本发明专利技术公开了一种遗传性视网膜色素变性疾病的致病突变及其检测试剂。一种用于检测遗传性视网膜色素变性疾病的突变的SPP2基因，突变的SPP2基因为杂合突变SPP2p.Gly97Arg或者SPP2p.Gly29Asp。一种检测遗传性视锥细胞营养不良疾病的试剂盒，所述的试剂盒包括：(a)检测SPP2基因物理位置为234967558和234959515核苷酸位点的试剂；或检测Spp-24蛋白第29位或第97位氨基酸位点的试剂；(b)说明书。本发明专利技术获得遗传性视网膜色素变性疾病的致病突变，通过检测所述突变可以进行遗传性视网膜色素变性疾病的诊断。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术属于生物医药领域，涉及一种遗传性视网膜色素变性疾病的致病突变及其检测试剂。
技术介绍
视网膜色素变性(retinitispigmentosa；RP)是一组由遗传缺陷引起的进行性视网膜退行性疾病，这类疾病以光感受器细胞和视网膜色素上皮细胞(RPE)的不可逆性凋亡为主要病理特征。RP患者的发病年龄在不同患者中有较大差异，从几岁到几十岁不等，但其首发临床表现多为夜盲，伴有视野的缩窄，以及中心视力的进行性下降，严重者可致盲。RP是临床上常见且危害较为严重的一类遗传性致盲疾病，是严重危害世界范围内工作年龄人群的一大类致盲眼病，RP在我国乃至世界范围内均有较高的发病率。我国是RP遗传资源大国，但目前RP相关的遗传学信息多来自西方国家，因此对我国RP患者进行深入的遗传学研究，探寻潜在的RP相关的新致病基因及致病突变显得尤为重要。RP为单基因遗传病，具有显著的临床及遗传异质性。RP的遗传异质性表现在众多基因缺陷均可致病，其常见的遗传模式有常染色体显性遗传、常染色体隐性遗传及X连锁隐性遗传。迄今，全世界已鉴定出75个RP相关致病基因和82个连锁位点(www.RetNet.org)，且随着研究深入，该数目正逐年递增。与此同时，携带有相同致病基因突变甚至是相同致病突变的患者，其临床表现亦可能存在较大差异，即显著的临床异质性。目前仍有40％到50％(西方国家统计结果，我国比率更高)RP患者的致病基因尚未找到，提示存在大量RP的新致病基因有待挖掘。针对RP的分子遗传学研究必须建立在一定的分子生物学技术的基础上。研究RP致病基因的一个重要目的是进行RP的分子诊断，鉴于其显著的遗传异质性，如何检测众多致病基因突变是目前的难题之一。基于连锁分析的定位克隆策略是鉴定单基因遗传病致病基因的经典方法，但是同时也面临一些困难：①通常需要多代家系，难以分析小家系和散发病例。②有时多代家系也不能定位致病位点。③难以在连锁区域内筛选出正确的致病基因。因此，鉴于RP疾病本身的性质及传统分析技术的局限性，寻求一种全新的RP致病基因的研究方法显得尤为迫切。Secretedphosphoprotein2(SPP2；MIM602637)基因位于2号染色体长臂2q37.1位置，该基因含有8个外显子，其编码的Spp-24蛋白是一种含有211个氨基酸的分泌性蛋白，是cystatin蛋白家族的一员，目前有关Spp-24蛋白功能的研究较少，SPP2基因突变与疾病，尤其是与视网膜疾病间的关系国内外均未见任何报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对上述缺陷，提供一种遗传性视网膜色素变性疾病的致病突变。本专利技术的另一目的是提供该致病突变的应用。本专利技术的又一目的是提供该致病突变的检测试剂。本专利技术的目的可通过如下技术方案实现：一种用于检测遗传性视网膜色素变性疾病的突变的SPP2基因，突变的SPP2基因为杂合突变SPP2p.Gly97Arg或者SPP2p.Gly29Asp。野生型SPP2基因在Ensemble数据库中的基因编号为：ENSG00000072080，所述的突变的SPP2基因SPP2p.Gly97Arg在物理位置为234967558的碱基由G突变为C，其他部分与野生型相同；所述的突变的SPP2基因SPP2p.Gly29Asp在物理位置为234959515的碱基由G突变为A，其他部分与野生型相同。一种突变的Spp-24蛋白，野生型Spp-24蛋白在Ensemble数据库中的基因转录本编号为：ENST00000168148，突变的Spp-24蛋白在该野生型蛋白的第97位氨基酸由甘氨酸突变为精氨酸，或者第29位氨基酸由甘氨酸变为天冬氨酸，其他部分与野生型相同。本专利技术所述的突变的SPP2基因或者所述的突变的Spp-24蛋白在制备遗传性视网膜色素变性疾病检测试剂或检测设备中的应用。其中所述的检测试剂优选自：引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。所述的检测设备优选包括含有检测突变的SPP2基因的基因芯片的检测平台。一种检测遗传性视锥细胞营养不良疾病的试剂盒，所述的试剂盒包括：(a)检测SPP2基因物理位置为234967558和234959515核苷酸位点的试剂；或检测Spp-24蛋白第29位或第97位氨基酸位点的试剂；(b)说明书。其中，所述的试剂优选选自引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。作为本专利技术的一种优选，所述的试剂为基于深度测序为平台的基因芯片杂交探针。检测234959515核苷酸位点的杂交探针序列优选为chr2|234959442-234959561，序列如SEQIDNO.1所示；检测234967558核苷酸位点的杂交探针序列优选为chr2|234967464-234967583，序列如SEQIDNO.4所示。作为本专利技术的另一种优选，所述的试剂为检测234959515核苷酸位点和234967558核苷酸位点的引物对。检测234967558核苷酸位点的正向引物序列为SEQIDNO.14，反向引物序列为SEQIDNO.15；检测234959515核苷酸位点的正向引物序列为SEQIDNO.16，反向引物序列为SEQIDNO.17。一种以深度测序为平台筛查RP患者中SPP2基因突变的方法，包括以下步骤：(1)建立RP患者家系临床与遗传资源库，收集RP家系的临床资料及血液标本，提取基因组DNA；(2)设计SEQIDNO.1～SEQIDNO.13所示的用于检测SPP2基因突变的杂交探针，并将其整合到基因芯片上；(3)利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序；(4)对测序结果进行优化的生物信息学分析，筛选到一个新的RP新的致病突变为杂合突变SPP2p.Gly97Arg。突变SPP2p.Gly97Arg位于2号染色体，物理位置为234967558(Ensemble数据库)的碱基由G突变为C；RNA水平：SPP2基因编码RNA第289位碱基由G突变为C；蛋白水平：SPP2基因编码蛋白第97位氨基酸由甘氨酸突变为精氨酸。步骤(2)所述的基因芯片优选Agilent公司生产的基因芯片。步骤(3)所述的利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序优选利用美国Illumina公司的Hi-seq2000仪器完成。步骤(3)所述的利用制备的基因芯片捕获目标区域并进行深度测序优选流程为：将基因组DNA片段化，在DNA末端标记“A”并与IlluminaPE接头-寡核苷酸混合物相连接；连接产物经PCR富集，获得DNA文库，并将DNA文库与已知致病基因捕获芯片杂交、洗脱、纯化，获得编码序列；创建配对末端，在IlluminaHiSeqTM2000平台上对目标序列进行测序。有益效果目前并没有研究指出SPP2基因突变与眼部疾病间的关系，因此，针对SPP2基因与RP的相关研究显得尤为必要。本专利的选择SPP2基因作为RP的候选基因，是由申请人在多年从事临床医疗、遗传学研究的基础上所筛选出的，通过本专利技术方法进一步明确了SPP2基因与RP的关系。一个基因可以对应多个不同的转录本，且不同转录本所编码的RNA及蛋白有所不同。本专利中申请人根据长期从事遗传学研究的经验，筛选出SPP2基因的最优转录本，并根据不同的转录本设计相应的探针，从而使筛查效本文档来自技高网...
【技术保护点】
用于检测遗传性视网膜色素变性疾病的突变的SPP2基因，其特征在于所述的突变的SPP2基因选自杂合突变SPP2p.Gly97Arg或者SPP2p.Gly29Asp。
【技术特征摘要】
1.用于检测遗传性视网膜色素变性疾病的突变的SPP2基因，其特征在于所述的突变的SPP2基因选自杂合突变SPP2p.Gly97Arg或者SPP2p.Gly29Asp。2.根据权利要求1所述的突变的SPP2基因，其特征在于野生型SPP2基因在Ensemble数据库中的基因编号为：ENSG00000072080，所述的突变的SPP2基因在物理位置为234967558的碱基由G突变为C，或者在物理位置为234959515的碱基由G突变为A，其他部分与野生型相同。3.一种突变的Spp‐24蛋白，其特征在于野生型Spp‐24蛋白在Ensemble数据库中的基因转录本编号为：ENST00000168148，突变的Spp‐24蛋白在该野生型蛋白的第97位氨基酸由甘氨酸突变为精氨酸，或者第29位氨基酸由甘氨酸变为天冬氨酸，其他部分与野生型相同。4.权利要求1所述的突变的SPP2基因或者权利要求3所述的突变的Spp‐24蛋白在制备遗传性视锥细胞营养不良疾病检测试剂或检测设备中的应用。5.根据权利要求4所述的应用，其特征在于所述的检测试剂选自：引物或引物对、探针、抗体、或核酸芯片中的一种或多种。6.根据权利要求4所述的应用，其特征在于所述的检测设备包括含有检测突变的SPP2基因的基因芯片的检测平台。7.一种检测遗传性视锥...
【专利技术属性】
技术研发人员：赵晨，陈雪，刘媛，
申请(专利权)人：南京医科大学第一附属医院，赵晨，
类型：发明
国别省市：江苏;32
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