检测7q21.13区域SNP试剂的应用制造技术

本发明专利技术涉及检测7q21.13区域SNP的试剂的应用，具体地，检测7q21.13区域SNP的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于制备肝癌患者筛查的产品，所述SNP为rs10272859。由此，利用所述检测SNP的试剂可以有效用于肝癌患者筛查。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及生物
，具体涉及检测7q21.13区域SNP试剂的应用。
技术介绍
原发性肝细胞肝癌(Hepatocellular Cancer，HCC，以下简称肝癌)是常见的恶性肿瘤之一，年发病率在恶性肿瘤中居第五位。我国是肝癌高发国家，每年新发病例约50万，占全球肝癌新发病例的半数以上。流行病学和实验研究均表明，肝癌属于多因素复杂疾病，是病毒因素、环境因素和遗传因素共同作用的结果。在我国，乙型肝炎(Hepatitis B Virus，HBV)感染是肝癌发生的最主要的因素，大约与80％的肝癌相关。但是，HBV慢性感染者中，仅有少部分个体最终罹患肝癌，同时，肝癌的发生具有家族聚集倾向，提示遗传因素在肝癌的发生过程中发挥重要作用。传统的基于候选基因的病例-对照关联研究以及近年来兴起的全基因组关联研究(Genome-wide association study,GWAS)陆续发现了若干与HBV相关肝癌显著相关的单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism，SNP)，进一步证实了HBV相关肝癌的发生存在遗传病因，即存在HBV相关肝癌的易感基因。易感基因在HBV相关肝癌的发生、发展中发挥着重要的作用。HBV相关肝癌易感基因的鉴定以及该基因相关分子机制的解析，将为肝癌高危人群的预防和临床诊治提供理论依据，进而有望实现对肝癌的早期预防与个体化治疗，达到提高肝癌治疗效果的目的。全基因组关联研究被证明可以无偏、有效的发掘疾病或表型相关的SNP。至今，已有超过2000篇全基因组关联研究被报道，其中，一半以上是针对肿瘤的研究。尽管基于病例-对照的研究策略统计效能较高，但是由于存在人群混杂或人群分层等因素，该研究策略容易产生假阳性结果。全基因组关联研究为避免全基因组层面过多的假阳性结果，一般需要选取关联程度最强的数个或数十个位点在验证人群中进行进一步验证，由此可能遗漏可能相关的位点。此外，基于病例-对照的全基因组关联研究最终报道的显著关联位点经过了多个独立人群的重复验证，仍旧无法完全排除这些位点可能是人群分层导致的假阳性结果。目前，基于SNP的肝癌患者筛查的检测技术仍有待改进。
技术实现思路
本专利技术是基于专利技术人对以下事实和问题的发现和认识作出的：为了进一步发掘新的HBV相关肝癌易感基因，专利技术人开展了新一轮的HBV相关肝癌的全基因组关联研究。基于家系的研究策略不受人群分层现象的影响，充分弥补了病例-对照研究策略的不足。由此，专利技术人采用基于家系和基于病例-对照策略，可以有效、准确地发现疾病相关位点。在发掘阶段，专利技术人综合采用基于家系和基于病例-对照的策略，以充分发挥两种策略各自的优势。在验证阶段，专利技术人采用基于病例-对照的策略完成两阶段的人群验证。最终，成功定位了7q21.13为肝癌新的易感区域。进一步，专利技术人对该区域进行了更细致的分析。本专利技术旨在至少在一定程度上解决相关技术中的技术问题之一。根据本专利技术的第一方面，本专利技术提出检测SNP的试剂在制备试剂盒中的用途，其中，所述试剂盒用于肝癌患者筛查，所述SNP为rs10272859，该位点位于人类第7号染色体90,318,474位置(基于人类基因组第19版本)。专利技术人综合采用基于家系和基于病例-对照的策略，以充分发挥两种策略各自的优势。在验证阶段，采用基于病例-对照的策略完成两阶段的人群验证，最终验证rs10272859与肝癌显著相关，由此，利用所述检测SNP的试剂可以有效进行肝癌患者筛查。根据本专利技术的一些实施例，所述试剂包括引物和/或探针。根据本专利技术的一些实施例，所述rs10272859为GC或GG的基因型是肝癌高风险的指示。通过分析rs10272859基因型与肝癌病人的生存期，专利技术人发现，携带rs10272859风险等位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期显著短于未携带风险等位患者。由此，可以通过检测rs10272859的基因型来有效进行肝癌患者筛查。根据本专利技术的第二方面，本专利技术提出一种用于肝癌患者筛查的试剂盒，所述试剂盒含有检测SNP的试剂，所述SNP为rs10272859。专利技术人综合采用基于家系和基于病例-对照的策略，以充分发挥两种策略各自的优势。在验证阶段，采用基于病例-对照的策略完成两阶段的人群验证，最终验证rs10272859与肝癌显著相关，由此，利用所述试剂盒可以有效检测肝癌。根据本专利技术的一些实施例，所述试剂包括引物和/或探针。所述试剂的使用方法包括但不限于TaqMan分型和Sequenom分型等。根据本专利技术的一些实施例，所述引物为GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA(SEQ ID NO:1)和AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC(SEQ ID NO:2)。其中，GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA为前向引物，AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC为后向引物，利用前向引物和后向引物可以有效地检测本专利技术所述SNP位点。根据本专利技术的一些实施例，所述探针为(FAM)TCAGCCATATCTGCTTATTCTTGAGCACC(SEQ ID NO:3)和/或(HEX)TTCAGCCATATCTGGTTATTCTTGAGCACC(SEQ ID NO:4)。利用所述探针可以有效地检测本专利技术所述SNP位点。根据本专利技术的一些实施例，所述rs10272859为GC或GG的基因型是肝癌高风险的指示。通过分析rs10272859基因型与肝癌病人的生存期，专利技术人发现，携带rs10272859风险等位G等位的肝癌患者(GG或GC)生存期显著短于未携带风险等位患者。由此，可以通过利用所述试剂盒来检测rs10272859的基因型来有效检测肝癌。根据本专利技术的第三方面，本专利技术提出一种用于肝癌患者筛查的设备，包括：测序装置，所述测序装置用于对患者的全基因组中至少之一进行测序，以便获得测序结果；其中，所述全基因组中至少之一为包括rs10272859的区域。比对装置，所述比对装置与所述测序装置相连，且用于基于所述测序结果，确定rs10272859的基因类型；分析装置，所述分析装置与所述比对装置相连，且用于基于所述SNP类型确定肝癌风险。专利技术人综合采用基于家系和基于病例-对照的策略，以充分发挥两种策略各自的优势。在验证阶段，采用基于病例-对照的策略完成两阶段的人群验证，最终验证rs10272859与肝癌显著相关，由此，利用所述设备可以有效检测肝癌。根据本专利技术的具体实施例，所述测序装置用于对患者的全基因组中预定区域进行测序，以便获得测序结果；其中，所述预定区域为rs10272859上游1kb，下游1kb。由此，可以更加有效地进行测序。附图说明图1是根据本专利技术的实施例1的广西家系人群关联结果的分位数图。图2是根据本专利技术的实施例1的广西家系人群关联结果曼哈顿图。图3是根据本专利技术的实施例1的广西病例-对照人群关联结果的分位数图。图4是根据本专利技术的实施例1的广西病例-对照人群关联结果曼哈顿图。图5是根据本专利技术的实施例1的rs10272859各阶段荟萃分析森林图。图6是根据本专利技术的实施例2的rs10272859风险等位G与肝癌患者预后相关性示意图。图7是根据本专利技术的实施例3的rs10272859基因型与CDK14基本文档来自技高网...

【技术保护点】
检测SNP的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于肝癌患者筛查，所述SNP为rs10272859。

【技术特征摘要】
1.检测SNP的试剂在制备试剂盒中的用途，所述试剂盒用于肝癌患者筛查，所述SNP为rs10272859。2.根据权利要求1所述的用途，所述试剂包括引物和/或探针。3.根据权利要求1所述的用途，其特征在于，所述rs10272859为GC或GG的基因型是肝癌高风险的指示。4.一种用于肝癌患者筛查的试剂盒，其特征在于：含有检测SNP的试剂，所述SNP为rs10272859。5.根据权利要求4所述的试剂盒，所述试剂包括引物和/或探针。6.根据权利要求5所述的试剂盒，所述引物为GTCTCTTTCCACCTCTTCAACCA和AGTCAGCAGGCAGTTAGAATACAGTATC。7.根据权利...

【专利技术属性】
技术研发人员：周钢桥，张红星，贺福初，李元丰，翟芸，
申请(专利权)人：中国人民解放军军事医学科学院放射与辐射医学研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11