一种检测肿瘤相关基因突变的质控物及其制备方法技术

本发明专利技术公开了一种检测肿瘤相关基因突变的质控物及其制备方法，属于临床检验学和生物技术领域。一种肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品，由人正常细胞系基因组DNA和含有肿瘤相关基因突变的DNA片段组成。本发明专利技术得到的含不同基因突变DNA片段与基因组DNA混合制作的NGS检测质控品提供了一种可用于制造EQA的质控品的方法。这种利用合成含肿瘤相关基因突变DNA片段与基因组DNA混合制作质控品的方法尚属首例。这种方法也能用于制作一系列的用于其他NGS个体化检测的混合核酸样本质控品。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术公开了一种检测肿瘤相关基因突变的质控物及其制备方法，属于临床检验学和生物

技术介绍
作为一种与肿瘤密切相关的致病因素，许多研究表明基因变异对于肿瘤具有相当显著的诊断和预后价值，如CFTR基因与囊性纤维化，BRCA1、BRCA2基因与遗传性乳腺癌和卵巢癌，EGFR基因与肺癌等。此外，由于肿瘤细胞基因组的异质性，相似组织来源的肿瘤可能具有不同的突变型，而不同组织来源的肿瘤也可具有相似的基因改变，因此对精确检测基因变异对于肿瘤个体化治疗至为关键。目前常规的基因变异检测技术包括Sanger测序、焦磷酸测序、扩增阻滞变异系统(ARMS)、荧光原位杂交技术及等位基因特异PCR等。但这些传统的基因检测手段普遍通量较低，且限于较高的费用、时间等成本，无法同时大量检测临床相关的基因变异。随着新一代测序技术(Next-Generation Sequencing，NGS)的出现，大规模平行测序成为可能，相较于第一代测序技术，NGS技术检测速度快、准确率高、成本低、覆盖度广。目前商业化的NGS平台包括罗氏公司的454测序平台，Illumina公司的Solexa测序平台，ABI公司的SOLiD测序平台，以及Life Technologies公司的Ion Torrent测序平台，还有华大基因收购美国Complete Genomics Inc(CG)后推出的基于CG平台的BGISEQ-1000等。随着NGS技术的不断成熟，加上其具有传统测序技术所缺乏的精确、灵敏、价廉、平行大规模处理等优势，NGS在肿瘤临床诊断和治疗中的应用逐渐开展起来，利用NGS技术可以进行肿瘤基因组序列的重测序，继而对肿瘤相关基因的不同类型变异(点突变、插入、缺失等)、拷贝数变异以及基因相关性和多态性进行分析。尽管肿瘤相关基因突变NGS检测在国内越来越多的临床实验室得以开展，但不同实验室在应用NGS进行肿瘤相关基因突变检测的室间质量评价尚为空白。目前国内外尚没有文献报道关于肿瘤相关基因突变NGS检测质量评价的文章，因此评价不同实验室的检测性能情况及改善提高其检测的水平迫在眉睫。要开展NGS检测肿瘤相关基因突变的室间质量评价，一个好的质控品是保证检测质量的关键。对于NGS技术进行基因检测，临床血标本或血标本来源基因组DNA及电子序列文件均可作为室间质量评价的样本，其中临床标本质控品来源局限，一致性较差，且具有潜在的感染性风险，因此在应用过程中较为局限；电子序列文件具有安全经济方便，并且灵活的优点，但由于不同平台、不同处理流程中对电子文件格式的要求不同，使其作为质评样本的应用受到限制。
技术实现思路
本专利技术要解决的第一个技术问题是提供一种能用于肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品。本专利技术要解决的另一个技术问题是提供肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品的制备方法。为实现上述目的，本专利技术采用以下技术方案：本专利技术选择人正常细胞系，培养后先提取得到相应的基因组DNA，再通过合成得到多个含有不同肿瘤相关基因突变的DNA片段，将不同DNA片段与基因组DNA按一定拷贝数比例混合以制备质控品。这种方法能够制备大量模拟从临床样本提取的DNA质控品。一种肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品，由人正常细胞系基因组DNA和含有肿瘤相关基因突变的DNA片段组成。所述人正常细胞系为人正常细胞系GM12878或人正常细胞系GM19240，它们都是标准细胞系，即DNA序列已经明确测定过的细胞系。所述含有肿瘤相关基因突变的DNA片段是含有肿瘤相关基因热点和/或罕见突变所在的基因序列，除变异处其余位置碱基序列与所选人正常基因组DNA序列一致。所述肿瘤相关基因热点和/或罕见突变为下述基因位点中的一个或多个：(1)NM_005228.3(EGFR)：c.493C＞T(p.Arg165Trp)(2)NM_000142.4(FGFR3)：c.1948A＞C(p.Lys650Gln)(3)NM_005896.2(IDH1)：c.395G＞A(p.Arg132His)(4)NM_000141.4(FGFR2)：c.1124A＞G(p.Tyr375Cys)(5)NM_002834.3(PTPN11)：c.182A＞G(p.Asp61Gly)(6)NM_000546.5(TP53)：c.448_459del12(p.Thr150_Pro153del)(7)NM_004333.4(BRAF)：c.1799T＞A(p.Val600Glu)(8)NM_005228.3(EGFR)：c.2573T＞G(p.Leu858Arg)(9)NM_004119.2(FLT3)：c.2520_2521insGGATCC(p.Ser840_Asn841insGlySer)(10)NM_004985.3(KRAS)：c.34G＞C(p.Gly12Arg)(11)NM_005228.3(EGFR)：c.2237_2254del18(p.Glu746_Ser752delinsAla)(12)NM_004448.2(ERBB2)：c.2263_2264TT＞CC(p.Leu755Pro)(13)NM_017617.3(NOTCH1)：c.5965G＞A(p.Asp1989Asn)(14)NM_002524.4(NRAS)：c.35G＞A(p.Gly12Asp)(15)NM_006206.4(PDGFRA)：c.1664A＞G(p.Tyr555Cys)(16)NM_001014432.1(AKT1)：c.49G＞A(p.Glu17Lys)(17)NM_006206.4(PDGFRA)：c.1681_1682insAGAGGG(p.Arg560_Val561insGluArg)(18)NM_004985.3(KRAS)：c.34G＞T(p.Gly12Cys)(19)NM_005228.3(EGFR)：c.2156G＞C(p.Gly719Ala)(20)NM_004972.3(JAK2)：c.1821G＞C(p.lys607Asn)(21)NM_002524.4(NRAS)：c.38G＞A(p.Gly13Asp)(22)NM_000516.4(GNAS)：c.601C＞A(p.Arg201Ser)(23)NM_005343.2(HRAS)：c.181C＞A(p.Gln61Lys)(24)NM_000222.2(KIT)：c.1675_1680delGTTGTT(p.Val559_Val560del)(25)NM_006218.2(PIK3CA)：c.1624G＞A(p.Glu542Lys)(26)NM_004333.4(BRAF)：c.1405_1407del3(p.Gly469del)(27)NM_002168.2(IDH2)：c.419G＞A(p.Arg140Gln)(28)NM_004972.3(JAK2)：c.1849G＞T(p.Val617Phe)。本公开所选择28个肿瘤基因突变位点，这28个突变中，除EGFR c.493C＞T为无明显临床意义突变外，均为肿瘤相关体细胞突变，是根据美国国立综合癌症网络发布的最新指南，ClinVar数据库及相关文献，以肺癌、结直肠癌等发病率高、与基因变异关系密切的肿瘤为主，筛选得到各本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品，其特征在于：由人正常细胞系基因组DNA和含有肿瘤相关基因突变的DNA片段组成。

【技术特征摘要】
1.一种肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品，其特征在于：由人正常细胞系基因组DNA和含有肿瘤相关基因突变的DNA片段组成。2.根据权利要求1所述的一种肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品，其特征在于：所述人正常细胞系为人正常细胞系GM12878或人正常细胞系GM19240。3.根据权利要求1或2所述的一种肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品，其特征在于：所述含有肿瘤相关基因突变的DNA片段是含有肿瘤相关基因热点和/或罕见突变所在的基因序列。4.根据权利要求3所述的一种肿瘤相关基因突变NGS检测的质控品，其特征在于，所述肿瘤相关基因热点和/或罕见突变为下述基因位点中的一个或多个：(1)NM_005228.3(EGFR)：c.493C＞T(p.Arg165Trp)(2)NM_000142.4(FGFR3)：c.1948A＞C(p.Lys650Gln)(3)NM_005896.2(IDH1)：c.395G＞A(p.Arg132His)(4)NM_000141.4(FGFR2)：c.1124A＞G(p.Tyr375Cys)(5)NM_002834.3(PTPN11)：c.182A＞G(p.Asp61Gly)(6)NM_000546.5(TP53)：c.448_459del12(p.Thr150_Pro153del)(7)NM_004333.4(BRAF)：c.1799T＞A(p.Val600Glu)(8)NM_005228.3(EGFR)：c.2573T＞G(p.Leu858Arg)(9)NM_004119.2(FLT3)：c.2520_252linsGGATCC(p.Ser840_Asn84linsGlySer)(10)NM_004985.3(KRAS)：c.34G＞C(p.Gly12Arg)(11)NM_005228.3(EGFR)：c.2237_2254del18(p.Glu746_Ser752delinsAla)(12)NM_004448.2(ERBB2)：c.2263_2264TT＞CC(p.Leu755Pro)(13)NM_017617.3(NOTCH1)：c.5965G＞A(p.Asp1989Asn)(14)NM_002524.4(NRAS)：c.35G＞A(p.Gly12Asp)(15)NM_006206.4(PDGFRA)：c.1664A＞G(p.Tyr555Cys)(16)NM_001014432.1(AKT1)：c.49G＞A(p.Glu17Lys)(17)NM_006206.4(PDGFRA)：c.1681_1682insAGAGGG(p.Arg560_Val56linsGluArg)(18)NM_004985.3(KRAS)：c.34G＞T(p.Gly12Cys)(19)NM_005228.3(EGFR)：c.2156G＞C(p.Gly719Ala)(20)NM_004972.3(JAK2)：c.1821G＞C(p.lys607Asn)(21)NM_002524.4(NRAS)：c.38G＞A(p.Gly13Asp)(22)NM_000516.4(GNAS)：c.601C＞A(p.Arg201Ser)(23)NM_005343.2(HRAS)：c.181C＞A(p.Gln61Lys)(24)...

【专利技术属性】
技术研发人员：李金明，丁健生，张瑞，韩彦熙，张括，林贵高，谢洁红，
申请(专利权)人：北京医院，
类型：发明
国别省市：北京;11