本发明专利技术提供了用于检测肽与MHC分子结合以及肽:MHC复合物与TCR结合的组合物和方法。在优选的实施例中，所述组合物和方法是以高度倍增的方式进行。可以用本发明专利技术公开的所述组合物和方法提供肽与MHC分子结合的直接信息。本发明专利技术还提供了用于同时检测大量的结合至MHC分子和/或T细胞的肽的方法。还公开了用于检测大量的肽与MHC分子和/或T细胞竞争性结合的方法。本发明专利技术还提供了用于同时检测大量的特异性TCRs的方法。本发明专利技术所述的组合物和方法可用于疫苗设计，研究和监控自身免疫疾病和传染病，治疗的免疫原性检测以及组织分型。
【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】【专利说明】用于检测肽/MHC/TCR结合的方法 相关申请 本申请要求2013年3月15日提交的美国临时专利申请No. 61/800, 891的优先权， 实际上其内容通过引用完全包含在本申请中。
本专利技术属于免疫学领域，且涉及免疫系统中的蛋白相互作用。具体而言，本专利技术涉 及肽-MHC相互作用以及检测其相互作用的方法和组合物。
技术介绍
免疫学从根本上关注宿主和免疫原之间的相互作用，宿主是其免疫系统产生反应 的生物体，免疫原是该反应所针对的物质。这种相互作用的结果决定了宿主的命运：形成致 病性免疫，肿瘤；形成改变自身免疫原，癌症；形成自身免疫原，自身免疫性；以及形成无害 的环境免疫原，过敏。DNA测序能力的改进为在高分辨率和宽覆盖范围探索这些不同免疫结 果的遗传基础提供了工具，可参考宿主和免疫原的基因组（Peng et al.，2009，Curr.0pin. Microbiol. 12:432-438 ；Benichou et al. , 2012, Immunology 135:183-191)〇 宿主和免疫原之间最重要的蛋白质界面之一是肽：主要组织相容性（p:MHC)复合 物，其包括与免疫原-衍生肽物理结合的宿主编码的跨膜蛋白（MHC)。该复合物提供了两个 平行的抗原传递系统：（1)细胞内途径，其中内源蛋白质被加工成短肽，例如，大约7-10个 氨基酸的肽，且由所有的有核细胞在MHC I类复合体中传递；和（2)内体途径，其中被吞噬 的外源蛋白被加工成大约10-25个氨基酸且通过专门的抗原传递细胞在MHC II类复合体 中传递（Germain, 1994, Cell 76:287-299)。一旦传递给这些途径之一的适应性免疫系统， 免疫原-衍生肽能触发高度抗原特异性应答，例如，细胞免疫应答对应体液免疫应答，或免 疫原反应对应致耐受性反应。
技术实现思路
公开了用于检测肽/MHC结合的方法和组合物。本文提供了 MHC结合肽偶联多核 苷酸。在某些实施例中，多核苷酸可以是DNA, cDNA，RNA，mRNA，rRNA，tRNA，PNA，DNA样分子 或RNA样分子。 还提供了至少两个偶联多核苷酸的MHC-结合肽的文库，其中每个多核苷酸由特 异性结合所述多核苷酸的探针来鉴定。在某些实施例中，多核苷酸和探针可以是DNA，cDNA ，RNA, mRNA, rRNA, tRNA, PNA, DNA 样分子或 RNA 样分子。 本专利技术提供了包含至少两个偶联多核苷酸的MHC-结合肽的组合物，所述至少两 个MHC-结合肽是多聚的或寡聚的。一方面，至少两个MHC-结合肽被相同的多核苷酸偶联且 因此多聚或寡聚。在其它实施例中，至少两个MHC-结合肽各自偶联一个单独的多核苷酸， 其中多核苷酸介导至少两个MHC-结合肽的多聚化或寡聚化。在一些实施例中，多聚化或寡 聚化通过核苷酸序列的互补性来调解。 在一个实施例中，公开了用于检测肽与MHC分子的结合的方法。所述方法包括：用 多聚核苷酸-肽偶联物接触MHC分子，所述多聚核苷酸-肽偶联物包括所述肽和多聚核苷 酸；用特异结合所述多聚核苷酸的探针接触所述多聚核苷酸-肽偶联物；检测所述探针与 所述多聚核苷酸的结合；以及，使所述探针与所述多聚核苷酸的结合和所述肽与所述MHC 分子的结合相互关联。 在另一个实施例中，提供了用于同时检测肽库与MHC分子的结合的方法。所述方 法包括：将多聚核苷酸-肽偶联物提供给每个所述肽，所述多聚核苷酸-肽偶联物包括所述 肽和多聚核苷酸；用所述多聚核苷酸-肽偶联物池接触所述MHC分子；用特异性结合每条 所述的多聚核苷酸的探针接触每个所述的多聚核苷酸-肽偶联物；检测所述探针与每条特 异性结合每个所述探针的相应多聚核苷酸的结合；以及使所述探针和每条相应多聚核苷酸 的结合与每条相应的肽和MHC分子的结合相互关联。在另一个实施例中，所述方法进一步 包括对比结合，例如，在所述的肽库中的肽之间，以每条所述的肽和MHC分子的结合特异性 和/或结合亲和性的方式进行对比结合。 而在另一个实施例中，本专利技术提供了一种用于在肽库中检测每条所述的肽与MHC 分子的竞争性结合的方法，包括：将多聚核苷酸-肽偶联物提供给每条所述的肽，所述多聚 核苷酸-肽偶联物包括所述肽和多聚核苷酸；用所述多聚核苷酸-肽偶联物池接触所述 MHC分子；用特异性结合每条所述的多聚核苷酸的探针接触每个所述的多聚核苷酸-肽偶 联物；检测所述探针与每条特异性结合每个所述探针的相应的多聚核苷酸的结合；以及使 所述探针和每条相应的多聚核苷酸的结合与每条相应的肽和MHC分子的结合相互关联，其 中所述肽竞争地与所述MHC分子结合。在另一个实施例中，所述方法进一步包括对比结合， 例如，在所述的肽库中的肽之间，以每条所述的肽和MHC分子的结合特异性和/或结合亲和 性的方式进行对比结合。 一方面，本专利技术公开了一种用于检测肽与τ细胞结合的方法，包括：用MHC分子和 多聚核苷酸-肽偶联物接触所述T细胞，所述多聚核苷酸-肽偶联物包括所述肽和多聚核 苷酸；用特异性结合所述多聚核苷酸的探针接触所述多聚核苷酸-肽偶联物；检测所述探 针和所述多聚核苷酸的结合；以及，使所述探针和所述多聚核苷酸的结合与所述肽与所述 T细胞的结合相互关联。 另一方面，提供了一种用于同时检测肽库与T细胞结合的方法。该方法包括：将多 聚核苷酸-肽偶联物提供给每条所述的肽，所述多聚核苷酸-肽偶联物包括所述肽和多聚 核苷酸；用所述多聚核苷酸-肽偶联物池和MHC分子接触所述T细胞；用特异性结合每条所 述的多聚核苷酸的探针接触每个所述的多聚核苷酸-肽偶联物；检测所述探针与每条特异 性结合每个所述探针的相应的多聚核苷酸的结合；以及使所述探针和每条相应的多聚核苷 酸的结合与每条相应的肽和所述T细胞的结合相互关联。在一个实施例中，本专利技术所述的 肽与所述T细胞的TCR结合。 而另一方面，本专利技术描述了一种用于检测肽库中每条所述的肽与T细胞竞争性结 合的方法，包括将多聚核苷酸-肽偶联物提供给每条所述的肽，所述多聚核苷酸-肽偶联物 包括所述肽和多聚核苷酸；用所述多聚核苷酸-肽偶联物池和MHC分子接触所述T细胞；用 特异性结合每条所述的多聚核苷酸的探针接触每个所述的多聚核苷酸-肽偶联物；检测所 述探针与每条特异性结合每个所述探针的相应的多聚核苷酸的结合；以及使所述探针和每 条相应的多聚核苷酸的结合与每条相应的肽和所述T细胞的结合相互关联，其中所述肽竞 争地与所述MHC分子和所述Τ细胞结合。在一个实施例中，本专利技术所述的肽与所述Τ细胞 的TCR结合。 在任一实施例或其任一组合中，所述TCR可以是Τ细胞上的TCR，可溶的TCR，被分 离的TCR，和被固定的TCR。TCR的任何功能性片段或部分也被包含在本专利技术中。 在任一实施例或其任一组合中，本专利技术所述的方法可以进一步包括用对照与检测 到的所述肽与所述MHC分子、所述Τ细胞、或所述TCR的结合相比较。在进一步的实施例中， 在任一实施例或其任一组合中所公开的本专利技术所述的方法进一步包括基于识别感染、自身 免疫、过敏、或癌症中的抗原的目的、或基于设计疫苗的目的，通过对照选择检测到的所述 肽的结合。 在任一实施例或其任一组合中，所述多聚核苷酸和所本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与多聚核苷酸偶联的MHC‑结合肽。
【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...
【专利技术属性】
技术研发人员：约翰·安德鲁·阿尔金，马克·S·朱，
申请(专利权)人：普罗格诺西斯生物科学公司，
类型：发明
国别省市：美国;US
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