一种肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法技术

本发明专利技术公开了一种肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，包括步骤：分析肋骨数在配套系商品肉猪中的表型变异系数、基因变异程度以及分析判断配套肉猪群体中肋骨数基因型分子育种选择与常规选育经济利益是否一致，评估种猪改良潜力；分析各核心育种群的肋骨数基因频率分布情况，分析判断核心育种群体肋骨数基因的分子选育与现场实践选育的目标是否一致，评估各品系核心育种群开展肋骨数基因辅助选择育种的可行性；制定适宜的分子标记辅助方法；建立有效的应用跟踪方法。本发明专利技术的方法可使多肋骨数基因分子标记辅助选择与现场传统育种有机结合，建立符合企业需求、可操作性强、针对性强的肋骨数基因分子育种方法，快速提高育种效率，兼顾企业效益。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于猪分子育种
，更具体地，本专利技术涉及一种肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法。
技术介绍
现有的关于肋骨数基因(vertnin，VRTN)的分子标记辅助选择育种大多都是科研研究，少部分在种猪场中进行基因检测，但是并没有形成有效的较为系统的体系进行常规育种应用，更没有考虑与现场的传统育种方法有效结合，很难兼顾企业效益，致使不能长期坚持在种猪核心群开展肋骨数基因分子标记辅助选择育种。大多数的研究主要针对VRTN基因在不同猪群的遗传变异分析，或者是与肋骨数表型性状的相关性分析，并没有具体的针对企业分子育种应用方案方面的研究和论述。有些企业仅仅将核心群进行了分子检测，没有进一步的育种应用，对育种效果和企业效益没有进行过深入分析，更没有考虑企业实际操作，尤其是肋骨数基因的分子选育与现有的经济性状选育方向是否一致等问题，在分子选育过程中需要大量种猪选择淘汰对企业效益的产生较大影响，可操作性不强，没有探索寻求一种分子育种与传统育种有效结合的平衡育种方法，使得在肋骨数基因在核心群育种中没有形成较为完善的分子标记辅助选择应用方法，导致肋骨数基因分子标记辅助选择很难作为常规育种手段进行品种改良。黄路生等的“两个增加猪肋骨数的主效标记及其在猪育种中的应用”最突出的问题是没有进行育种效果和企业效益的深入分析，无法与现有的种猪核心群选育目标结合，没有企业如何应用的分析研究，无法做到企业效益与育种效率兼顾，且没有具体的企业应用方法，致使企业对于分子标记育种新技术认知不够，不利于分子标记育种新技术的应用推广，使得分子育种不能长期坚持开展。
技术实现思路
基于此，为了克服上述现有技术的缺陷，本专利技术提供了一种与传统育种相结合的肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，在育种前可直观通过该方法带来的企业效益。为了实现上述专利技术目的，本专利技术采取了以下技术方案：一种肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，包括以下步骤：(1)、对肋骨数基因在配套系商品肉猪中的表型变异系数和肋骨数基因变异程度进行分析，评估种猪肋骨数性状改良的潜力，且估算肋骨数基因的分子标记辅助选择育种后可获得的经济价值；(2)、分析配套系商品肉猪群体中肋骨数基因型与经济性状的相关性，若肋骨数基因型分子育种选择与常规选育(终端肉猪产品)经济性状的利益一致，则可以在核心育种群中将肋骨数基因的分子选育作为常规育种开展育种工作，加快种猪肋骨数量的改良；(3)、对现有的各品系核心育种群的肋骨数基因频率分布进行分析，结合步骤(1)中肋骨数基因在配套系商品肉猪中的基因频率分布，评估各品系核心育种群肋骨数基因分子标记辅助选择的可行性；(4)、分析核心育种群体的肋骨数基因型与传统育种主选性状的相关性，判断肋骨数基因的分子选育与传统育种主选性状选育方向是否一致，再次评估各品系种猪核心育种群肋骨数基因分子标记辅助选育的可行性；(5)、通过以上步骤(3)和(4)的分析，结合需改良的核心群体规模，以及现场选配与选种环节，制定适宜的分子标记辅助方法；群体规模越大，选择空间越大，分子标记和现场表型测定性状结合选择的准确性更高，若核心群规模较小，选择空间小，则可采用先注重公猪的选择，母猪在现场选育表型同等条件下，优先选择优势等位基因型。(6)、建立有效的跟踪应用方法，对现场应用进行效果评估并随时调控。在其中一些实施例中，步骤(1)中所述表型变异系数和基因变异程度是利用R软件进行分析的；所述表型变异系数和基因变异程度的衡量判断指标为：肋骨数表型变异系数(Coefficient of Variation，CV，体现了配套系商品肉猪中肋骨数变异程度)、不同配套肉猪不同肋骨数表型所占市场比例(可以评估表型分布情况，可预测改良后收益等)和肋骨数基因MAF(最小等位基因频率，为评估VRTN基因的变异程度，理论上若MAF<0.05则说明此位点基本纯合，若MAF>0.05，说明群体存在变异，则可进行分子标记辅助选择)、各基因型频率分布情况(可计算出大约需要改良群体的数量)、以及基因型与肋骨数表型之间的遗传效应分析(可验证基因有效性以及预估改良效益)。肋骨数性状改良潜力评估依据为：配套系商品肉猪表型变异系数(CV)大于0.01，基因型变异程度(MAF)大于0.05则表示肋骨数性状在种猪群体中具有改良的潜力。在其中一些实施例中，步骤(1)中所述育种后可获得的经济价值的计算公式如下：改良后增加的收益＝上市肉猪数×(qq型猪只频率*1+Qq型猪只频率*0.5)×排骨价格×1(1斤)。此公式主要是根据基因型情况和肋骨数表型情况来估计改良的潜力，以一对肋骨一斤计算。在其中一些实施例中，步骤(2)中所述经济性状为料肉比、日增重、背膘厚、瘦肉率、和体型外貌等表型性状。在其中一些实施例中，所述肋骨数基因型分子育种选择与常规选育(终端肉猪产品)经济利益一致的判断依据为：肋骨数基因型与瘦肉率、日增重、体型外貌评分等性状正相关或无相关性，与背膘厚、料肉比负相关或者无相关性。在其中一些实施例中，步骤(3)中所述通过各品系核心群肋骨数基因分布频率评估各品系核心育种群肋骨数基因辅助选择育种的可行性依据为：在群体中存在一定程度的基因变异，其优势等位基因频率(Q基因频率)大于0.3，小于1为宜，越大越容易开展肋骨数基因辅助选择。若是小于0.3，优势等位基因选择范围过小，选育较为困难。在其中一些实施例中，步骤(4)中所述传统育种主选性状为料肉比、日增重、背膘厚、瘦肉率、母系指数、父系指数、和体型外貌等表型性状。在其中一些实施例中，步骤(4)中所述肋骨数基因与传统育种主选性状选育方向一致的判断依据为：若肋骨数基因型与瘦肉率、日增重、母系指数、父系指数、体型外貌正相关或无相关性，与背膘厚、料肉比负相关或者无相关性。在其中一些实施例中，步骤(5)中所述建立的分子育种方法主要综合考虑步骤(3)(4)，其主要方法为：首先，肋骨数基因的分子选育与传统育种选育方向一致，在选留时将优势等位基因型作为选择的必要条件；若是与上述情况不同，与有些选育性状相矛盾，则需要平衡育种，综合考虑育种场饲养管理情况、市场发展需要，采取先以现场测定性状的选育为第一参考，肋骨数基因型为第二参考，选留时同等性能表现的种猪，优先选留优势基因型个体，不做必要条件进行选留。其次，当肋骨数基因频率大于0.80，同时在公猪及母猪的选留中选择优势基因型个体；若肋骨数基因频率为0.6-0.80，则仅在公猪选留时选择优势基因型个体；若肋骨数基因频率小于0.6，则仅要求选留时测定表型同等表现下，优先选留优势基因型个体。通过此种方法，长期坚持选择，可逐步完成肋骨数基因的优化。以上两种不同情况的方法，实现了猪分子育种与现场传统育种有机结合，适合种猪企业应用，可快速提高育种效率且兼顾企业效益。在其中一些实施例中，步骤(6)中所述的应用跟踪方法主要分为以下几个方面：每月核心育种群肋骨数基因分布情况；每月自留种猪肋骨数基因频率分布情况；每月选配种猪基因型选配情况；通过每月选种、选配的种猪基因型表现可以监控肋骨数基因辅助选择育种的实施和效果，随时掌握现场应用动态，以便异常情况作出调整。本专利技术的肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法首先对商业群体开展肋骨数表型调查分析和基因型分布调查分析，通过这些环节本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)、对肋骨数在配套系商品肉猪中的表型变异系数和肋骨数基因变异程度进行分析，评估种猪肋骨数性状改良的潜力；估算肋骨数基因的分子标记辅助选择育种后可获得的经济价值；(2)、分析配套系商品肉猪群体中肋骨数基因型与经济性状的相关性，若肋骨数基因型分子育种选择与经济性状的利益一致，则可以在核心育种群中将肋骨数基因的分子选育作为常规育种方法，加快种猪肋骨数量的改良；(3)、对现有的各品系核心育种群的肋骨数基因频率分布进行分析，结合步骤(1)中肋骨数基因在配套系商品肉猪中的基因频率分布，评估各品系核心育种群肋骨数基因分子标记辅助选择的可行性；(4)、分析核心育种群体的肋骨数基因型与传统育种主选性状的相关性，判断肋骨数基因的分子选育与传统育种主选性状选育方向是否一致，再次评估各品系种猪核心育种群肋骨数基因分子标记辅助选择的可行性；(5)、通过步骤(3)和(4)的分析，结合需优化的核心群体规模，以及现场选配与选种环节，制定适宜的分子标记辅助方法；(6)、建立有效的跟踪应用方法。

【技术特征摘要】
1.一种肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，其特征在于，包括以下步骤：(1)、对肋骨数在配套系商品肉猪中的表型变异系数和肋骨数基因变异程度进行分析，评估种猪肋骨数性状改良的潜力；估算肋骨数基因的分子标记辅助选择育种后可获得的经济价值；(2)、分析配套系商品肉猪群体中肋骨数基因型与经济性状的相关性，若肋骨数基因型分子育种选择与经济性状的利益一致，则可以在核心育种群中将肋骨数基因的分子选育作为常规育种方法，加快种猪肋骨数量的改良；(3)、对现有的各品系核心育种群的肋骨数基因频率分布进行分析，结合步骤(1)中肋骨数基因在配套系商品肉猪中的基因频率分布，评估各品系核心育种群肋骨数基因分子标记辅助选择的可行性；(4)、分析核心育种群体的肋骨数基因型与传统育种主选性状的相关性，判断肋骨数基因的分子选育与传统育种主选性状选育方向是否一致，再次评估各品系种猪核心育种群肋骨数基因分子标记辅助选择的可行性；(5)、通过步骤(3)和(4)的分析，结合需优化的核心群体规模，以及现场选配与选种环节，制定适宜的分子标记辅助方法；(6)、建立有效的跟踪应用方法。2.根据权利要求1所述的肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，其特征在于，步骤(1)中肋骨数性状改良潜力的评估依据为：配套系商品肉猪表型变异系数大于0.01，肋骨数基因型变异程度大于0.05，则表示肋骨数性状在种猪群体中具有改良的潜力。3.根据权利要求1所述的肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，其特征在于，步骤(2)中所述经济性状为料肉比、日增重、背膘厚、瘦肉率、和体型外貌。4.根据权利要求3所述的肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，其特征在于，步骤(2)中所述肋骨数基因型分子育种选择与配套系商品肉猪经济性状利益一致的判断依据为：肋骨数基因型与瘦肉率、日增重、体型外貌正相关或无相关性，与背膘厚、料肉比负相关或者无相关性。5.根据权利要求1所述的肋骨数基因的分子标记辅助选择育种方法，其特征在于，步骤(3)评估各品系核心育种群肋骨数基因辅助选择育种的可行性依据为：在群体中存在一定程度的基因变异，其优势等位基因频率大于0.3，小于1，越大越容易开展肋骨数基因辅助选择。6.根据权利要求1所述的肋骨数...

【专利技术属性】
技术研发人员：明，吴珍芳，王青来，蔡更元，曾海玉，王建兰，
申请(专利权)人：广东温氏食品集团股份有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44