用于癌症治疗的诊断方法和组合物技术

本申请涉及用于癌症治疗的诊断方法和组合物。本文中公开可用于血管发生性病症，包括例如癌症的诊断和治疗的方法和组合物。具体地，本发明专利技术公开了适合预测患者对抗NRP1、抗VEGFC和抗EGFL7治疗是否响应的标志物基因。

【技术实现步骤摘要】
本申请是申请日为2010年7月12日、中国申请号为201080036560.2、专利技术名称为“用于癌症治疗的诊断方法和组合物”的专利技术申请的分案申请。相关申请本申请要求2009年7月13日提交的美国临时专利申请No.61/225120和2010年6月4日提交的No.61/351733的权益，通过述及将其公开完整收入本文用于所有目的。专利
本专利技术涉及可用于血管发生性病症(包括例如癌症)治疗的诊断方法和组合物。专利技术背景血管发生性病症诸如癌症是对人类健康的最致命威胁之一。仅在美国，癌症每年影响近130万新患者，而且是位于心血管疾病之后的第二位死因，占4例死亡中的大约1例。实体瘤对大多数那些死亡负有责任。虽然某些癌症的医学治疗中已经取得了重大进步，但是所有癌症的总体5年存活率在最近20年里只改进了约10％。癌症(或称作恶性肿瘤)以不受控制的方式快速生长和转移，使得及时检测和处理极端困难。根据癌症类型，患者通常有数个治疗选项可用，包括化疗、辐射和基于抗体的药物。对于预测不同治疗方案的临床结果有用的诊断方法会大大有利于这些患者的临床管理。数项研究探索了基因表达与特定癌症类型的鉴定(例如通过突变特异性测定法、微阵列分析、qPCR、等)的关联。此类方法对于患者所呈现的癌症的鉴定和归类可能是有用的。然而，关于基因表达对临床结果的预测或预后价值所知道的要少得多。如此，需要客观的、可再现的方法来实现每位患者的最佳治疗方案。专利技术概述本专利技术的方法可用于多种背景，包括例如选择为患者最佳治疗过程、预测用特定治疗方案治疗患者个体时成功的可能性、评估疾病进展、监测治疗功效、为患者个体确定预后及评估个体受益于特定疗法(例如抗血管发生性疗法，包括例如抗癌疗法)的素因。本专利技术部分基于指示疗法(例如抗血管发生性疗法，包括例如抗癌疗法)功效的生物标志物的用途。更特别地，本专利技术基于测量至少一种选自下组的基因的表达水平的升高或降低，以预测疗法(例如抗血管发生性疗法，包括例如抗癌疗法)的功效：18S rRNA，ACTB，RPS13，VEGFA，VEGFC，VEGFD，Bv8，PlGF，VEGFR1/Flt1，VEGFR2，VEGFR3，NRP1，sNRP1，Podoplanin，Prox1，VE-钙粘蛋白(CD144、CDH5)，robo4，FGF2，IL8/CXCL8，HGF，THBS1/TSP1，Egfl7，NG3/Egfl8，ANG1，GM-CSF/CSF2，G-CSF/CSF3，FGF9，CXCL12/SDF1，TGFβ1，TNFα，Alk1，BMP9，BMP10，HSPG2/串珠蛋白聚糖，ESM1，Sema3a，Sema3b，Sema3c，Sema3e，Sema3f，NG2，ITGa5，ICAM1，CXCR4，LGALS1/半乳凝素1，LGALS7B/半乳凝素7，纤连蛋白，TMEM100，PECAM/CD31，PDGFβ，PDGFRβ，RGS5，CXCL1，CXCL2，robo4，LyPD6，VCAM1，胶原IV，Spred-1，Hhex，ITGa5，LGALS1/半乳凝素1，LGALS7/半乳凝素7，TMEM100，MFAP5，纤连蛋白，纤蛋白2，纤蛋白4/Efemp2，HMBS，SDHA，UBC，NRP2，CD34，DLL4，CLECSF5/CLEC5a，CCL2/MCP1，CCL5，CXCL5/ENA-78，ANG2，FGF8，FGF8b，PDGFC，cMet，JAG1，CD105/内皮糖蛋白，刻缺蛋白1，EphB4，EphA3，EFNB2，TIE2/TEK，LAMA4，NID2，Map4k4，Bcl2A1，IGFBP4，VIM/波形蛋白，FGFR4，FRAS1，ANTXR2，CLECSF5/CLEC5a，和Mincle/CLEC4E/CLECSF9。本专利技术的一个实施方案提供鉴定会受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的患者的方法。该方法包括测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中至少一种基因的表达水平与参照样品相比升高指示该患者会受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗。本专利技术的另一个实施方案提供鉴定会受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的患者的方法。该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中至少一种基因的表达水平与参照样品相比降低指示该患者会受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗。本专利技术的又一个实施方案提供预测罹患癌症的患者对不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的响应性的方法。该方法包括测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中至少一种基因的表达水平与参照样品相比升高指示该患者更有可能响应不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗。本专利技术的还有另一个实施方案提供预测罹患癌症的患者对不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的响应性的方法。该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中至少一种基因的表达水平与参照样品相比降低指示该患者更有可能响应不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗。本专利技术的甚至另一个实施方案提供确定有癌症的患者会展现出受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的可能性的方法。该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中至少一种基因的表达水平与参照样品相比升高指示该患者具有升高的受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的可能性。本专利技术的另一个实施方案提供确定有癌症的患者会展现出受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的可能性的方法。该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中至少一种基因的表达水平与参照样品相比降低指示该患者具有升高的受益于不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法的可能性。本专利技术的又一个实施方案提供在患者中治疗癌症的方法。该方法包括：确定自该患者获得的样品具有与参照样品相比升高的至少一种表1所列基因的表达水平，并对患者施用有效量的不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法，由此该癌症得到治疗。本专利技术的另一个实施方案提供在患者中治疗癌症的方法。该方法包括确定自该患者获得的样品具有与参照样品相比降低的至少一种表1所列基因的表达水平，并对患者施用有效量的不同于VEGF拮抗剂或包括VEGF拮抗剂在内的抗癌疗法，由此该癌症得到治疗。在本专利技术的一些实施方案中，所述自患者获得的样品选自：组织，全血，血液衍生细胞，血浆，血清，及其组合。在本专利技术的一些实施方案中，所述表达水平是mRNA表达水平。在本专利技术的一些实施方案中，所述表达水平是蛋白质表达水平。在本专利技术的一些实施方案中，该方法进一步包括检测至少第二种、第三种、第四种、第五种、第六种、第七种、第八种、第九种、第十种、第十一种、第十二种、第十三种、本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种鉴定会受益于不同于VEGF‑A拮抗剂或包括VEGF‑A拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的患者的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中所述至少一种基因的表达水平与参照样品相比升高指示该患者会受益于该抗癌疗法的治疗。

【技术特征摘要】
2009.07.13 US 61/225,120;2010.06.04 US 61/351,7331.一种鉴定会受益于不同于VEGF-A拮抗剂或包括VEGF-A拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的患者的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中所述至少一种基因的表达水平与参照样品相比升高指示该患者会受益于该抗癌疗法的治疗。2.一种鉴定会受益于不同于VEGF-A拮抗剂或包括VEGF-A拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的患者的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中所述至少一种基因的表达水平与参照样品相比降低指示该患者会受益于该抗癌疗法的治疗。3.一种预测罹患癌症的患者对不同于VEGF-A拮抗剂或包括VEGF-A拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的响应性的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中所述至少一种基因的表达水平与参照样品相比升高指示该患者更有可能响应该抗癌疗法的治疗。4.一种预测罹患癌症的患者对不同于VEGF-A拮抗剂或包括VEGF-A拮抗剂在内的抗癌疗法的治疗的响应性的方法，该方法包括：测定自患者获得的样品中至少一种表1所列基因的表达水平，其中该样品中所述至少一种基因的表达水平与参照样品相比降低指示该患者更有可能响应该抗癌疗法的治疗。5.一种用于确定有癌症的患者会展现出受益于不同于VEGF-A拮抗剂或包括VEGF-A拮抗剂在内的抗癌疗法的可能性的方法，该方法包括：测定自患者获得...

【专利技术属性】
技术研发人员：M·施米特，L·桑德斯，R·拉贾，R·D·帕特尔，
申请(专利权)人：霍夫曼拉罗奇有限公司，
类型：发明
国别省市：瑞士;CH