石蜡包埋组织样本中交联DNA的快速分离与检测的方法技术

一种石蜡包埋组织样本中交联DNA的快速分离与检测的方法，该方法包括如下步骤：向石蜡包埋组织样本加ddH2O，60‑80℃孵育，移弃上清；加入蛋白降解试剂，孵育；添加DNA解交联与分离提取的试剂，震荡，所述DNA解交联与分离提取的试剂为Chelex 100；高温震动孵化；离心留取上清；在上清中加入加样承载缓冲液；电泳检测。该方法可通过快速质控石蜡包埋样品片段化的交联DNA，评估组织样本基因组DNA的降解程度与完整性，确定样本的质量与用途。本发明专利技术方法为石蜡包埋样品DNA提供快速、价廉的有效质控检测方法。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术涉及基因组DNA的快速分离与检测领域更具体地，涉及福尔马林固定、石蜡包埋组织样本中DNA的质控与评估。
技术介绍
福尔马林固定、石蜡包埋组织是临床病理组织标本的最常见处理手段与储存方式。大量的石蜡包埋组织标本正每天从各个临床医院均源源不断地产生。从石蜡包埋组织样本中提取DNA是其最广泛、最主要的用途。但是随着时间的推移，加上标本处理前的质量及处理方法本身等因素，，许多标本组织都会存在不同程度的降解，包括DNA的降解，即呈现“片段化”。一方面片段化DNA使得组织细胞失去其基因DNA的完整性(integrity)，会对很多敏感的检测诊断造成影响，而另一方面有些检测技术方法需要将完整的基因DNA通过酶切、超声等手段片段化后才能应用，如测序，MeDIP等。因此有必要检测或监测石蜡包埋组织样本中交联DNA片段化的大小，评估组织样本基因组DNA的降解程度与完整性，确定样本的质量与用途。目前石蜡包埋组织样本的储存基本没有有效的监测手段，因为市场提供的石蜡包埋组织样本DNA的分离试剂盒，或耗时，或回收效率低，最重要是价格昂贵，不利于大样本的筛查，检测或监控。因此，急需一种快捷低廉的检测方法对石蜡包埋组织样本中交联DNA进行有效质控。
技术实现思路
本专利技术解决的第一个技术问题是提供一种石蜡包埋组织样本中交联DNA的快速分离与检测的方法。为解决上述技术问题，本专利技术采用下述技术方案：>一种石蜡包埋组织样本中交联DNA的快速分离与检测的方法，该方法包括如下步骤：置石蜡包埋组织样本于样品管中，加水，60-80℃孵育，移弃上清；加入蛋白质降解试剂，孵育；添加DNA解交联与分离提取试剂，震荡，所述DNA解交联与分离提取试剂为Chelex100；高温震动孵化；离心留取上清；上清中加入加样承载缓冲液；电泳检测。所述样品管为任何适于制备和处理样品的容器，如离心管或PCR管。优选地，所述水为超纯水(ddH2O)。所述方法进一步包括将上清转入新的样品管中。离心后，将上清转入新的样品管中，可以取部分用于检测，剩余样品可以在适合的条件下保存。以便检验合格后，对样品进行下一步的分析和处理。所述方法进一步包括在所述上清中加入RNaseA，加入RNaseA后进一步孵育，优选地在室温孵育，孵育时间为2-20min。加入RNaseA可去除残留的RNA，减少RNA在检测过程中对电泳结果的干扰。优选地，60-80℃孵育5-10min。60-80℃孵育可以使石蜡溶解。所述震荡时间为5-30sec，优选地，震荡时间为10sec。所述高温震动孵化条件为80-100℃，100-1500转/min，5-30min，优选地，所述高温震动孵化条件为95℃，1300转/min，10min。所述电泳检测是进行凝胶分析或快速凝胶分析，优选地用1.2％凝胶进行电泳分析。所述Chelex100的浓度为2-50％(g/mL)，更优选地，所述Chelex100的浓度为10％(g/mL)。所述Chelex100的浓度为Chelex100的工作液浓度。所述蛋白质降解试剂选自能够降解组蛋白的蛋白酶。优选地，所述蛋白降解试剂选自蛋白酶K、胰蛋白酶(Trypsin)和组织蛋白酶(cathepsin)中的一种或多种，更优选地，所述蛋白降解试剂为蛋白酶K。优选地，所述蛋白酶K是分子生物学级蛋白酶K。其中所述蛋白酶K是一种枯草蛋白酶类的高活性蛋白酶。所述胰蛋白酶是从牛、羊、猪的胰脏提取的一种丝氨酸蛋白水解酶。组织蛋白酶是来源于各种动物组织的细胞内的一类由组织蛋白酶A、B、C、D和/或E等多种酶组成的蛋白酶。所述加样承载缓冲液可选自但不限于商业出售的加样承载缓冲液。优选地，所述加样承载缓冲液带有示踪核酸分子电泳迁移速度的染料，优选地，所述染料分子量相当于50-400bp的DNA，更优选地，所述染料分子量相当于50-150bp的DNA，最优选地，所述染料分子量相当于50bp的DNA。避免常规的DNA的加样缓冲液颜色因与DNA片段重叠造成的遮盖干扰。本专利技术的有益效果如下：申请人首次通过一种化学整合树脂Chelex-100较高的金属离子选择性和较强的结合力，分离DNA，并通过优化探索，专利技术一种交联DNA的快速分离与检测方法，可通过快速质控石蜡包埋样品片段化的交联DNA，评估组织样本基因组DNA的降解程度与完整性，确定样本的质量与用途本专利技术方法为石蜡包埋样品DNA提供快速、价廉的有效质控检测方法。附图说明下面结合附图对本专利技术的具体实施方式作进一步详细的说明。图1示出4个石蜡包埋样品切片标本的基因组DNA分离与检测的凝胶电泳图。具体实施方式为了更清楚地说明本专利技术，下面结合优选实施例和附图对本专利技术做进一步的说明。附图中相似的部件以相同的附图标记进行表示。本领域技术人员应当理解，下面所具体描述的内容是说明性的而非限制性的，不应以此限制本专利技术的保护范围。实施例1：操作方法：1)取1/8～1片石蜡包埋样品切片，加ddH2O，覆盖，70℃，5-10min,移弃上清；2)加入1-5μL5mg/mL的蛋白酶K，补加ddH2O至10μL，55℃，30min；3)添加10μL10％的Chelex100微珠，剧烈震荡，10s，离心，在300×g；4)高温震动孵化，条件为：95℃，1300转/min，10min；5)离心，离心力为3000-14000×g，室温度为10sec；6)取20μL上清转移到新离心管中，加入2μLRNAseA，及4μL6×加样承载缓冲液，混合；7)用1.2％凝胶进行凝胶分析。根据上述方法对4个石蜡包埋样品切片DNA进行快速分离与检测。凝胶电泳分析分离的石蜡样本DNA，结果如图1所示，其中从左至右为分子量标记物和标本1-4。结果显示，4个1/8石蜡包埋样品切片标本均呈现片段化，且标本4的基因组DNA降解严重，提示该样本已无保存应用价值；本专利技术快速分离与检测方法，能够快速分离石蜡包埋样品中片段化的交联DNA，评估组织样本基因组DNA的降解程度与完整性，确定样本的质量与用途。本专利技术方法为石蜡包埋样品DNA提供快速、价廉的有效质控检测方法，以及能够实现石蜡样品DNA的快速提取制备，便于样品的大量制备。显然，本专利技术的上述实施例仅仅是为清楚地说明本专利技术所作的举例，而并非是对本专利技术的实施方式的限定，对于所属领域的普通技术人员来说，本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种石蜡包埋组织样本中交联DNA的快速分离与检测的方法，其特征在于，该方法包括如下步骤：置石蜡包埋组织样本于样品管中，加水，60‑80℃孵育，移弃上清；加入蛋白质降解试剂，孵育；添加DNA解交联与分离提取试剂，震荡，所述DNA解交联与分离提取试剂为Chelex 100；高温震动孵化；离心留取上清；上清中加入加样承载缓冲液；电泳检测。

【技术特征摘要】
1.一种石蜡包埋组织样本中交联DNA的快速分离与检测的方法，其特
征在于，该方法包括如下步骤：
置石蜡包埋组织样本于样品管中，加水，60-80℃孵育，移弃上清；
加入蛋白质降解试剂，孵育；
添加DNA解交联与分离提取试剂，震荡，所述DNA解交联与分离提取
试剂为Chelex100；
高温震动孵化；离心留取上清；
上清中加入加样承载缓冲液；
电泳检测。
2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法进一步包括将上
清转入新的样品管中。
3.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法进一步包括在所
述上清中加入RNaseA。
4.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述60-80℃孵育时间为
5-10min。
5.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述蛋白质降解试剂选自
蛋白酶K、胰蛋白酶(Trypsin)和或组织蛋白酶(cathepsi...

【专利技术属性】
技术研发人员：黄家强，景坤玉，林舒晔，林博楠，
申请(专利权)人：北京交通大学，黄家强，
类型：发明
国别省市：北京;11