本发明专利技术涉及与绵羊角表型相关的SNP标记组合，所述SNP标记组合位于绵羊RXFP2基因上，包括RXFP2-SNP1和RXFP2-SNP2，根据美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库最新版本RXFP2的注释(XM_015097982)，RXFP2-SNP1为第chr10：29439053(1999)位的C→T突变，RXFP2-SNP2为第chr10：29439007(1957)位的C→T突变。利用本发明专利技术所提供的SNP标记组合，可以鉴定绵羊角的表型特征，从而指导畜牧生产和地方品种保护，特别的，利用所述SNP标记组合可以鉴定纯系藏羊。同时该位点还具有比较大的科研价值，通过这种明显的角型模型，来研究一些遗传进化规律。
【技术实现步骤摘要】
[00011本专利技术属于遗传生物学领域，具体涉及与绵羊角表型相关的RXFP2基因 SNP标记组 合及其应用。
技术介绍
绵羊是我国主要的畜牧业饲养动物，其形态特点是身体丰满、体毛绵密。头部较 短，雄羊通常具有螺旋状的尖角。在我国主要的绵羊地方品种包括蒙古羊和西藏羊。其中， 蒙古羊主要产于内蒙古自治区种类包括小尾寒羊、湖羊、滩羊、乌珠穆沁羊、巴音布鲁克羊 等，蒙古羊的角型特点是具有典型的短角和中等角或者无角，角的延伸方向为紧贴脸部旋 转。藏羊的种类主要包括草原型藏羊、欧拉藏羊、河谷型藏羊，其中草原型藏羊和欧拉型藏 羊都具有长而螺旋的角，而且角型是螺旋并向两边延伸，而河谷型藏羊形态与蒙古型藏羊 相近，具有典型的短角和中等角或者无角，角的延伸方向为紧贴脸部旋转。在畜牧生产中地 方品种通常受到养殖户和消费者的欢迎，但最近几年绵羊杂交导致一些地方品种消失，对 地方品种的保护迫在眉睫。此外部分绵羊品种例如小尾寒羊的部分母羊具有大角，经常会 破坏畜栏，所以养殖户不愿饲养带有大角的母羊。由此可见，对调控绵羊角型的相关基因进 行深入研究从而指导地方品种保护和畜牧业生产显得十分必要。 目前已有研究发现松弛素/胰岛素样肽受体(Relaxin/insulin-like family peptide receptor 2，RXFP2)基因对绵羊角的大小具有调控作用。发现了多个可能影响角 大小的SNP，包括基因间区的一个SNP(chrl0:29455959)与Soay羊的角大小有关，基因下游 的一个SNP(chrlO: 29389966)与Merino的角大小有关。但目前还没有该基因的SNP位点与蒙 古羊、藏羊和小尾寒羊角型相关的报道。
技术实现思路
本专利技术的目的在于提供与绵羊角表型相关的SNP标记及其应用。 本专利技术的专利技术人通过对99个绵羊（10个品种）的全基因组重测序，发现RXFP2基因 (如SEQ ID NO. 1所示的核苷酸序列，编码的氨基酸序列如SEQ ID N0.2所示)在藏羊中受到 强烈选择。而样本中草原型藏羊和欧拉藏羊的角型和其它羊的角型具有显著差异。进一步 的分析RXFP2的突变位点，发现在RXFP2高度保守区存在两个SNP标记，从而提供了与绵羊角 表型相关的SNP标记组合，所述SNP标记组合位于绵羊RXFP2基因上，包括RXFP2-SNP1和 RXFP2-SNP2 两个 SNP 标记，其中，RXFP2-SNP1 为第 1999位的 C-T 突变(chrlO :29439053，对应 于SEQ ID NO. 1所示的互补序列的G-A突变），该位点氨基酸改变为E667K;RXFP2-SNP2为第 1957位的C-T突变(chrl0:29439007,对应于SEQ ID N0.1所示的互补序列的G-A突变），该 位点氨基酸改变为V653M，本专利技术所检测位点为XM_015097982互补链序列。 本专利技术还提供了上述SNP标记组合在绵羊表型鉴定中的应用。 通过SNP和表型的关联分析（图4)，确定当绵羊RXFP2基因第1999位为CT基因型时， 绵羊具有大角性状，为CC基因型时绵羊具有小角或无角性状。 特别的，当小尾寒羊母羊RXFP2基因第1999位为CT基因型时，为具有大角的小尾寒 羊母羊，为CC基因型时，为具有小角或无角的小尾寒羊母羊。 在本专利技术中，在测量过程中定义无角为0cm，小角的长度为0-12cm(不含0cm，含 12cm)，大角的长度为12_30cm(不含12cm，含30cm) 〇 在所述SNP组合中： 当绵羊RXFP2基因第1999位为CT基因型，第1957位为CT基因型时绵羊具有螺旋并 向两边延伸的角型； 当绵羊RXFP2基因第1999位为TT基因型，第1957位为CC基因型时绵羊具有螺旋并 向两边延伸的角型； 当绵羊RXFP2基因第1999位为TT基因型，第1957位为CT基因型时绵羊具有螺旋并 向两边延伸的角型； 当绵羊RXFP2基因第1999位为TT基因型，第1957位为TT基因型时绵羊具有螺旋并 向两边延伸的角型； 当绵羊RXFP2基因第1999位为CC基因型，第1957位为CC基因型时绵羊无角或具有 紧贴脸部旋转的角型； 当绵羊RXFP2基因第1999位为CT基因型，第1957位为CC基因型时绵羊无角或具有 紧贴脸部旋转的角型。 螺旋并向两边延伸的角型如图1所示，紧贴脸部旋转的角型如图2所示。 本专利技术还提供了上述SNP标记组合的引物，所述引物包括SEQ ID N0.3-4所示的扩 增引物对和SEQ ID N0.5-6所示的延伸引物(如表1所示）。 表1本专利技术还提供了一种鉴定绵羊角表型的方法，所述方法包括以下步骤：步骤一：以待测绵羊基因组DNA为模板，利用上述引物进行PCR扩增获得PCR产物； 步骤二:对PCR产物进行测序(SNaPshot微测序），根据测序结果判断绵羊角表型。其中SNaPshot微测序是由美国应用生物公司(ABI)开发的一种基于荧光标记单碱 基延伸原理的分型技术，其可以快速地对多个位点进行分型，目前已经得到广泛的使用。本 专利技术中可以按照SNaPshot分型操作说明，使用扩增引物进行PCR，扩增后的产物通过使用 SAP酶(Fermentas)和ExoI酶(NewEnglandBiolabs)消化清除里面的残余引物和dNTP;以 纯化后的PCR产物为底物，使用延伸引物进行延伸反应;延伸产物通过CIP酶(New England Biolabs)纯化后，直接使用3730XL测序仪(ABI)检测基因型。本专利技术还提供了所述SNP标记组合在纯系藏羊鉴定中的应用，当RXFP2基因第1999 位为TT基因型并且第1957位为TT基因型时，绵羊为纯系藏羊。本专利技术还提供了所述的SNP标记组合在绵羊育种中的应用。所述应用包括根据所 述SNP标记检测结果选育特定品种和具有特定角表型的绵羊。 利用本专利技术所提供的SNP标记组合，可以鉴定绵羊角的表型特征，从而指导畜牧生 产和地方品种保护，特别的，利用所述SNP标记组合可以鉴定纯系藏羊，通过这两个位点的 鉴定，可以获得纯合子表型，维持藏羊品种的角型性状的稳定。同时该位点还具有比较大的 科研价值，通过这种明显的角型模型，来研究一些遗传进化规律。【附图说明】 图1为藏羊螺旋并向两边延伸的角型照片； 图2为蒙古羊紧贴脸部旋转的角型照片； 图3为绵羊的基因分型图；图4为RXFP2-SNP1与188只小尾寒羊角大小关联分析。【具体实施方式】下面结合【具体实施方式】对本专利技术进行详细说明。以下实施例用于说明本专利技术，但不用来限制本专利技术的范围。若未特别指明，实施例 中所用技术手段为本领域技术人员所熟知的常规手段，所用原料均为市售商当前第1页1 2 本文档来自技高网...
【技术保护点】
与绵羊角表型相关的SNP标记组合，所述SNP标记组合位于绵羊RXFP2基因上，包括RXFP2‑SNP1和RXFP2‑SNP2两个SNP标记，其中，RXFP2‑SNP1为第1999位的C→T突变，RXFP2‑SNP2为第1957位的C→T突变。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：储明星，潘章源，刘秋月，狄冉，胡文萍，王翔宇，曹晓涵，
申请(专利权)人：中国农业科学院北京畜牧兽医研究所，
类型：发明
国别省市：北京;11
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