一种与调控温敏半矮生型桃节间长度紧密连锁的SNP标记及其应用制造技术

一种与调控温敏半矮生型桃节间长度紧密连锁的SNP标记及其应用，采用杂交群体美锦(普通生长型)×99-41-63(温度敏感型半矮生桃)的186个单株F1代的分离群体(普通生长型95株；温敏型半矮生桃91株)为研究材料，结合基于SNP的第三代标记技术，采用图位克隆的方法，对调控温敏型半矮生桃节间长度的基因进行了精细定位。在精细定为区域内，获得了紧密连锁SNP标记SNP260k-1和SNP260k-13，分别位于桃Scaffold 3的2.850Mb和3.003Mb处。通过上述方式，本发明专利技术能够应用于早期目标性状的分子鉴定，可为桃株高的遗传改良奠定基础。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于分子生物学
，具体涉及一种与调控温敏半矮生型桃节间长度 紧密连锁的SNP标记及其应用。
技术介绍
桃为多年生落叶果树，萌芽力强、生长量大。优化 树体结构是解决上述问题的关键途径，株高是优化树体结构的重要组成部分，降低树体高 度有助于高密栽培、提高单位面积产量、节约劳动力成本、提高桃树种植的经济效益和果园 的经济寿命（Bassietal.，1994;王志强等，2004)。实现树体有限矮化和优化树冠结构有 两种途径，一是通过栽培手段（砧木或化学调控等）；二是通过品种的遗传改良。由于迄今 未获得具有理想矮化效果的桃砧木，化学调控的安全性又存在争议，因此，培育树体有限矮 化、树冠结构合理、经济系数高和易于管理的品种，已成为桃育种的重要目标（Chalmerset al. 1981;Bassietal. 1994 ;王志强等，2004 ;牛良等，2012)。 半矮生型是重要的生长型之一，其植株高度介于普通生长型和矮化型之间，植株 高度为普通生长型的2/3-l/2(GradZieletal. 1993)。目前，半矮生型有3种：不完全显 性单基因控制的半矮生型（Monetetal. 1975)、单基因显性控制的半矮生型（Gradzielet al. 1993)以及我们发现的依赖温度调控节间长度的半矮生型。该性状受一对等位基因控 制，对普通型为显性，树体仅为普通型的1/2-1/3,节间较短，果枝粗壮而长度适中，年修剪 量极小，是比较理想的有限矮化树型（王志强等，2004)。 近年来随着生物技术的进步，特别是基于二代测序的标记技术加速了作物基因的 精细定位和分子辅助选种体系的建立（Takagi et al.2013;Abe et al.2012)。果树进展 较快，克隆了许多重要经济性状的基因并建立了分子辅助选种体系，如苹果红肉颜色基因 (ChagnSet al.2〇〇7)、苹果柱型基因（Petersen and Krost，2〇l3;0tto et al.2〇14;Bai et al. 2012)、桃黄\白肉基因的克隆（Adami等2013)。控制桃树型基因的精细定位和基因克 隆进展相对较慢，目前仅克隆了控制桃分枝角度的TAC1基因（Dardick et al.2013)，精细 定位控制其它树型基因并获得相关的分子标记是建立不同树型的分子辅助选种体系，并创 制新的种质获得理想树型是桃产业中急需解决的关键问题之一。基于此，本专利技术在获得温 度敏感型半矮生型桃新种质的基础上开展了目标性状的精细定位，并得到一个紧密连锁的 SNP标记，实现对目标性状进行分子鉴定，确立目标性状的分子辅助选种体系。
技术实现思路
解决的技术问题：本专利技术针对以上情况，提供一种与调控温敏半矮生型桃节间长 度紧密连锁的SNP标记及其应用。 技术方案：一种与调控温敏半矮生型桃节间长度紧密连锁的SNP标记，所获得 的紧密连锁SNP标记为SNP260k-l和SNP260k-13,分别位于桃基因组（Version1. 0) Scaffold3 的 2. 850Mb和 3. 003Mb处。 上述SNP标记在调控温敏半矮生型桃节间长度中的应用。 -种鉴定与调控温敏半矮生型桃节间长度的引物对，如下所示：SNP260k-l的引物对为：5-AGGGTITCATGGCGTTAAAGC-3; 5-AAACTGAACTGCTCTTCCACGG-3；SNP260k-13 的引物对为：5-CmTCTCCGCCGCGTTAAT-3; 5-CCCGGGATGTGACAATTTGG-3。 上述引物对在鉴定与调控温敏半矮生型桃节间长度中的应用。 上述引物对在鉴定如上所述与调控温敏半矮生型桃节间长度紧密连锁的SNP标 记中的应用。 含有上述引物对的试剂盒。 有益效果：本专利技术采用基于SNP的第三代标记标记技术，结合构建的分离杂交群 体，采用图位克隆的方法，对调控温敏型半矮生桃节间长度的基因进行了精细定位，在精细 定为区域内，开发稳定的、共显性和多态性的SNP标记，以获得与目标性状紧密连锁的标 记。由于研究的对象为基于温度调控节间长度的半矮生型桃，可依据获得的紧密连锁标记 克隆目标性状的基因，应用于分子辅助选种。【附图说明】 图1温度启动半矮生型节间的伸长图； 图2温度对普通生长型节间伸长基本无影响图； 图3普通生长型（左）和半矮生型（右）节间长度比较图； 图4DNA琼脂糖电泳图（M为DL2000DNAmarker，1-13为部分提取DNA样品）； 图5为？0?扩增片段电泳图〇\1为01 20000嫩11^11?^，1-9为部分？0?扩增样品）； 图6为与目标性状紧密连锁的SNP标记SNP260k_l的测序峰图和SNP位点图； 图7为与目标性状紧密连锁的SNP标记SNP260k-13的测序峰图和SNP位点图。【具体实施方式】 下面将结合本专利技术实施例，对本专利技术实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述， 显然，所描述的实施例仅为本专利技术一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本专利技术中的实 施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属 于本专利技术保护的范围。其中，如无特殊说明，实施例中涉及的各种反应试剂均可以通过商业 渠道购买得到；如无特殊说明，实施例中涉及的具体操作参见《分子克隆实验指南第三版》。 实施例1(一）、温度敏感型半矮生桃表型的鉴定 (1)温度处理及表型的确定将杂交后代普通生长型和半矮生型各20株实生苗分别放入人工气候室 (MLR-351H;SanyoElectric)中进行温度处理，在前期研究的基础上，白天设置2种温度 (23°C和30°C)，湿度为70%，光照时长llh，光照强度为12000LUX，采用白色荧光灯管作为 光源，暗处理温度为17°C。采用游标卡尺对不同温度处理（23°C和30°C)新稍的节间长度 进行测定，测定10个节间求平均值。 温度处理表明，23°C时半矮生型桃处于极短矮化状态，30°C时温度启动了节间的 伸长，节间长度接近普通生长型桃。温度启动了半矮生型节间长度的伸长，而温度对普通生 长型桃的节间长度几乎没有影响。因此，我们将依赖温度调控该半矮生型桃节间长度的基 因定义为温度敏感型基因（图1、2、3)。当前第1页1 2 本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种与调控温敏半矮生型桃节间长度紧密连锁的SNP标记，其特征在于所获得的紧密连锁SNP标记为SNP260k‑1和SNP260k‑13，分别位于桃基因组Scaffold 3的2.850Mb和3.003Mb处。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：鲁振华，王志强，牛良，崔国朝，曾文芳，潘磊，
申请(专利权)人：中国农业科学院郑州果树研究所，
类型：发明
国别省市：河南;41