本发明专利技术公开一种PKD2基因的STR位点，该STR位点选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.6所示的核酸序列。本发明专利技术还公开了上述PKD2基因的STR位点的应用，用于常染色体显性遗传性多囊肾病的胚胎植入前诊断或产前诊断。本发明专利技术PKD2基因的STR位点，具有更高的分辨率，用于PKD2基因的连锁遗传分析，能显著提高分型识别效率和准确性，为常染色体显性遗传性多囊肾病的临床胚胎植入前诊断提供依据。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及临床分子诊断
，具体涉及一种PKD2基因的STR位点及其应用。
技术介绍
常染色体显性遗传性多囊肾病(Autosomaldominantpolycystickidneydisease,ADPKD)是人类最常见的单基因遗传病之一,发病率约为0.1％。其主要临床特征是双侧肾脏形成多个液性囊泡,囊肿进行性生长,导致肾脏结构和功能的损害,至60岁时约50％患者发展为终末期肾功能衰竭,约占终末期肾功能衰竭病因的10％。多囊肾病患者除肾脏改变外,还可累及全身多个器官,如肝、胰、脾囊肿、颅内动脉瘤、高血压等。另有学者认为与胰腺癌发生有关。ADPKD属延迟显性遗传,患者一般在40岁左右才出现临床症状,此时多已将致病基因传给下一代。由于ADPKD目前尚无有效治疗方法,因此及时对ADPKD家系中有发病风险的成员进行症状前基因诊断,尤其是对高风险胎儿或胚胎进行产前诊断及植入前遗传学诊断,是控制其发生和发展的关键。ADPKD存在遗传异质性,目前已知引起该病的突变基因可能有3个,分别为PKD2,PKD2和PKD3。其中约15％的患者由PKD2突变所致。PKD2基因定位于第4号染色体长臂2区2带到2区3带(4q22-23)，基因长度68kb,由15个外显子组成,转录起始点在外显子1内,转录的mRNA约5.4kb,其编码蛋白为含968个氨基酸的跨膜糖蛋白。PKD2基因突变的类型较多,不存在明显的突变热点，这给PKD2基因的突变检测带来了困难。目前PKD2的基因检测主要有以下几种方法：一、基因芯片检测基因芯片是将检测探针按照预先设定的排列矩阵固定在载体表面,与荧光标记的样品核酸分子杂交,通过检测探针上显示的荧光信号来检测样品中基因的结构或表达情况。基因芯片具有信息量大、灵敏度高、平行快速检测等特点。2006年吴忠标等针对中国人群中较为常见的PKD2基因突变位点,建立了分型用基因芯片，将该芯片用于PKD2基因变异的检测，取得了一定成果。但该技术的缺陷在于操作复杂繁琐，而且只能检测特定的几种突变，在临床应用上受到很大的限制。二、单链构象多态性分析(SSCP)SSCP是利用组成碱基不同导致DNA单链构象的差异,在进行非变性的聚丙烯酰胺凝胶电泳时,迁移速度出现改变的检测方法。SSCP技术由于成本低、简便、快捷,不受家系连锁分析的限制,能够对单个患者进行突变的检测,且对单个位点的变异检出率较高。Deltas等用此技术检测PKD2突变,共检测出至少57种突变,其中30％为无义突变、51％为插入或缺失突变、14％为剪切突变、15％为错义突变。不过该技术存在5％～30％的漏检率,且只能检测突变的存在而不能确定突变的位置，这些缺陷严重限制了该技术在临床上的推广应用。三、变性高效液相层析(DHPLC)DHPLC是对扩增区域进行PCR扩增,PCR产物加热变性成单链状态,通过高压液相层析分析仪检测其中碱基含量,若发生改变则会出现峰值的移动,从而检测突变是否发生。Mizoguchi等首先采用此技术从PKD2部分编码区(第23～34外显子)和PKD2全编码区检测出8个突变位点。之后Rossetti等应用DHPLC技术分别对45个ADPKD患者进行了PKD2和PKD2全编码区突变检测。DHPLC技术虽然快速、简便，可判断有否突变，但不能确定SNP的位置和类型，需用标准样品或结合测序验证。只能检测杂合突变是DHPLC的主要不足之处，在点突变筛查的检测通量、灵敏度上也与其他检测技术存在差距。四、变性梯度凝胶电泳(DGGE)变性梯度凝胶电泳(Denaturinggradientgelelectrophoresis)是根据DNA在不同浓度的变性剂中解链行为的不同而导致电泳迁移率发生变化，从而将片段大小相同而碱基组成不同的DNA片段分开。具体而言，就是将特定的双链DNA片段在含有从低到高的线性变性剂梯度的聚丙烯酰胺凝胶中电泳，随着电泳的进行，DNA片段向高浓度变性剂方向迁移，当它到达其变性要求的最低浓度变性剂处，双链DNA形成部分解链状态，这就导致其迁移速率变慢，由于这种变性具有序列特异性，因此DGGE能区分存在低至单个碱基差异的DNA片段，被用于ADPKD的基因突变检测领域。该技术的缺陷在于检测通量较低，无法确定突变的具体类型，限制了其在临床检测中的应用。五、短串联重复序列(STR)STR在基因组中广泛存在,是以2～6个碱基为核心单位串联重复而成的一类序列,又称为微卫星DNA(microsatelliteDNA)。由于核心序列重复数目的变化,而在群体中呈现出遗传多态性,但在同一家系内具有高度的遗传保守性,以孟德尔方式遗传。因此利用微卫星DNA多态性连锁分析,可在同一家系中筛选出ADPKD患者。目前用于ADPKD连锁分析的STR基本为(CA)n重复,与PKD2连锁的微卫星DNA有D4S414,D4S423,D4S1542和D4S1563等。由于ADPKD基因的复杂性和突变位点的难确定性,连锁分析仍为目前ADPKD基因诊断的主要手段。但是目前所用的这些STR基因座中并非都是最优选择，有些STR基因座难于进行基因型判定。例如:二核苷酸重复PCR扩增时出现滑行,检测不稳定,容易发生错判；D4S423离PKD2基因较远，可能会由于基因重组而导致误诊；实际检测中可能会出现一些STR基因座扩增失败的情况影响检测结果的判读，等等。为了解决这些问题，我们需要筛选出更多离PKD2基因距离近，遗传距离小，重组率低，杂合度高的有信息的STR位点作为遗传标记来进行常染色体显性遗传性多囊肾病的基因检测，以提高检测效率，为该疾病的临床诊断和胚胎植入前诊断提供依据。
技术实现思路
本专利技术要解决目前PKD2基因的STR位点由于存在离PKD2基因距离较远、重组率高、杂合度低等缺点致使检测效率不高的技术问题，提供具有更高分辨率的PKD2基因的STR新位点，该STR新位点用于PKD2基因的连锁遗传分析，能有效提高分型识别效率和准确性。此外，还需要提供一种用于PKD2基因连锁遗传分析的检测试剂盒。为了解决上述技术问题，本专利技术通过如下技术方案实现:在本专利技术的一个方面，提供了一种PKD2基因的STR位点，该STR位点选自SEQIDNO.1～SEQIDNO.6所示的核酸序列。在本专利技术的另一方面，还提供了一种上述PKD2基因的STR位点的应用，用于常染色体显性遗传性多囊肾病的胚胎植入前诊断或产前诊断。在本专利技术的另一方面，还提供了一种诊断常染色体显性遗传性多囊肾病的检测试剂盒，包含分别针对SEQIDNO.1～SEQIDNO.6中任意两个以上STR位点的特异性引物对。优选的，包含分别针对SEQIDNO.1～SEQIDNO.6所示STR位点的特异性引物对。在本专利技术的一个优选实施例中，针对SEQIDNO.1所示STR位点的特异性引物对序列为SEQIDNO.28和SEQIDNO.29，针对SEQIDNO.2所示STR位点的特异性引物对序列为SEQIDNO.16和SEQIDNO.17，针对SEQIDNO.3所示STR位点的特异性引物对序列为SEQIDNO.12和SEQIDNO.13，针对SEQIDNO.4所示STR位点的特异性引物对序列为SEQIDNO.20和SEQIDN本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种PKD2基因的STR位点，其特征在于，该STR位点选自SEQ ID NO.1～SEQ ID NO.6所示的核酸序列。
【技术特征摘要】
1.一种PKD2基因的STR位点，其特征在于，该STR位点选自SEQIDNO.1～SEQIDNO.6所示的核酸序列。2.权利要求1所述PKD2基因的STR位点的应用，其特征在于，用于常染色体显性遗传性多囊肾病的胚胎植入前诊断或产前诊断。3.一种诊断常染色体显性遗传性多囊肾病的检测试剂盒，其特征在于，包含分别针对SEQIDNO.1～SEQIDNO.6中任意两个以上STR位点的特异性引物对。4.根据权利要求3所述的检测试剂盒，其特征在于，包含分别针对SEQIDNO.1～SEQIDNO.6所示STR位点的特异性引物对。5.根据权利要求4所述的检测试剂盒，其特征在于，针对SEQIDNO.1所示STR位点的特异性引物对序列为SEQIDNO.28和SEQIDNO.29，针对SEQIDNO.2所示STR位点的特异性引物对序列为SEQIDNO.16和SEQIDNO.17，针对SEQIDNO.3所示STR位点的特异性引物对序列为SEQIDNO.12和SEQIDNO.13，针对SEQIDNO.4所示STR位点的特异性引物对序列...
【专利技术属性】
技术研发人员：徐晨明，陈松长，黄荷凤，张军玉，白彩虹，
申请(专利权)人：中国福利会国际和平妇幼保健院，
类型：发明
国别省市：上海;31
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。