本发明专利技术公开了一种基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记及其检测方法和应用。所述的分子标记为猪PGR基因片段，所述的猪PGR基因片段含有多态性位点，所述的多态性位点为如SEQ ID NO.1所示序列中第1319位，所述的多态性位点具有C/T碱基的变异。所述的检测方法，包括：根据所述的分子标记的核苷酸序列设计引物；以待检测猪的基因组DNA为模板进行PCR扩增；判断PCR扩增产物中多态性位点的类型。本发明专利技术还公开了所述的分子标记在猪繁殖性状选择中的应用。本发明专利技术根据PGR基因突变位点提供了基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记及其检测方法和应用，为猪分子育种、研究猪繁殖生理机制提供基础。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及动物分子育种领域，尤其涉及一种基于PGR基因的猪繁殖性状相关的 分子标记及其检测方法和应用。
技术介绍
分子标记辅助选择是基因工程在现代家畜育种中的一项重要应用，利用与育种性 状相关的各种标记代替以表型为基础的选择，从分子水平上分析个体的遗传组成，从而实 现对基因型的直接选择，可克服直接选择的弊端，提高选择的准确性和缩短世代间隔。 总产仔数、产活仔数等猪的繁殖性状是重要的经济性状，直接关系到养猪业的经 济效益。 孕酮是一种很重要的留体激素，在受孕和和维持妊娠中起关键作用，同时也是控 制排卵、子宫和乳腺发育的重要因素。孕酮的生理作用是通过孕酮受体（PGR)介导的，因 此，孕酮的生理效应不仅取决于孕酮本身的分泌和代谢，还与孕酮受体的表达与功能密切 相关。人的PGR基因定位于Ilq22_q23,含有8个外显子和7个内含子。PGR基因多态性研 究大部分集中在人和绵羊上。目前未见PGR基因与猪繁殖性状之间关系的研究报道。
技术实现思路
本专利技术的目的是针对现有技术中存在的问题，提供一种基于PGR基因的猪繁殖性 状相关的分子标记。本专利技术还提供了该分子标记的检测方法和应用。 本专利技术所述的基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记，它为猪PGR基因片段， 所述的猪PGR基因片段含有多态性位点，所述的多态性位点为如SEQ ID NO. 1所示序列中 第1319位，所述的多态性位点具有C/T碱基的变异。 序列表中SEQ ID NO. 1所示的序列为猪PGR mRNA序列，其第1319位为多态性位 点，与猪总产仔数、产活仔数紧密相关，可利用该位点开发与猪繁殖性状相关的分子标记。 本专利技术所述的猪PGR基因片段的核苷酸序列如SEQ ID N0. 2所示；或所述的猪PGR 基因片段的核苷酸序列如SEQ ID N0.3所示。当然，本专利技术所述的猪PGR基因片段也可以 为包含如SEQ ID N0. 2所示核苷酸序列的DNA片段。根据检测方法，可以选择合适长度的 能够包含多态性位点的DNA片段。 本专利技术还提供了所述的分子标记的检测方法，包括： (1)根据所述的分子标记的核苷酸序列设计引物； ⑵以待检测猪的基因组DNA为模板进行PCR扩增； (3)判断PCR扩增产物中多态性位点的类型。 步骤（3)中，可对PCR产物进行测序或电泳分析，判断多态性位点的碱基类型。 优选的，步骤（1)中，上游引物的核苷酸序列如SEQ ID N0. 14所示，下游引物的核 苷酸序列如SEQ ID N0. 15所示。利用该引物，可采用错配PCR-RFLP的方法准确方便的检 测多态性位点的类型。 作为另一种可选择的，步骤（1)中，上游引物的核苷酸序列如SEQ ID N0. 4所示， 下游引物的核苷酸序列如SEQ ID NO. 5所示。 本专利技术还提供了所述的分子标记在猪繁殖性状选择中的应用。 具体的，猪可以为小梅山猪、楓泾猪或大白猪。繁殖性状为总产仔数或产活仔数。 与现有技术相比，本专利技术的有益效果为： 本专利技术研究发现，猪PGR基因第1外显子存在一个突变位点（即多态性位点），该 位点位于如SEQ ID NO. 1所示序列的第1319位，该突变位点与猪的繁殖性状尤其是总产仔 数或产活仔数相关，且容易检测，从而本专利技术根据该突变位点提供了一种基于PGR基因的 猪繁殖性状相关的分子标记，并提供了该分子标记的检测方法及在猪繁殖性状选择中的应 用，为猪分子育种、研究猪繁殖生理机制提供基础。【附图说明】 图1为实施例1猪PGR基因SNPs筛选结果； 图2为实施例1猪PGR基因C1319T氨基酸序列比对结果； 图3为实施例1错配PCR-RFLP的错配碱基与酶切位点分析结果； 图4为实施例1猪PGR基因C1319T的错配PCR-RFLP检测部分样本的电泳图； 图5为实施例1突变位点C1319T分型检测中AA基因个体的测序结果； 图6为实施例1突变位点C1319T分型检测中BB基因个体的测序结果。【具体实施方式】 下面结合具体实施例，进一步阐明本专利技术，应理解这些实施例仅用于说明本专利技术 而不用于限制本专利技术的范围，在阅读了本专利技术之后，本领域技术人员对本专利技术的各种等价 形式的修改均落于本申请所附权利要求所限定的范围。 实施例1 2013年采集106头小梅山猪、42头楓泾猪和70头大白猪的耳样；同时整理了江苏 农林职业技术学院小梅山猪育种中心2004年~2012年期间上述106头小梅山母猪的生产 档案，共有698窝仔猪记录，主要收集产仔年份、胎次、TNB、NBA等指标。耳样（约0. 15g) 用耳号钳采集，-20°C冻存。用常规的酚氯仿抽提法提取猪耳样的基因组DNA，对基因组DNA 进行0D值测定，计算其浓度，并用ddH 20稀释至终浓度为100ng/ y L，原液-20°C保存，稀释 液4°C保存。 第一步：获取猪PGR基因外显子序列。 根据GenBank中公布的人PGR基因全序列（登录号：AY525610. 1)和猪PGR mRNA 序列（登录号：NM_〇〇1166488. 1，序列如SEQ ID NO. 1所示），比对两者的蛋白质序列，确定 猪PGR基因外显子区域。猪PGR基因共8个外显子。 第二步：应用生物软件设计引物，引物扩增覆盖外显子区域。 采用Primerf. 0软件设计3对引物，扩增第1外显子区域。3对引物分别为： PGR-1. 1、PGR-1. 2、PGR-1. 3。引物基本信息见表 1。 表1猪PGR基因引物序列 注：F代表上游引物，R代表下游引物。 第三步：PCR扩增和产物测序。 每个个体基因组DNA样本吸取5 y L进行混合，形成DNA池，混合后采用上述3对 引物进行PCR扩增，扩增产物直接送上海生工生物公司进行测序。 PCR 扩增反应体系为 20 y L，包括：10XBuffer 2. 0 y L、25mM Mg2+2. 2 y L、10mM dNTPs 0? 8 y L、10 y M 上、下游引物各 1 y L、DNA 模板 1 y L (lOOng)、5U ? y L taq 酶 0? 2 y L、 ddH20 11.8yL〇 PCR扩增反应程序：94°C预变性5min ;31个循环（94°C变性lmin，58°C~60°C退 火30s，72°C延伸lmin);最后72°C延伸10min，4°C保存产物。具体的退火温度根据表1中 的相应引物进行选择。 第四步：序列比对，寻找突变位点。 测序结果与GenBank公布的序列进行比对，寻找突变位点。结果发现仅在引物 PGR-1. 1所扩片段（PGR-1. 1扩增靶向序列如SEQ ID N0. 3所示）中存在1个SNP，即位于 第1外显子的1319位点的C - T的突变（图1)。 第五步：对突变位点进行氨基酸比对分析和酶切位点分析。 利用DNAMAN软件将SNPs所在的外显子核苷酸翻译为氨基酸序列，对突变前后的 氨基酸序列进行比对，结果表明C1319T未能引起氨基酸的改变，属于同义突变（图2);酶 切位点分析结果表明，C1319T未能产生新的酶切位点或丧失某个酶切位点。 第六步：突变位点的分型检测。 利用PCR-SSCP技术和错配PCR-RFLP技术对小梅山猪、楓泾猪和大白猪三个猪群 体的P本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种基于PGR基因的猪繁殖性状相关的分子标记，其特征在于，它为猪PGR基因片段，所述的猪PGR基因片段含有多态性位点，所述的多态性位点为如SEQ ID NO.1所示序列中第1319位，所述的多态性位点具有C/T碱基的变异。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：吴井生，陈超，郭苹，陈永霞，
申请(专利权)人：江苏农林职业技术学院，
类型：发明
国别省市：江苏;32
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