分子标记及其应用制造技术

本发明专利技术公开了分子标记及其应用。其中，该分子标记表现为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性。本发明专利技术的分子标记与甜瓜的果实蒂长性状紧密相关，能够有效用于甜瓜的分子标记辅助育种。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及分子标记及其应用。具体地，本专利技术涉及甜瓜果实蒂长相关的分子标记，用于检测该分子标记的引物对和试剂盒，前述分子标记、引物对、试剂盒在甜瓜育种中的用途，检测甜瓜果实蒂长性状的方法以及甜瓜辅助育种方法。
技术介绍
甜瓜(CucumismeloL.)为葫芦科甜瓜属，是一种重要的园艺作物，具有较高的商业价值和经济价值。我国已有3000多年的甜瓜栽培历史，是世界上最早栽培甜瓜的国家之一，也是目前世界上甜瓜栽培面积最大、产量最高的国家。甜瓜的果实香甜可口，是我国广大城乡人民普遍喜食的传统鲜食水果。随着经济的发展和人民生活水平的提高，国内对甜瓜的需求量日益增长。据联合国粮农组织(FAO)统计，甜瓜已进入世界十大重要水果之列。由于其色、香、味兼具，同时又含有人类营养所必需的各种成分：碳水化合物、蛋白质、脂肪、钙、磷、铁、胡萝卜素、VC、VB、VB2、Vpp等，尤其是VC含量超过牛奶等动物食品的十几倍。甜瓜的果肉味甘、寒、滑，具有止渴、除烦热、利小便之功效；其瓜蒂可以入药，名苦丁香。甜瓜用途广泛，除了可以直接食用外还可以加工成瓜干、瓜脯、瓜酱等。世界范围内，其地位甚至要高于西瓜。随着生活水平的提高和水果品种的多样性，国内消费者对瓜果品质的要求也越来越高。瓜果育种越来越多样化，以适应市场需求。如甜瓜质地有脆、松脆、软、软而多汁、软而少汁等，甜瓜果肉有雪白、橙红、翠绿等颜色，可根据不同地区消费者的喜好进行选择。在现有甜瓜育种实践中，对甜瓜重要农艺性状大多是通过表现型间接对基因型进行选择，致使育种周期长，效率低，制约着甜瓜品种改良的进程。标记辅助选择，尤其是利用目标性状关联的功能性分子标记进行辅助选择，可以将传统的表型选择转变为直接的基因型选择，从而能够极大提高育种的效率，加速遗传改良。而寻找与重要的农艺性状紧密连锁的分子标记，是进行分子标记辅助选择(又称分子育种)和图位克隆的基础。因而，开发具有我国特色的重要性状基因的分子标记并进行辅助选择育种研究，意义重大。甜瓜瓜蒂(包括形状、长短、粗细等)对甜瓜品质分级系统具有重要意义。同时，甜瓜蒂可以入药，夏季采收成熟的甜瓜果实，在食用时将切下的果柄收集，阴干或晒干，即可药用。临床用名有瓜蒂、瓜丁、苦丁香、甜瓜把。味苦，性寒，有毒，归脾、胃经，具有涌吐痰宿食,泻水祛湿退黄等功能。目前从甜瓜瓜蒂中已经分离得到的有葫芦素B、E、D，异葫芦素B，葫芦素B-葡萄糖苷。其中，药理作用表明，葫芦素B(cucurbitacinB)是抗肝炎和抗癌的主要有效单体。另外，甜瓜瓜蒂中还含有α-菠菜甾醇、豆甾-7-烯-3β-醇。因而，寻找与甜瓜果实蒂长性状紧密连锁的DNA标记，进而利用该DNA标记辅助对甜瓜进行果实蒂长性状改良、优质甜瓜育种，意义重大。然而，现阶段与甜瓜果实蒂长基因紧密连锁的分子标记，仍有待挖掘。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的在于提出一种与甜瓜果实蒂长性状相关，能够有效用于甜瓜选育的分子标记。需要说明的是，本专利技术是基于专利技术人的下列工作而完成的：专利技术人以甜瓜“金蜜六号”为研究对象，通过构建育种群体，对群体单株进行RAD测序、基因分型等深入的基因信息分析，结合表型鉴定信息，利用生物信息技术关联重要性状与基因组序列(基于目前甜瓜的全基因组测序已完成，专利技术人选择了利用甜瓜全基因组序列信息指导SNP分子标记的开发)，快速定位了控制蒂长性状的基因/QTL位点，并成功开发出与其紧密连锁的分子标记，从而能够为甜瓜的分子标记辅助育种提供理论依据。根据本专利技术的一个方面，本专利技术提供了一种甜瓜果实蒂长相关的分子标记。根据本专利技术的实施例，所述分子标记表现为SEQIDNO：1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性。根据本专利技术的实施例，SEQIDNO：1所示核苷酸序列如下(668bp)：AAAGGCTCACCAACTCCACAACCGCTGTCTCGTATGTGTTGAGCGATACCACCCCCCGTACTCTCACCCTCTTCAGACTAGAACGAACTCCCCATGGGGGGATAATACATGATTGTCACCCGGCCTCTCCTCCATGCCTCCTTGGTGTCGACCGCCCCCCGTTGATCATCCCATCGTCATGTAGGAGACTTTTTGGCCACTGCCCCTGTTGTTACTTCCGCTTGGGTAATTCCCGGCCCTTAATTCTCTAATAACATTTCCGGGAACCCTTGTTTCTTAAAAATTTTATATATTCCGTCCCCACATTTTGCTCCAAAAAAATTTTACCTCATTTGTTTCTGGGCGGCTTTTCCCTTAAACCCTTACGAATTTCCCCCCCCCACGGGATTGGGGGATTTTTTTAAGAAATTTTTGCGAAGTTATTTTCTGTTTTTTTTACACCCCCAACAAATATAATTAATGGGGGTCCCCCCCCTCCCCCGCATTTTTCCCCCATTCCCTGGTGGGGGGAATTTTTCCCAAAGTGTTTTAGGACCTCCTGCTCCCCCCGAAATGTGGTGAGTGTAGAATCCTCTTCTGGGGATAGCGGCCTCGGGGACAAATAGGGTGAGATGACCATCCTTTTCCCAAAAAAGGAAGGCCCTCCGCCCGTGGGGTTTAGGAGAGAA(SEQIDNO：1)。其中，本专利技术的分子标记与甜瓜果实蒂长控制基因的遗传连锁距离为4.368cM。根据本专利技术的实施例，具有SEQIDNO：1所示核苷酸序列且在所述分子标记位点纯合的个体，表现为短蒂；缺失SEQIDNO：1所示核苷酸序列且在所述分子标记位点纯合的个体，表现为长蒂。其中，具有SEQIDNO：1所示核苷酸序列且在所述分子标记位点杂合的个体，果实蒂长居中(即果实蒂长具有长蒂和短蒂之间)。其中，需要说明的是，本文中所采用的术语“长蒂”是指蒂长在2厘米以上，“短蒂”是指蒂长在1厘米以下，“蒂长居中”是指蒂长在1～2厘米。专利技术人发现，通过检测甜瓜的基因组DNA(其来源不受限制，例如可以自甜瓜的种子、植株或果肉等提取)中是否具有上述分子标记，能够有效地确定其果实蒂长性状。具体地，如前所述，不具有所述分子标记的甜瓜果实为长蒂，具有该分子标记的甜瓜果实为短蒂或者蒂长居中，从而，检测到甜瓜不具有该分子标记时，则能够确定待测甜瓜果实为长蒂，而当甜瓜具有该分子标记时，则能够确定待测甜瓜果实为短蒂或果实蒂长居中。本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种甜瓜果实蒂长性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记表现为SEQ ID NO：1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性。

【技术特征摘要】
1.一种甜瓜果实蒂长性状相关的分子标记，其特征在于，所述分子标记表现为SEQID
NO：1所示核苷酸序列的插入/缺失长度多态性。
2.根据权利要求1所述的分子标记，其特征在于，具有SEQIDNO：1所示核苷酸序
列且在所述分子标记位点纯合的个体，表现为短蒂；缺失SEQIDNO：1所示核苷酸序列且
在所述分子标记位点纯合的个体，表现为长蒂。
3.一种用于检测权利要求1或2所述的分子标记的引物对，其特征在于，所述引物对
具有SEQIDNO：2-3所示的核苷酸序列。
4.根据权利要求3所述的引物对，其特征在于，
利用所述引物对对待测甜瓜基因组DNA进行PCR扩增，并检测扩增片段的长度，当所
述扩增片段长1239bp时，所述待测甜瓜具有SEQIDNO：1所示核苷酸序列的插入，表现
为短蒂；当所述扩增片段长571bp时，所述待测甜瓜缺失SEQIDNO：1所示核苷酸序列，
表现为长蒂；当所述扩增片段为571bp和1239bp两种时，所述待测甜瓜的所述分子标记位
点杂合，
任选地，利用凝胶电泳优选琼脂糖凝胶电泳，检测所述扩增片段的长度。
5.一种用于检测权利要求1或2所述的分子标记的试剂盒，其特征在于，包含：
权利要...

【专利技术属性】
技术研发人员：张耕耘，全志武，李宁，夏秋菊，侯军亮，杨光华，
申请(专利权)人：深圳华大农业与循环经济科技有限公司，深圳华大基因研究院，三亚市南繁科学技术研究院，
类型：发明
国别省市：广东;44