用于使数据质量可视化的方法和系统技术方案

提供一种用于产生数据可视化的方法。所述方法包含接收与从多个反应部位的荧光发射值相关的多个数据点。所述荧光发射值包含第一类型的染料和第二类型的染料的信息。所述方法进一步包含在所述多个反应部位的位置的表示中显示与所述第一类型的染料相关的所述多个数据点的第一部分，且在所述表示中显示与所述第二类型的染料相关的所述多个数据点的第二部分。所述方法进一步包含在散布图显示中显示所述多个数据点的所述第一部分。所述散布图在y轴上展示与所述第一染料相关的荧光值且在x轴上展示与所述第二染料相关的荧光值。所述方法包含在所述散布图显示中显示所述多个数据点的所述第二部分。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】【专利说明】
技术介绍
用于生物反应和生化反应的系统已经用来实时监控、测量和/或分析此类反应。此类系统通常用于定序、基因分型、聚合酶链反应(PCR)以及其它用于监控进程并且提供定量数据的生化反应中。目前，对每次测试或实验提供更多数目的反应的日益增长的需求已经产生了能够同步进行更高数目的反应的仪器。测试或实验中的样本点数目的增加已经导致微量滴定板以及提供更小样本体积的其它样本格式。另外，例如数字PCR(dPCR)等技术已经增加了对在大量测试样品的全部或大部分中包含零个或一个靶核苷酸序列的更小样本体积的需求。数字PCR可以用来对稀有等位基因的浓度进行检测并定量，以提供核酸样本的绝对定量并且测量核酸浓度中的低倍数变化。通常，增加复制的数目提高了dPCR结果的准确性和再现性。在dPCR中，含有相对少量的目标多核苷酸或核苷酸序列的溶液可以被细分成大量的小测试样本，使得每一样本一般或者含有目标核苷酸序列的一个分子或者不含有任何目标核苷酸序列。当样本随后在PCR协议、程序或实验中经过热循环时，含有目标核苷酸序列的样本被扩增并产生阳性检测信号，而不含有目标核苷酸序列的样本未被扩增且不产生检测信号。为了进一步分析，从dPCR实验收集的数据的大量数据点对于以对用户有用的方式来组织和显示是具有挑战性的。
技术实现思路
在一个示例性实施例中，提供一种用于产生数据可视化的方法。所述方法包含接收与从多个反应部位的荧光发射值相关的多个数据点。所述荧光发射值包含第一类型的染料和第二类型的染料的信息。所述方法进一步包含在所述多个反应部位的位置的表示中显示与所述第一类型的染料相关的所述多个数据点的第一部分，且在所述表示中显示与所述第二类型的染料相关的所述多个数据点的第二部分。所述方法进一步包含在散布图显示中显示所述多个数据点的所述第一部分。所述散布图在y轴上展示与所述第一染料相关的荧光值且在X轴上展示与所述第二染料相关的荧光值。所述方法包含在所述散布图显示中显示所述多个数据点的所述第二部分。【附图说明】图1说明可以实施本文所描述的各种实施例的示例性计算系统。图2说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和直方图的数据可视化。图3说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和直方图的数据可视化。图4说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和直方图的数据可视化。图5说明根据本文所描述的各种实施例的滑动条。图6说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和直方图的数据可视化。图7说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和散布图的数据可视化。图8说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和散布图的数据可视化。图9说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和散布图的数据可视化。图10说明根据本文所描述的各种实施例的包含码片表示和散布图的数据可视化。图11说明根据本文所描述的各种实施例的包含散布图的数据可视化。图12说明根据本文所描述的各种实施例的包含散布图的数据可视化。图13说明根据本文所描述的各种实施例的包含散布图的数据可视化。【具体实施方式】为了提供对本专利技术的更透彻理解，以下描述阐述许多特定细节，例如特定配置、参数、实例等。然而，应认识到，此类描述不意图作为对本专利技术的范围的限制，而是意图提供示例性实施例的更好描述。在各种实施例中，本文所描述的装置、仪器、系统和方法可以用来检测所关注生物组分的一或多种类型。这些所关注生物组分可以是任何合适的生物靶，包含但不限于，DNA序列(包含无细胞DNA)、RNA序列、基因、寡核苷酸、分子、蛋白质、生物标记、细胞(例如循环肿瘤细胞)、或任何其它合适的靶生物分子。在各种实施例中，此类生物组分可以在以下应用中结合各种PCR、qPCR和/SdPCR方法或系统来使用:例如，胎儿诊断、多重dPCR、病毒检测和定量标准、基因分型、测序验证、突变检测、转基因生物体检测、稀有等位基因检测和/或拷贝数变化。本专利技术的实施例大体上涉及用于监测或测量大量小体积样本的生物反应的装置、仪器、系统以及方法。如本文使用，样本可以例如称为样本体积或反应体积。尽管通常适用于其中处理大量样本的定量聚合酶链反应(qPCR)，但是应认识到根据本文所描述的各种实施例可是使用任何合适的PCR方法。合适的PCR方法包含但不限于例如数字PCR、等位基因特异性PCR、不对称PCR、连接介导PCR、多重PCR、巢式PCR、qPCR、基因组步移和桥式PCR。如下文所描述，根据本文所描述的各种实施例，反应部位可以包含但不限于例如通孔、孔、凹口、斑点、凹穴、样本固持区和反应室。此外，如本文所使用，热循环可以包含使用例如热循环仪、等温扩增、热定则、红外调节的热循环或解链酶相关扩增。在一些实施例中，芯片可以与内置式加热元件整合。在不同实施例中，芯片可以与半导体整合。根据各种实施例，目标的检测可以是但不限于例如单独的或组合形式的荧光检测、阳离子或阴离子检测、PH值检测、电压检测或电流检测。本文所描述的各种实施例特别适合于数字PCR(dPCR)。在数字PCR中，含有相对少量的革E多核苷酸或核苷酸序列的溶液可以被细分成大量的小测试样本，使得每一样本一般或者含有靶核苷酸序列的一个分子或者不含有任何靶核苷酸序列。当样本随后在PCR方案、程序或实验中经过热循环时，含有靶核苷酸序列的样本被扩增且产生阳性检测信号，而不含有靶核苷酸序列的样本未被扩增且不产生检测信号。使用泊松(Poisson)统计，原始溶液中的靶核苷酸序列的数目可以与产生正检测信号的样本的数目相关。可为了进行典型的dPCR方案、程序或实验，用简单且经济的方式将初始样本溶液划分成数万或数十万个测试样本将是有利的，每一测试样本具有几纳升、为一纳升或约一纳升、或小于一纳升的体积。因为靶核苷酸序列的数目可能极小，在此类情况下还可能重要的是初始溶液的全部含量占据多个反应部位且包含于其中。本文所描述的实施例通过以考虑全部或基本上全部样本溶液的方式将初始样本溶液分布到多个反应部位中来解决这些和其它dPCR设计约束。在各种实施例中，本文所描述的装置、仪器、系统和方法可以用来检测所关注生物组分的一或多种类型。这些所关注生物组分可以包含但不限于DNA序列、RNA序列、基因、寡核苷酸或细胞(例如，循环肿瘤细胞)。在各种实施例中，此类生物组分可以在以下应用中结合各种PCR、qPCR和/或dPCR方法或系统来使用:例如，胎儿诊断、多重dPCR、病毒检测和定量标准、基因分型、测序验证、突变检测、转基因生物体检测、稀有等位基因检测和/或拷贝数变化。如上文所描述，数字PCR技术产生数千数据点。对于用户有用的是能够使数据可视化以便快速且容易地知道关于其实验的信息，例如有用数据或良好质量数据的初步指示。需要新图形技术以允许人审阅和操纵数据。在本传授内容的各种实施例中，数据可在特殊位置显示。举例来说，数据可在两个维度(x、y坐标)中显示给用户。数据也可以显示以使得指示良好到不良质量数据的质量值对用户为表观的。在另外其它实施例中，可显示与数据相关联的不同染料。举例来说，可指示与FAM染料相关联的数据和与VIC染料相关联的数据以使得用户能够使结果可视化。在其它实施例中，可使处理系统已确定与数据点相关联的正和负调用可视化。所属领域的技术人员本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于产生数据可视化的方法，所述方法包括：以第一指示产生第一数据质量水平的多个数据点的第一部分；以第二指示产生由质量阈值确定的第二数据质量水平的所述多个数据点的第二部分；在获得所述多个数据点的位置的表示中显示所述多个数据点的所述第一部分和所述第二部分；连同包含所述多个数据点的所述第一部分和所述第二部分的所述表示一起显示直方图。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员：奈弗蒂塔·苏米·马朱木达尔，哈里森·梁，西奥多·E·斯特劳博，大卫·郝德，
申请(专利权)人：生命技术公司，
类型：发明
国别省市：美国;US