本发明专利技术公开了一种黄颡鱼生长特性相关的SNP位点，为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2100位，其碱基为A或G；或者为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2285位；其碱基为T或C；或者为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2822位，其碱基为A或G；本发明专利技术还通过筛选获得能够特异性检测出上述SNP位点的引物，本发明专利技术的SNP位点与黄颡鱼的全长性状密切相关，能够有效用于黄颡鱼的分子标记辅助育种，进而根据实际育种需求选择生长速度对黄颡鱼育种材料进行早期选择，能够进一步有效提高育种的效率和准确性。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及分子育种遗传标记
，更具体地，涉及一种黄颡鱼生长特性相关的SNP位点及其检测和应用。
技术介绍
黄颡鱼是我国广泛养殖的小型淡水经济鱼类；因其肉质细嫩、营养丰富、含肉率高深受消费者欢迎，黄颡鱼繁殖亲本主要是野生捕捞或培养数代的种群，没有经过人工选育，其生长速度、抗病能力和养殖性能较弱，因此开展黄颡鱼的两种选育工作具有实际的意义。目前已有许多学者在黄颡鱼遗传育种方面进行了大量的研究，并取得了不少成果。随着生物技术的发展，鱼类遗传育种技术有了越来越多的方法，分子标记主要是指能够反映个体生物或群体间基因组中某些差异性的基因片段，具有多态性高、分布广泛、共显性等一系列优势，在鱼类遗传育种和遗传连锁图谱构建、亲缘关系鉴定、种质资源研究等方面具有广泛的应用；利用分子标记培育生长性状优良的高产品种是提高经济效益的中药途径之一，获得与黄颡鱼生长特性相关的基因及基因位点可辅助高产黄颡鱼的选育，目前还没有与黄颡鱼生长特性相关的基因及基因位点的报道。
技术实现思路
本专利技术所要解决的技术问题是克服现有技术存在的上述缺陷，提供一种与黄颡鱼生长特性相关的SNP位点。本专利技术的第二个目的是提供用于特异性检测上述SNP位点的引物。本专利技术的第三个目的是提供上述SNP位点的应用。本专利技术的目的是通过以下技术方案予以实现的：一种与黄颡鱼生长特性相关的SNP位点，所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2100位，其碱基为A或G；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2285位；其碱基为T或C；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2822位，其碱基为A或G。本专利技术首先通过同源克隆的方法获得黄颡鱼GH全长，混池测序发现GH基因的内含子4存在4个SNP位点，3’UTR存在1个SNP位点，分别将其命名为1674G>A、2100A>G、2154T>G、2285T>C、2822A>G。申请人通过研究发现：1674G>A和2154T>G两个位点的基因型与各生长性状无显著差异；位点2100A>G中的基因型GG体厚显著厚于基因型AA（P<0.05），且基因型GG体厚极显著厚于基因型AG（P<0.01）；位点2285T>C中的基因型CC尾柄长显著长于基因型CT（P<0. 05）；位点2822A>G中的基因型GG全长显著长于基因型AG（P<0.05），基因型GG体长显著长于基因型AA型(P<0.05)，且极显著长于基因型AG（P<0. 01），基因型GG尾柄高显著高于基因型AA、AG（P<0. 05），基因型GG尾柄长显著长于基因型AA型（P<0. 05），且极显著长于基因型AG（P<0. 01）。因此优选地，所述自5’端起第2100位，其碱基为A或G的SNP位点的GG基因型个体的体厚厚于AA和AG基因型个体。优选地，所述自5’端起第2285位；其碱基为T或C的SNP位点的CC基因型个体的尾柄长大于CT和TT基因型个体。优选地，所述自5’端起第2822位，其碱基为A或G的SNP位点的GG基因型个体的全长高于AA或AG基因型个体；GG基因型个体的体长高于AA和AG基因型个体；GG基因型个体的尾柄高高于AA和AG基因型个体；GG基因型个体的尾柄长大于AA和AG基因型个体。本专利技术还提供一种用于检测所述与黄颡鱼生长特性相关的SNP位点的引物，其序列如SEQ ID NO：2～5所示；本专利技术还提供含有所述引物的试剂盒。根据本专利技术实施例，可以通过检测黄颡鱼上述SNP，能够有效地确定其全长性状，因此，可用于黄颡鱼的遗传育种；因此，本专利技术还提供上述SNP位点或者用于检测上述SNP位点的引物或者含有所述用于检测上述SNP位点的引物的试剂盒在黄颡鱼遗传育种中的应用。本专利技术还提供一种检测黄颡鱼全长性状的方法，是通过对黄颡鱼进行上述的SNP位点的检测，确定黄颡鱼的全长性状；具体是利用本专利技术的引物对能够有效地对待测黄颡鱼的上述与全长性状相关的SNP位点所在的片段进行PCR扩增，进而通过测序能够有效实现对该SNP位点的检测，确定待测黄颡鱼该SNP位点的基因型，进而能够有效确定待测黄颡鱼的全长性状。优选地，所述检测黄颡鱼全长性状的方法包括以下步骤：（1）提取待测黄颡鱼的基因组DNA，利用上述引物对基因组DNA进行PCR扩增，以便获得PCR扩增产物；（2）对所述PCR扩增产物进行测序，以便获得测序结果；基于所述测序结果，确定所述待测黄颡鱼的所述SNP位点的基因型以及基于所述待测黄颡鱼的所述SNP位点的基因型，确定所述待测黄颡鱼的全长性状。与现有技术相比，本专利技术具有以下有益效果：本专利技术提供了一种黄颡鱼生长特性相关的SNP位点，所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2100位，其碱基为A或G；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2285位；其碱基为T或C；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2822位，其碱基为A或G；本专利技术还通过筛选获得能够特异性检测出上述SNP位点的引物，本专利技术的SNP位点与黄颡鱼的全长性状密切相关，能够有效用于黄颡鱼的分子标记辅助育种，进而根据实际育种需求选择生长速度对黄颡鱼育种材料进行早期选择，能够进一步有效提高育种的效率和准确性。附图说明图1为部分SNPs位点测序图，其中，图（a）为2154T>G；图（b）为2822A>G。具体实施方式下面将结合说明书附图和具体实施例进一步说明本专利技术的内容，但不应理解为对本专利技术的限制。不背离本专利技术精神和实质的情况下，对本专利技术方法、步骤、条件所作的修改或替换，均属于本专利技术的范围。若无特别说明，实施例中所用的实验方法均为本领域技术人员所熟知的常规方法和技术，试剂或材料均为通过商业途径得到。本专利技术采用同源克隆的方法获得黄颡鱼GH全长，共3117bp，5个外显子（从5’端开始分别称为外显子1、外显子2、外显子3、外显子4和外显子5），4个内含子（从5’端开始分别称为内含子1、内含子2、内含子3、内含子4），5’UTR为165bp，3’UTR为485bp。实施例1 GH基因的SNP位点筛查分析一、设计引物及合成根据克隆获得的黄颡鱼生长激素基因全长序列设计两对引物，分别扩增GH基因的外显子4、内含子4、外显子5区域和GH基因3’UTR端区域。引物信息见表1。二、SNPs位点的筛选（1）DNA池的构建选取试验黄颡鱼样品中体重高和低的各10条，用紫外分光光度计测量每个样品基因组DNA浓度，然后每个样品稀释到100ng/ul，各取10ul等量等浓度混合构建成品种DNA池，用以SNPs位点的筛选。（2）混池反应体系，如表2上述反应体系的PCR反应程序：（i）预变性94 ℃ 5 min；（ii）变性94 ℃ 30 s，退火53℃（或者57 ℃）30s，延伸72 ℃ 90s（或者40s）；共38个循环；（iii）延伸72 ℃ 10 min，4 ℃终止；产物进行1.5%琼脂凝胶电泳检测，目的条带符合送华大基因公司测序。混池测序发现GH基因的内含子4存在4个本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与黄颡鱼生长特性相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2100位，其碱基为A或G；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2285位；其碱基为T或C；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2822位，其碱基为A或G。
【技术特征摘要】
1.一种与黄颡鱼生长特性相关的SNP位点，其特征在于，所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2100位，其碱基为A或G；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2285位；其碱基为T或C；或者所述SNP位点为SEQ ID NO：1所示GH基因自5’端起第2822位，其碱基为A或G。2.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，所述自5’端起第2100位，其碱基为A或G的SNP位点的GG基因型个体的体厚厚于AA和AG基因型个体。3.根据权利要求1所述的SNP位点，其特征在于，所述自5’端起第2285位；其碱基为T或C的SNP位点的CC基因型个体的尾柄长大于CT和TT基因型个体。4.根据权利要求1所述...
【专利技术属性】
技术研发人员：刘文生，李美娟，朱雯璐，王娟，廖良源，
申请(专利权)人：华南农业大学，
类型：发明
国别省市：广东;44
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。