复ASO，不提供相同的治疗有利方面。某些实施方案提供治疗患有1型肌强直性营养不良的动物中的方法。在某些实施方案中，该方法包括给动物施用治疗有效量的包含本文中进一步描述的靶向DMPK的经修饰的寡核苷酸的化合物。在某些实施方案中，该方法包括鉴定患有1型肌强直性营养不良的动物。某些实施方案提供了治疗、预防、延迟或改善与DM1的发展相关的病症和结果，其包括肌肉僵硬(musclestiffness)、肌强直、远端肢体无力(disablingdistalweakness)、面部肌肉和颚肌无力(weaknessinfaceandjawmuscles)、吞咽困难、举抬无力(上睑下垂)、颈肌无力(weaknessofneckmuscles)、手臂和腿部肌肉无力(weaknessinarmandlegmuscles)、持久性肌肉疼痛(persistentmusclepain)、嗜睡症(hypersomnia)、肌萎缩、咽下困难(dysphagia)、呼吸功能不全(respiratoryinsufficiency)、心律不齐(irregularheartbeat)、心肌损伤(heartmuscledamage)、情感淡漠(apathy)、胰岛素抗药性(insulinresistance)和白内障的方法。某些实施方案提供了治疗、预防、延迟或改善儿童的与DM1的发展相关的病症和结果(括发育迟滞、学习问题、语言和言语问题以及人格发展问题)方法。某些实施方案提供了施用通过直接裂解病原性转录抵消RNA显性的反义寡核苷酸的方法。在某些实施方案中，DMPK具有GenBank登录号NM_001081560.1所示的序列(本文中合为SEQIDNO：1)。在本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种化合物，其包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成并且具有包含SEQ ID NO：109、12‑66、69‑82、87‑99、102‑108、110‑114、116‑124、127‑156、160‑235、237‑238、240‑516、518‑546、548‑642、644‑649、652‑663、665‑676、678‑692、695、697‑725、728‑761、763‑765、767‑770、774‑784、789‑791、802‑827、829‑831和837中引用的序列的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。

【技术特征摘要】
2010.07.19 US 61/365,762;2010.07.19 US 61/365,775;1.一种化合物，其包含经修饰的寡核苷酸，所述经修饰的寡核苷酸由10至30个连接的核苷组成并且具有包含SEQIDNO：109、12-66、69-82、87-99、102-108、110-114、116-124、127-156、160-235、237-238、240-516、518-546、548-642、644-649、652-663、665-676、678-692、695、697-725、728-761、763-765、767-770、774-784、789-791、802-827、829-831和837中引用的序列的任一个的至少8个连续核碱基的核碱基序列。2.根据权利要求1所述的化合物，其具有包含SEQIDNO：109、12-66、69-82、87-99、102-108、110-114、116-124、127-156、160-235、237-238、240-516、518-546、548-642、644-649、652-663、665-676、678-692、695、697-725、728-761、763-765、767-770、774-784、789-791、802-827、829-831和837中引用的序列的任一个的至少12个、至少15个、至少16个、至少17个或至少18个连续核碱基的核碱基序列。3.根据权利要求1所述的化合物，其具有包含以下序列的至少8个、至少12个、至少15个、至少16个、至少17个或至少18个连续核碱基的核碱基序列：(a)SEQIDNO:109、12-18、20-55、57、59、60、63-65、72-82、89、91-95、97、98、102、104、106-108、110-114、118、120-124、127-133、135-138、140-143、145-149、152-156、161、162、166-199、202-207、211-225、227-229、240-263、265-268、271、272、275-285、294、296-300、302-315、317-366、368、370、372-376、378-467、469-486、488-491、499、501-512、518-520、527、530-533、535、538-541、544-546、551-555、557-565、568-628、630-642、644-648、654-663、665、670-673、675、676、679、681-688和691中引用的序列的任一个；(b)SEQIDNO:109、12、15、17、18、21、22、24、25-27、29-33、35-45、48-50、52、53、55、57、59、63-65、73-82、92、93、95、102、106-108、111-114、120-124、127、129-132、135-138、140、141、143、145-149、152-156、162、166-199、202-207、211-214、216-219、221-225、227、228、241-261、263、265、266、275、276、278-284、297、298、302-313、315、317-354、356-365、368、370、372-376、378-393、395-398、402、403、405-408、411-422、424-426、428-445、447-467、469-485、488、489、491、504-507、509、510、520、527、532、538、541、546、551、557-565、568-574、576、578-583、585-605、607、608、610-612、616-624、626、627、630-634、636-642、644-648、654-658、660-662、665、670-672、676、679、681和683-687中引用的序列的任一个；(c)SEQIDNO:109、12、15、17、18、21、27、29、30、32、33、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、48、50、52、57、59、63、65、74、75、76、77、78、79、80、81、82、93、108、111、112、113、121、122、123、124、127、129、130、135、136、137、140、141、143、145、146、147、148、152、153、156、168、171、172、173、174、175、176、177、178、180、181、183、184、185、186、187、188、190、191、193、194、195、196、197、198、203、204、205、206、211、212、213、216、218、221、222、223、224、227、243、244、246、247、249、250、251、252、255、256、258、260、261、276、280、282、283、284、297、298、304、305、306、307、308、309、310、311、312、313、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、332、333、334、335、336、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、349、350、352、353、356、358、360、361、362、363、364、368、373、374、375、378、379、380、382、383、384、385、386、387、388、389、390、391、392、403、405、406、407、408、412、414、415、416、417、418、419、420、422、425、426、428、429、430、431、432、433、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、445、447、448、449、450、451、452、453、454、455、457、459、460、461、462、463、464、465、466、469、470、471、472、474、475、476、477、478、479、480、481、482、483、484、488、504、505、506、507、510、546、558、559、560、561、562、563、564、565、569、571、572、573、574、576、579、580、581、585、586、587、588、590、591、592、593、594、595、596、597、598、599、600、601、602、603、605、608、610、611、612、616、617、618、619、620、621、622、623、626、627、630、631、632、633、636、637、638、641、642、644、645、646、647、648、657、658、660、662、665、672、679、683、686和687中引用的序列的任一个；或(d)SEQIDNO:109、12、30、32、36、37、38、39、40、41、42、43、44、48、50、74、75、76、79、80、81、82、108、112、113、121、122、123、124、127、129、130、135、136、137、140、141、145、148、152、153、156、172、173、181、184、190、195、196、203、204、206、212、213、246、255、260、282、305、306、307、308、317、318、319、320、321、322、323、324、325、326、327、328、329、330、331、333、334、335、336、338、339、340、341、342、343、344、345、346、347、349、350、363、375、386、389、390、391、392、408、416、417、418、420、422、428、429、432、434、435、436、437、438、439、440、441、442、443、444、447、451、452、460、463、472、474、475、476、480、481、482、558、560、563、564、571、572、573、576、590、592、594、595、596、597、598、600、601、602、611、612、619、620、622、623、627、636、637、642、644、645、648、657、658、662和672中引用的序列的任一个。4.根据权利要求1所述的化合物，其包含以下序列或由以下序列组成：(a)SEQIDNO:109、12-66、69-82、87-99、102-108、110-114、116-124、127-156、160-235、237-238、240-516、518-546、548-642、644-649、652-663、665-676、678-692、695、697-725、728-761、763-765、767-770、774-784、789-791、802-827、829-831或837中引用的核碱基序列；(b)SEQIDNO:109、12-18、20-55、57、59、60、63-65、72-82、89、91-95、97、98、102、104、106-108、110-114、118、120-124、127-133、135-138、140-143、145-149、152-156、161、162、166-199、202-207、211-225、227-229、240-263、265-268、271、272、275-285、294、296-300、302-315、317-366、368、370、372-376、378-467、469-486、488-491、499、501-512、518-520、527、530-533、535、538-541、544-546、551-555、557-565、568-628、630-642、644-648、654-663、665、670-673、675、676、679、681-688或691中引用的核碱基序列；(c)SEQIDNO:109、12、15、17、18、21、22、24、25-27、29-33、35-45、48-50、52、53、55、57、59、63-65、73-82、92、93、95、102、106-108、111-114、120-124、127、129-132、135-138、140、141、143、145-149、152-156、162、166-199、202-207、211-214、216-219、221-225、227、228、24...

【专利技术属性】
技术研发人员：F·C·贝内特，苏珊·M·弗赖尔，R·A·马克雷德，桑杰·K·潘迪，查尔斯·A·桑顿，瑟曼·惠勒，S·H·程，安德鲁·雷吉尔，布鲁斯·M·文特沃斯，
申请(专利权)人：F·C·贝内特，苏珊·M·弗赖尔，R·A·马克雷德，桑杰·K·潘迪，查尔斯·A·桑顿，瑟曼·惠勒，S·H·程，安德鲁·雷吉尔，布鲁斯·M·文特沃斯，
类型：发明
国别省市：美国;US