急性髓细胞性白血病应答法尼基转移酶抑制剂治疗的测定方法技术

本发明专利技术的方法可以期望的准确度快速鉴定那些可能会对法尼基转移酶抑制剂和依托泊苷、替尼泊苷、他莫昔芬、索拉非尼、紫杉醇、替莫唑胺、托泊替康、曲妥珠单抗和顺铂中的一个或多个的组合治疗产生应答的AML患者，包括年老的AML患者在内。在一个实施例中，改善包括使用全血代替通常的骨髓样品，从而使检测更准确、快速、较少干扰，较少花费以及更少痛苦。该方法包括结合相对应的阈值评估两基因的表达比(RASGRP1：APTX)，对组合疗法的应答预测提供了足够的精度。优选实施方案为替吡法尼(R1 15777，)联合依托泊苷的组合治疗。进一步地，鉴定为很可能应答替吡法尼和依托泊苷组合治疗的老年AML患者具有媲美年轻患者最佳治疗条件下的完全恢复速度。

【技术实现步骤摘要】
本申请是申请日为2011年7月28日，申请号为201180036893.X(PCT/US2011/045693)，专利技术名称为“急性髓细胞性白血病应答法尼基转移酶抑制剂治疗的测定方法”的专利技术专利申请的分案申请。
技术介绍
美国的急性骨髓性白血病(AML)患病率较低，约5万患者，这被认为远低于美国对孤儿病20万患病人数定义的要求。老年人患急性骨髓性白血病的患病率更高，往往也更难治疗。老年患者通常被定义为至少60岁的病人(尽管一些分类要求病人至少65岁甚至70岁)以高比率死于这种疾病。老年急性骨髓性白血病患者的响应率和存活率平均为30％～50％，完全缓解的中位无复发生存期(RFS)只有9至12个月。很少有老年患者可以活过两年。老年急性骨髓性白血病患者的治疗管理面临很多挑战。尽管约百分之七十(70％)的患者在常规诱导治疗下病情到缓解，但由于这种疗法的毒性作用以及给老年人带来的严重不良后果，导致常规诱导治疗通常不适用于老年患者。因此，老年患者的治疗方案通常仅仅是临床试验治疗或姑息治疗。不过，可以鉴别可能对常规诱导治疗响应的老年患者的亚组。例如，具有良好的细胞遗传学和不伴有高多药耐药蛋白(MDR1)表达的老年患者对诱导治疗应答良好。但是，延迟鉴别这些患者会延迟诱导治疗，例如等待细胞遗传学评估结果可能得花上一周或者更久，这会对患者的预后有明显的负面影响。响应不良的标记包括FLT3/ITD基因突变的出现以及CD34抗原表达。因此，对老年AML患者的有效治疗需要快速决策，这反过来需要快速测定选择适当的治疗。有些患者的治疗响应良好，而有些患者每况愈下，饱受治疗副作用之苦。AML患者也可分为复发/难治性疾病患者以及初诊患者。处于复发或难治性疾病状态的患者不是对治疗毫无响应，就是疾病已经复发。复发性或难治性状态都与不良预后相关。不幸的是，许多AML治疗取得初步成功后，紧随的往往是旧病复发。此外，还尚不清楚大多数治疗是否对所有患者有效，部分缓解很大程度上对延长生存期无效。法尼基转移酶抑制剂(FTI)即使对老年患者而言也是一种可选的疗法。法尼基转移酶抑制剂(FTI)抑制碳法尼基部分与各种蛋白质的C-末端CAAX模序共价结合。很明显，相对于常规诱导治疗，老年患者对FTI的耐受性更好。但是，大约仅15％～25％的患者对法尼基转移酶抑制剂的治疗有响应。法尼基转移酶抑制剂例如替吡法尼通过竞争性抑制法尼基部分与信号分子如RAS(与癌症有着密切关系)等的结合来执行其功能。这种抑制预计会阻碍它们的功能。本申请中所关注的许多FTI在美国专利公开20030050323里描述。替吡法尼，也称为R115777或其商品名为ZARNESTRATM，是第一种用于临床试验的法尼基转移酶抑制剂(FTI)，在许多疾病治疗上显示出良好的前景。它在血液系统疾病方面显现出重要的作用，这些疾病包括AML、多发性骨髓瘤(MM)、骨髓增生异常综合征(MDS)、幼年型粒单细胞白血病(JMML)、骨髓纤维化与髓样化生(MMM)和慢性粒细胞性白血病(CML)，AML和MDS的完全缓解率高达15％左右。此外，替吡法尼常与其他治疗具有协同作用。这种协同作用常使老年患者有其它的选择，让他们能够承受法尼基抑制剂和另一种药剂的协同治疗。相比单独用一种药剂治疗，这种治疗的副作用是可以接受的，疗效更好。值得注意的是，之前的替吡法尼临床试验本身并不会显著增加存活率；与诸如阿糖胞苷(ARA-C)的另一药剂的协同治疗甚至可能增加死亡率。替吡法尼和依托泊苷的协同很可能克服这些缺点。优选的FTI是替吡法尼，其能抑制多种肿瘤/细胞株的生长。具体地讲，表达N-ras基因或H-ras基因突变的细胞株表现出明显的细胞增殖抑制作用。然而，在进行测试时，仅约一半的K-ras基因突变细胞株会被FTIR115777抑制，加大剂量也同样如此。FTI R115777在抑制肿瘤/细胞株生长上也表现出和很多药剂的协同作用。值得注意的是，某些癌症和其他增殖性疾病特征在于突变存在于不同类型的ras突变的突变或者对其具有敏感性。因此，包括R115777在内的FTI不期望对所有类型的癌症和增殖性疾病都具有相同的效果。事实上，当K-ras起主要作用时，FTI对其不可能与只有N-ras基因或H-ras基因起重要的作用时同样有效。规诱导治疗的另一可选疗法基于鬼臼毒素(Podophyllotoxin)，所述疗法在美国专利公开号US20030050323中有描述。鬼臼毒素是从曼德拉草里提取的。它是一种母体化合物，从该化合物中研发出的两种糖苷在治疗人类肿瘤方面有重大的治疗效果，所述肿瘤包括小儿白血病、肺小细胞癌、睾丸瘤、霍奇金病和大细胞淋巴瘤等。这些衍生物是依托泊苷(VP-16)，它的化学名是41-去甲表鬼臼脂素-9-[4，6-0-(R)-亚乙基-β-D-吡喃葡糖苷]和替尼泊苷(VM-26)，化学名为41-去甲基表鬼臼脂素9-[4，6-0-(R)-亚乙基-β-葡萄糖苷]。这些化合物的作用机理包括通过与DNA拓扑异构酶II的相互作用或自由基的形成诱导DNA链断裂。然而，依托泊苷和替尼泊苷都有毒副作用，尤其是骨髓抑制。为了增强抗癌鬼臼毒素衍生物对肿瘤生长的抑制效果，为了找到一种使用低剂量抗癌鬼臼毒素衍生物的方法，本文探讨了和其它疗法组合的协同治疗。FTI，特别是替吡法尼，能与依托泊苷显示出协同作用，使得可以使用毒性小、效果好的剂量，这是老年AML患者重点考虑的因素。替吡法尼协同一种鬼臼毒素衍生物(如依托泊苷)组合副作用具有更好的可接受性。然而，替吡法尼和依托泊苷的协同组合的有效率约为15％至25％，不同于年轻AML患者组的有效率通常为百分之七十(70％)。由于并不是所有AML患者都对FTI治疗应答，如果患者是无应答者，这就在实施FTI之前提出了一大挑战，那么用FTI治疗该患者是不可取的。虽然首选的FTI，R115777是有效的联合用药，但是到现在还不能准确预测R115777与其它药剂联合用于特定患者的协同作用，部分原因是法尼基转移酶活性的抑制程度没有与临床变化良好地相关。例如，RAS基因突变状态被当作是患者对于FTI治疗响应的候选生物标记。所述原理基于这个临床前证据：许多癌症中，RAS基因特定点的突变会导致RAS途径的组成性激活。通常认为这种严重依赖于一个或两个途径激活的肿瘤肿瘤患者会对抑制发病途径的药物有响应。然而有时候，多个事件可以激活很多途径，已发现在没有活化的RAS突变的情况下，可以上调RAS。此外，正如美国专利公开号20070048782中指出的，目前还没有临床研究已证明RAS突变与FTI疗效之间的关联，所述专利以引用的方式在本专利技术中公开。事实上，尽管早期FTI临床研究多集中在表现RAS基因突变率高的癌症，但在这些试验中响应率非常低。因此，预测法尼基转移酶抑制剂与其它药剂组合用于特定患者的响应问题有待于找到一个合适的诊断方法，能快速、准确、费用适度地使预测能力具有临床用途。
技术实现思路
本专利技术鉴别能预测法尼基转移酶抑制剂与依托泊苷协同治疗应答的标记。这些标记可鉴别低应答特征的肿瘤治疗，所述低应答特征出现在可能应答者身上，同时可避免可能无应答者受到不期望的不良副作用的影响。优选实施例能够可靠迅速地预测患者是否会对FTI协同治本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种给诊断患有病症的患者施用替吡法尼和依托泊苷的方法，所述方法包括：确定RASGRP1和APTX表达的比率是否超过ΔΔCt阈值，其中RASGRP1和APTX表达各自的水平使用ΔΔCt方法计算，所述阈值对应于测试群体ROC分析中指定的灵敏度或特异性或灵敏度和特异性的最大化总和；以及如果该比率超过ΔΔCt阈值，那么施用治疗有效量的替吡法尼。

【技术特征摘要】
2010.07.28 US 61/3684531.一种给诊断患有病症的患者施用替吡法尼和依托泊苷的方法，所述方法包括：确定RASGRP1和APTX表达的比率是否超过ΔΔCt阈值，其中RASGRP1和APTX表达各自的水平使用ΔΔCt方法计算，所述阈值对应于测试群体ROC分析中指定的灵敏度或特异性或灵敏度和特异性的最大化总和；以及如果该比率超过ΔΔCt阈值，那么施用治疗有效量的替吡法尼。2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述RASGRP1和APTX表达比率使用下列至少一种引物确定：(i) 5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’(ii) 5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3’(iii) 5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’和(iv) 5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’。3.根据权利要求1所述的方法，其中相对于APTX、β-肌动蛋白和HMBS中的一个或多个评估RASGPR1表达水平。4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述ΔΔCt阈值为约5.2。5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述ΔΔCt阈值对应于约70%或更大的曲线下面积。6.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述测定以多重形式在单管中进行。7.根据权利要求2所述的方法，还包括使用外部参照确定RASGRP1表达水平相对于APTX的比率。8.根据权利要求7所述的方法，其特征在于，所述外部参照选自：一个或多个参考细胞系、JY RNA、通用RNA、标准化RNA参考和参考患者样品。9.根据权利要求1所述的方法，其中样品包括下列中的至少一个：(i) 骨髓样品；以及(ii) 全血样品。10.根据权利要求1所述的方法，其中所述患者用替吡法尼和协同替吡法尼的另一药剂治疗，其中所述协同替吡法尼的另一药剂是选自依托泊苷、替尼泊苷、他莫昔芬、索拉非尼、紫杉醇、替莫唑胺、托泊替康、曲妥珠单抗和顺铂中的一种或其衍生物。11.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述病症是AML。12.一种给诊断患有病症的受试者处方替吡法尼的方法，所述方法包括：使用下列至少一种引物以扩增来自核糖核酸靶标的信号的方式评价RASGRP1和APTX表达(i) 5’-CGCTTCCGATTGGGCTAC-3’(ii) 5’-AGAATCAAAATCCTGGCTGATC-3’(iii) 5’-CTGGACGATCTCATTGACAGC-3’和(iv) 5’-CTTGCAACAGTTGGTTACTTCG-3’。13.根据权利要求12所述的方法，其特征在于，相对于APTX的表达水平评估基因RASGPR1表达的比率。14.根据权利要求12所述的方法，其特征在于，所述测定以多重形式在单管中进行。15.根据权利要求13所述的方法，还包括使用外部参照确定RASGRP1相对于APTX的表达水平比率。16.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，将所述RASGRP1相对于APTX的表达水平比率与约5.2的ΔΔCt阈值相比。17.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，将所述RASGRP1相对于APTX的表达水平比率与约4.7的ΔΔCt阈值相比。18.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，将所述RASGRP1相对于APTX的表达水平比率与以下阈值相比，所述阈值对应于ROC分析中指定的灵敏度或特异性或灵敏度和特异性的最大化总和。19.根据权利要求18所述的方法，其特征在于，所述曲线下面积为约70%或更大。20.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，所述外部参照选自：一个或多个参考细胞系、JY RNA、通用RNA、标准化RNA参考和参考患者样品。21.根据权利要求12所述的方法，其特征在于，样品包含下列中的至少一个：(i) 骨髓样品；以及(ii) 全血样品。22.根据权利要求15所述的方法，其特征在于，如果受试者RASGRP1相对于APTX的表达水平的比率大于阈值，则给受试者处方替吡法尼。23.根据权利要求17所述的方法，其特征在于，将替吡法尼与另一协同替吡法尼的药剂共同处方，其中所述另一协同替吡法尼的药剂是选自依托泊苷、替尼泊苷、他莫昔芬、索拉非尼、紫杉醇、替莫唑胺、托泊替康、曲妥珠单抗和顺铂中的一种或其衍生物。24.根据权利要求19所述的测定，其特征在于，所述另一协同法尼基转移酶抑制剂的药剂是依托泊苷。25.一种鉴定用于诊断患有髓性病症的受试者的治疗的方法，所述方法包括：施用第一测定，所述测定基于靶核糖核酸的至少一次扩增而具有第一结果；基于第一结果和预定的阈值标记不可能受助于治疗组中一种或多种治疗的受试者，各所述治疗需要给予法尼基转移酶抑制剂和协同药剂，所述协同药剂选自：依托泊苷、替尼泊苷、他莫昔芬、索拉非尼、紫杉醇、替莫唑胺、托泊替康、曲妥珠单抗和顺铂；以及响应没有被标记的受试者，从治疗组中选择治疗。26.根据权利要求25所述的方法，其特征在于，选择所述预定阈值以具有对治疗组中一种或多种治疗的应答的高阴性预测值。27.根据权利要求25所述的方法，其特征在于，选择所述预定阈值以对治疗组中一种或多种治疗具有高阳性预测值。28.根据权利要求25所述的方法，还包括基于治疗的相对阳性预测值选择所述治疗。29.根据权利要求25所述的方法，其特征在于，所述髓性病症是急性髓细胞性白血病。30.根据权利要求25所述的方法，还包括响应于检测到对过去治疗应答的降低，从过去治疗改变为未来治疗的步骤。31.根据权利要求25所述的方法，其特征在于，第一测定的阳性预测值基于被期望对法尼基转移酶抑制剂治疗表现出阳性应答的部分受试者来确定，其中所述阳性应答包括完全缓解。32.根据权...

【专利技术属性】
技术研发人员：TI维纳，CC德雷乔，JF帕尔马，M拉波尼，
申请(专利权)人：维里德克斯有限责任公司，
类型：发明
国别省市：美国;US