本发明专利技术提出了一种构建可变区测序文库的方法及确定可变区核酸序列的方法，其中，构建可变区测序文库的方法包括：以含有编码所述可变区的核酸样本作为模板，扩增编码所述可变区的核酸，以便获得第一扩增产物；在所述第一扩增产物的两个末端至少之一添加测序接头，以便获得所述可变区测序文库，其中，所述扩增采用下列引物：第一引物，所述第一引物包括至少一个特异性识别V区的框架区编码序列的核酸分子；以及第二引物，所述第二引物包括至少一个特异性识别J区或C区编码序列的核酸分子。利用该方法，能够有效地构建可变区测序文库。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及生物
，具体的，本专利技术涉及构建可变区测序文库的方法及确定可变区核酸序列的方法。
技术介绍
淋巴细胞肿瘤是由淋巴细胞恶性克隆性增值引起的严重危害人体健康的恶性疾病，其中包括淋巴细胞白血病，骨髓瘤及各种淋巴瘤。随着诊疗技术水平的增高，淋巴细胞肿瘤的诊疗水平方面得到了质的飞跃。其中微小残留的检测在淋巴细胞肿瘤的分层、评判疗效、估计患者预后、指导治疗方案的制定、提高患者生存治愈方面起到了关键的作用。微小残留病(MRD,Minimalresidualdisease)是指经诱导化疗获得完全缓解(CR，CompleteRemission)后或是骨髓移植治疗后体内残留的微量肿瘤细胞。随着化疗、特异靶向治疗、造血干细胞移植技术的不断提高，淋巴细胞肿瘤的治疗效果日益改善，然而复发仍是困扰这类疾病治愈的一个难题，微小残留病是复发的主要根源。因此，对患者进行定期MRD检测，具有重要临床意义。然而，目前对于MRD检测的手段仍有待改进。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，根据本专利技术的实施例，本专利技术提出了用于构建测序文库的方法以及确定可变区核酸序列的方法，其能够有效用于MRD检测。在本专利技术的第一方面，本专利技术提出了一种构建可变区测序文库的方法。根据本专利技术的实施例，该方法包括：以含有编码所述可变区的核酸样本作为模板，扩增编码所述可变区的核酸，以便获得第一扩增产物；在所述第一扩增产物的两个末端至少之一添加测序接头，以便获得所述可变区测序文库，其中，所述扩增采用下列引物：第一引物，所述第一引物包括至少一个特异性识别V区的框架区编码序列的核酸分子；以及第二引物，所述第二引物包括至少一个特异性识别J区或C区编码序列的核酸分子。由此，利用根据本专利技术实施例的方法，能够有效地构建核酸样本中所包含的可变区的测序文库，不需要设计特异性的PCR引物或者探针，节省了人力、时间等。根据本专利技术的实施例，所述第一引物和所述第二引物进一步含有适于扩增测序接头的核酸序列。由此，可以便于通过扩增引入测序接头，从而提高了构建测序文库的效率。根据本专利技术的实施例，所述含有编码所述可变区的核酸样本为从动物外周血或骨髓中提取的全基因组DNA或总RNA的至少一部分。由此，可以有效地针对动物个体构建其可变区测序文库。根据本专利技术的实施例，所述动物为血液癌症患者或者曾经患有血液癌症的人。由此，可以有效地通过监控可变区组成的变化，监控癌症病人尤其是血液癌症病人的病情发展。根据本专利技术的实施例，所述核酸样本包括全基因组DNA或总RNA的至少一部分，对于RNA样品，在进行所述扩增之前，预先利用第三引物对所述总RNA的至少一部分进行反转录处理，其中，所述第三引物包括至少一个特异性识别恒定区编码序列的核酸分子。根据本专利技术的实施例，所述恒定区为BCR或TCR的恒定区。由此，可以有效地确定个体表达的可变区的序列。需要说明的是，在本文中所使用的术语“BCR”表示B细胞受体，“TCR”表示T细胞受体。根据本专利技术的实施例，所述可变区为BCR或TCR的可变区。根据本专利技术的实施例，在所述第一扩增产物的两个末端至少之一添加测序接头是通过下列进行的：将所述第一扩增产物进行末端修复，以便获得经过末端修复的第一扩增产物；以及将所述经过末端修复的第一扩增产物与含有测序接头序列的寡核苷酸连接，以便获得具有接头的第一扩增产物。由此，可以有效地提高构建测序文库的效率。根据本专利技术的实施例，所述含有测序接头序列的寡核苷酸进一步包括标签序列。由此，可以有效地针对多个不同的样本构建测序文库，在后续测序中可以同时进行测序，可以通过标签非常方便地对样本来源进行区分。根据本专利技术的实施例，对所述具有接头的第一扩增产物进行二次扩增，以便获得第二扩增产物，其中，所述第二扩增产物构成所述测序文库。根据本专利技术的实施例，在所述第一扩增产物的两个末端至少之一添加测序接头是通过下列进行的：采用含有测序接头序列的引物对所述第一扩增产物进行二次扩增，以便获得具有接头的第二扩增产物，其中，所述第二扩增产物构成所述测序文库。根据本专利技术的实施例，所述含有测序接头序列的引物进一步含有标签序列。由此，可以有效地针对多个不同的样本构建测序文库，在后续测序中可以同时进行测序，可以通过标签非常方便地对样本来源进行区分。根据本专利技术的实施例，编码所述可变区的核酸为T细胞受体β链，所述第一引物包括SEQIDNO：1-32所示核酸序列，所述第二引物包括SEQIDNO：33-45所示核酸序列。具体序列如下表所示：第一引物序列(5’-3’，SEQIDNO：)TRBV2ATTTCACTCTGAAGATCCGGTCCAC(1)TRBV3-1AAACAGTTCCAAATCGMTTCTCAC(2)TRBV4-1/2/3CAAGTCGCTTCTCACCTGAATG(3)TRBV5-1GCCAGTTCTCTAACTCTCGCTCT(4)TRBV5-4/5/6/8TCAGGTCGCCAGTTCCCTAAYTAT(5)TRBV6-4.1CACGTTGGCGTCTGCTGTACCCT(6)TRBV6-8/5/1.2CAGGCTGGTGTCGGCTGCTCCCT(7)TRBV6-9/7/1.1/6CAGGCTGGAGTCAGCTGCTCCCT(8)TRBV6-4.2AGTCGCTTGCTGTACCCTCTCAG(9)TRRBV6-2/3GGGGTTGGAGTCGGCTGCTCCCT(10)TRBV7-2/4/6/7/8GGGATCCGTCTCCACTCTGAMGAT(11)TRBV7-3GGGATCCGTCTCTACTCTGAAGAT(12)TRBV7-9GGGATCTTTCTCCACCTTGGAGAT(13)TRBV9CCTGACTTGCACTCTGAACTAAACCT(14)TRBV10-1CCTCACTCTGGAGTCTGCTGCC(15)TRBV10-2/3CCTCACTCTGGAGTCMGCTACC(16)TRBV11-1/2/3GCAGAGAGGCTCAAAGGAGTAGACT(17)TRBV12-3.2/5.2GAAGGTGCAGCCTGCAGAACCCAG(18)TRBV12-3.1/4/5.1GAAGATCCA本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种构建可变区测序文库的方法，其特征在于，包括：以含有编码所述可变区的核酸样本作为模板，扩增编码所述可变区的核酸，以便获得第一扩增产物；在所述第一扩增产物的两个末端至少之一添加测序接头，以便获得所述可变区测序文库，其中，所述扩增采用下列引物：第一引物，所述第一引物包括至少一个特异性识别V区的框架区编码序列的核酸分子；以及第二引物，所述第二引物包括至少一个特异性识别J区或C区编码序列的核酸分子。
【技术特征摘要】
1.一种构建可变区测序文库的方法，其特征在于，包括：
以含有编码所述可变区的核酸样本作为模板，扩增编码所述可变区的核酸，以便获得第
一扩增产物；
在所述第一扩增产物的两个末端至少之一添加测序接头，以便获得所述可变区测序文
库，
其中，
所述扩增采用下列引物：
第一引物，所述第一引物包括至少一个特异性识别V区的框架区编码序列的核酸分子；
以及
第二引物，所述第二引物包括至少一个特异性识别J区或C区编码序列的核酸分子。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述第一引物和所述第二引物进一步含
有适于扩增所述测序接头的核酸序列，
任选地，所述含有编码所述可变区的核酸样本为从动物外周血或骨髓中提取的全基因组
DNA或总RNA的至少一部分，
任选地，所述动物为血液癌症患者或者曾经患有血液癌症的人。
3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述核酸样本包括全基因组DNA或总
RNA的至少一部分，对于RNA样品，在进行所述扩增之前，预先利用第三引物对所述总
RNA的至少一部分进行反转录处理，
其中，所述第三引物包括至少一个特异性识别恒定区编码序列的核酸分子，
任选地，所述恒定区为BCR或TCR的恒定区。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述可变区为BCR或TCR的可变区。
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述第一扩增产物的两个末端至少之
一添加测序接头是通过下列进行的：
将所述第一扩增产物进行末端修复，以便获得经过末端修复的第一扩增产物；以及
将所述经过末端修复的第一扩增产物与含有测序接头序列的寡核苷酸连接，以便获得具
有接头的第一扩增产物，
任选地，所述含有测序接头序列的寡核苷酸进一步包括标签序列，
任选地，对所述具有接头的第一扩增产物进行二次扩增，以便获得第二扩增产物，其中，
所述第二扩增产物构成所述测序文库。
6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，在所述第一扩增产物的两个末端至少之<...
【专利技术属性】
技术研发人员：武靖华，刘晓，王长希，张伟，曾晓静，杜元平，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。