本发明专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，具体的，涉及一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记，该分子标记含有Seq ID No.1所示序列。本发明专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻抗白叶枯病基因定位或水稻遗传育种中的用途，以及一种水稻育种方法。本发明专利技术的分子标记将基因组DNA序列与水稻抗白叶枯病基因联系起来，有利于水稻分子标记辅助育种体系的建立；所述分子标记与水稻抗白叶枯病基因的遗传紧密连锁距离为0.5cM。本发明专利技术的分子标记及分子标记扩增引物可以简便、快速、高通量地应用于水稻育种实践和资源及品种鉴定。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于分子生物学领域，涉及一种分子标记，特别是涉及一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记。本专利技术还涉及扩增该分子标记的引物、该分子标记和引物在水稻抗白叶枯病基因定位或水稻遗传育种中的用途。
技术介绍
水稻(Oryzasativa)是我国最重要的粮食作物之一，稻谷是我国60％以上人口的主食。因此，水稻生产水平的提高一直是关系我国农业发展和民生安定的重大问题。水稻白叶枯病是一种世界性的重要病害。它是一种维管束病害，在自然条件下，病菌通常由水孔或伤口侵入，沿叶脉产生白色病斑。白叶枯病发生时可导致水稻减产20％～30％，严重时甚至绝收。为保证水稻高产、稳产，人们主要采用两种防治技术，一是用化学防治方法，二是培育和种植抗病品种。由于化学防治成本高且污染环境，因此培育和种植抗病品种成为水稻育种的主要目标。传统抗病育种是根据分离群体的表现和育种者的经验进行选择，通常受环境条件、显隐性关系、基因上位等因素的影响，费时、费力、不准确，从鉴定一个植物抗病种到培育出抗病良种需花费十多年时间，而病原菌一旦侵袭，其扩散速度要比育种速度快得多。近年来生物技术的发展，尤其是分子标记技术的应用给水稻遗传育种带来了巨大变化。分子标记辅助选择为育种者提供了对目标性状进行选择的有效手段，它大大加速了育种进程，提高了育种选择效率，同时减少了盲目选择和人力、物力的大量浪费，展示出极其广阔的应用前景。目前已鉴定的抗白叶枯病基因达30多个，来自长药野生稻(Oryzalongistaminata)的广谱抗白叶枯病Xa21基因和普通野生稻O.rufipogon的全生育期抗白叶枯病Xa23基因备受关注。目前，虽然已经定位了一些与水稻抗白叶枯病相关的基因和QTLs，但由于水稻抗白叶枯病的遗传机制较复杂，仍然缺乏足够数量的与抗白叶枯病相关的QTLs及分子标记。随着基因组学和生物信息的发展，通过基因组测序，开发与抗白叶枯病紧密连锁的SV标记，将为水稻的遗传研究及育种开辟新的思路和方法。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记。本专利技术的另一目的是提供一种可用于扩增与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记的引物对。本专利技术的另一目的是提供一种筛选水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记的方法，其特征在于：1)获得纯合型父本、母本基因组；2)分别测序获得父本、母本基因组序列；3)比较父本、母本基因组序列，获得差异位点；4)构建遗传群体并收集表型数据；5)对群体中的个体进行基因型分析；6)结合基因型和表型数据，将目标基因定位在基因组上；7)在靠近目标基因的区段选择候选的分子标记。对筛选的水稻抗白叶枯病分子标记进一步做多态性及稳定性鉴定：在筛选的分子标记的上下游设计引物，进行PCR扩增，通过条带的不同进行多态性判断；利用重组自交系进行稳定性验证。本专利技术的目的还包括一种水稻抗白叶枯病紧密连锁的分子标记的检测方法，包括步骤：在分子标记的核苷酸序列的上下游设计引物；以被检测水稻基因组DNA为模板进行扩增；判断扩增产物中是否存在该分子标记。本专利技术的目的还包括提供一种包括上述分子标记的重组载体，以及含有该重组载体的重组细胞。本专利技术的目的目的还包括提供上述分子标记在水稻抗白叶枯病基因定位、检测以及水稻辅助育种中的用途以及上述分子标记的检测方法。为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：本专利技术公开了一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记包含SeqIDNo.1所示序列；优选的所述分子标记具有SeqIDNo.1所示序列。本专利技术还公开了一种用于扩增与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记的引物对，所述引物对扩增的目标序列SeqIDNo.1所示序列。具体地，所述引物对的引物1包含SeqIDNo.2所示序列，引物2包含SeqIDNo.3所示序列；更具体地，所述引物1具有SeqIDNo.2所示序列，引物2具有SeqIDNo.3所示序列；本专利技术公开了一种筛选权利要求水稻抗白叶枯病分子标记的方法，其特征在于：1)获得纯合型父本、母本基因组；2)分别测序获得父本、母本基因组序列；3)比较父本、母本基因组系列，获得差异位点；4)构建遗传群体并收集表型数据；5)对群体中的个体进行基因型分析；6)结合基因型和表型数据，将目标基因定位在基因组上；7)在靠近目标基因的区段选择候选的分子标记。对筛选的水稻抗白叶枯病分子标记进一步做多态性及稳定性鉴定：在筛选的分子标记的上下游设计引物，进行PCR扩增，通过条带的不同进行多态性判断；利用重组自交系进行稳定性验证。为了进一步验证抗白叶枯病这种表型与分子标记间的对应关系，公开了水稻白叶枯病菌接种实验结果。本专利技术还公开了一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记，所述分子标记是由上述的引物对以抗白叶枯病的水稻基因组DNA为模板经PCR扩增得到的。本专利技术还公开了一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记检测方法，包括步骤：在分子标记SeqIDNo.1的核苷酸序列上下游设计引物，以被检测水稻基因组DNA为模板进行扩增，利用相同的引物对扩增的结果中抗白叶枯病的水稻比不抗白叶枯病的扩增分子大382bp，此分子大小为分子标记的大小。利用优选的引物SeqIDNo.2，SeqIDNo.3扩增抗白叶枯病的水稻与不抗白叶枯病的水稻基因组，扩增产物的大小分别为985bp、603bp。在本专利技术的一个实施方案中，公开了用3730测序仪对各扩增产物进行测序验证的方法，所以本领域技术人员可理解，为了检测SeqIDNo.1分子标记，在进行PCR扩增后可用电泳检测也可利用测序的方法进行检测。本领域的技术人员可以理解，检测分子标记序列是否存在的方法不局限于PCR凝胶电泳、测序，荧光定量PCR等方法亦可进行目标序列检测。本领域的技术人员也可以理解，检测目标序列的引物设计不局限与给出的引物序列，在目标序列的上下游设计引物进行PCR扩增，能达到凝胶电泳检测、或者测序或者荧光定量PCR检测的目的即可。本专利技术还公开了一种载体，其含有本专利技术的分子标记。所述载体可以是插入有本专利技术的分子标记的表达重组载体或者克隆重组载体。获得上述重组载体后，本领域技术人员可以理解，含有分子标记的片段的大小随着引物设计位置的不同而不同，同时本领域技术人员可以理解，根据不同的需要，将重组载体转化到合适的细胞中，得到含有该重组载体的重组细胞。因此，本专利技术还公开了一种含有所述重组载体的重组细胞。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记(含有SeqIDNo.1所示核苷酸序列的DNA片段)所包含的SeqIDNo.1的5’端和/或3’端可操作地连接有人工序列和/或控制序列，例如启动子、增强子、终止子、酶切位点、引物序列等等。其中，术语“可操作地”在本专利技术中定义为一种如下构象，在该构象中，控制序列例如启动子被适当地置于SeqIDNo.1的一个位置上，以致该控制序列指导SeqIDNo.1编码的多肽的产生。在本专利技术的一个实施方案中，所述分子标记包含SeqIDNo.1所示序列以及SeqIDNo.1的5’端和/或3’端的上下游序列。本领域技术人员可以理解，只要扩增或者检测抗白叶枯病的水稻基因组DNA中的该分子标记，必然能够检测或扩增得到含有SeqIDNo.1所本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有Seq ID No.1所示序列；优选的，所述分子标记为Seq ID No.1所示序列。
【技术特征摘要】
1.一种与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记，其特征在于：所述分子标记含有SeqIDNo.1所示序列；优选的，所述分子标记为SeqIDNo.1所示序列。2.一种可用于扩增与水稻抗白叶枯病基因紧密连锁的分子标记的引物对，其特征在于扩增的目标序列包含SeqIDNo.1所示序列；具体地，所述引物对的引物1包含SeqIDNo.2所示序列，引物2包含SeqIDNo.3所示序列；更具体地，引物1为SeqIDNo.2所示序列，引物2为SeqIDNo.3所示序列。3.一种筛选权利要求1所述的分子标记的方法，其特征在于：1)获得纯合型父本、母本基因组；2)分别测序获得父本、母本基因组序列；3)比较父本、母本基因组序列，获得差异位点；4)构建遗传群体并收集表型数据；5)对群体中的个体进行基因型分析；6)结合基因型和表型数据，将目标基因定位在基因组上；7)在靠近目标基因的区段选择候选的分子标记。4.根据权利要求3所述分子标...
【专利技术属性】
技术研发人员：倪雪梅，蔡雪梅，雷雪静，张荣，黄聪，
申请(专利权)人：深圳华大农业与循环经济科技有限公司，深圳华大基因研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44
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