一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对及其应用制造技术

本发明专利技术属于植物分子遗传学领域，涉及一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对及其在选育水稻品种中的应用。一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对，所述的引物对的上游引物为Seq ID NO.1所示的序列，所述引物对的下游引物为Seq ID NO.2所示的序列。本发明专利技术提供的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对，是与结实率QTL相关的连锁SSR标记，能够在36份核心种质中较为准确鉴定高结实率材料和低结实率材料的特异条带；能够在育种材料中进行早期的结实率的预测和对是否含有与结实率相关基因的判断；可以快速鉴定育种材料是否含有结实率相关的QTL；成本低廉，鉴定简单，指向性明确。

SSR primer pair linked with seed setting rate of rice chromosome 3 and its application

The invention belongs to the field of plant molecular genetics, and relates to a pair of SSR primers which are linked with the seed setting rate of rice chromosome 3 and the application in breeding rice varieties. A kind of rice chromosome 3 SSR primer chain and seed rate on phase, the primers of upstream primer sequence for Seq ID NO.1 shows, the downstream primer primer sequence for Seq ID NO.2 shown. The present invention provides the rice chromosome 3 SSR primer chain and seed rate on phase, is a chain of SSR markers associated with seed setting rate of QTL, in the 36 Core Germplasms in accurate identification of high seed rate and low seed setting rate of material material specific bands; in breeding materials in the prediction of seed setting rate early on and whether it contains and fertility related genes can judge; rapid identification of breeding materials containing seed rate related QTL; low cost, simple identification, point clear.

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于植物分子遗传学领域，涉及一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对及其在选育水稻品种中的应用。
技术介绍
SSR标记又称为simple sequence repeat，是目前最常用的微卫星标记之一。核心结构是由2-6个核苷酸为重复单位串联组成的长达几十个核苷酸序列，通常都是保守性较强的单一序列，其两侧是相对保守和特异的单拷贝序列。根据特异保守的序列，可以人工合成引物进行PCR扩增，由于单个微卫星位点重复单元在数量上的变异，个体的扩增产物在长度上的变化就产生长度的多态性，每一扩增位点就代表了这一位点的一对等位基因。因此，PCR产物产生了长度的多态性。SSR标记建立在PCR技术上，由于具有共显性、含量丰富、多态性高的特点，因此广泛运用在动植物的遗传育种研究上。水稻结实率是影响产量的重要因子，利用SSR和各类标记，群体进行水稻结实率的定位与克隆的工作一直方兴未艾。陈庆全等利用低结实率的籼稻材料和高结实率的籼稻品种T226为亲本构建重组自交系，对重组自交系的结实率进行基因型和环境互作分析、QTL定位分析，结果发现17个与结实率相关的QTL，其中大部分QTL均只在1个或2个特定的环境中发现，而位于第3染色体MRG5959-MRG2180区间的qSSR3-1,共在6个环境中一致检测到,贡献率分别在各环境中均为最大(15.6-35.7％)、其增效的等位基因来源于亲本T226(陈庆全，2007)。周勇等利用染色体单片段代换系定位水稻结实率QTLs，以广陆矮4号和Japonica的85个染色体单片段代换系为研究材料，通过单因素方差分析和多重比较，对与结实率相关的QTLs进行检测。结果发现9个结实率QTLs，分布于水稻12条染色体中的7条染色体上(周勇，2013)。高云等利用染色体单片段代换系定位水稻结实率QTL，以籼稻品种扬稻6号为受体、粳稻品种Japonica为供体构建的一套染色体片段代换系为材料，利用多元回归分析方法，结合Bin图谱，对代换系上的结实率QTL进行鉴定，结果表明，14个控制水稻结实率性状的QTL，分别位于3-11染色体。贡献率最大的QTL为qSSR5.1，贡献率为49.76％，被定位在第5染色体上731482bp区间内(高云，2014)。目前，国内研究对结实率的研究集中在QTL定位和基因克隆方面，在分子标记辅助选择育种和对育种材料中结实率相关位点的检测较少。大量的水稻结实率的相关QTL定位为水稻高结实率的育种奠定了理论基础，然而多数QTL是基于两种结实率有显著差异的材料组配群体进行研究，在后代群体中鉴定获得。仅仅停留在定位的阶段。他们具有以下缺点：(1)仅在两个亲本材料中具有多态性，筛选到的与结实率相关的SSR标记在特定群体中有相关关系。(2)定位群体中与结实率相关的SSR标记，尚未在育种材料中进行检测，尚未见到结实率相关SSR引物对不同结实率的水稻种质进行鉴定和联系。因此利用率并不高。
技术实现思路
为了解决水稻育种中对育种材料结实率的早期检测问题，以及解决与结实率相关QTL的聚合问题，本专利技术提供一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对，用于检测育种材料中结实率相关的本QTL是否存在。能够快速判断植株是否携带高结实率基因。利用传统技术判断水稻结实率要等到结实后肉眼观察，如果差异小，要等到种子成熟以后计算，周期较长。利用分子标记辅助选择，可以直接在苗期判断是否含有高结实率QTL，快速方便。为了实现上述目的，本专利技术采用了以下技术方案：本专利技术公开了一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对，所述的引物对的上游引物为Seq ID NO.1所示的序列，所述引物对的下游引物为Seq ID NO.2所示的序列。本专利技术还提供了所述的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对用于筛选水稻是否携带高结实率基因的方法，包括步骤：以待检测的水稻基因组DNA为模板，以权利要求1所述的SSR引物对进行PCR扩增，与低结实率的Japonica的条带进行对比，从而鉴定材料中是否含有高结实率的相关基因。本专利技术还提供了所述的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对在水稻辅助育种中的用途。与现有技术相比，本专利技术具备如下有益效果：(1)本专利技术提供的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对，是与结实率QTL相关的连锁SSR标记，能够在36份核心种质中较为准确鉴定高结实率材料和低结实率材料的特异条带。能够在育种材料中进行早期的结实率的预测和对是否含有与结实率相关基因的判断。可以快速鉴定育种材料是否含有结实率相关的QTL。成本低廉，鉴定简单，指向性明确。(2)本专利技术提供的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对与结实率高度相关，是一个与结实率相关的QTL，贡献率为11.90％，是一个新的未报道过的与结实率相关的QTL。(3)本专利技术提供的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对在36份结实率不同的核心种质中检测，能够有效检测高结实率的特异条带和低结实率的特异条带，快速高效在水稻植株幼苗前期确定水稻材料是否含有结实率相关QTL或是否含有高结实率基因。因此，利用本专利技术，可以快速高效鉴定水稻育种材料是否含有结实率相关QTL。附图说明图1为为本专利技术的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对在36份核心水稻种质中扩增产物的变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测条带；有关附图标记的说明：1-DOZIANCLOUA::IRGC 56877-1；2-STG 556011::IRGC 4059-1；3-VILLAGUAY P A::IRGC 117259-1；4-RATHAL::IRGC 31524-1；5-CANELLA DE FERRO；6-VARY MADINIKA 3566::GERVEX 8448-C1；7-SULTANI；8-KERITING TINGGI；9-KU 115；10-SUTHUWEE::IRGC 8915-1；11-ORYZICA SABANA 10::IRGC 117018-1；12-WAS 198-B-3-1-3::C1；13-ANAYANSI::IRGC 77474-1；14-IR 5::IRGC 10321-1；15-PERUM KARUPPAN::IRGC 15524-1；16-LAL BAGDAR::IRGC 77272-1；17-TOKAMBANY 669::GERVEX 8406-C1；18-SALUMPIKIT::IRTP 4777-C1；19-E 5168::IRGC 68021-1；20-Japonica；21-TSIPALA FOTSY::IRGC 69973-1；22-YE TI ZHAN::IRGC 68296-1；23-PICONEGRO::IRGC 117022-1；24-NCS 130::IRGC 51879-1；25-YAKADA::IRGC 51096-1；26-GBUAPU 1::IRGC 63265-1；27-MANDRIRAVINA::IRGC 69960-1；28-BAKUNG(H)::IRGC 60220-1；29-ZALCHA::IRGC 62190-1；30-PAWHTUN::IRGC 33562-1；31-ATHKANDIRAM::I本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对，其特征在于，所述的引物对的上游引物为Seq ID NO.1所示的序列，所述引物对的下游引物为Seq ID NO.2所示的序列。

【技术特征摘要】
1.一种水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对，其特征在于，所述的引物对的上游引物为Seq ID NO.1所示的序列，所述引物对的下游引物为Seq ID NO.2所示的序列。2.权利要求1所述的水稻3号染色体上与结实率相连锁的SSR引物对用于筛选水稻是否携带高结实率基因的方...

【专利技术属性】
技术研发人员：潘英华，梁云涛，徐志健，韦价报，
申请(专利权)人：广西壮族自治区农业科学院水稻研究所，
类型：发明
国别省市：广西;45