一种检测XRCC1基因多态性的引物与方法技术

本发明专利技术提供一种检测XRCC1基因多态性的引物，包括PCR扩增引物和SNaPshot PCR引物。本发明专利技术属于生物检测技术领域，本发明专利技术提供的引物可以实现XRCC1基因多态性的特异性检测，准确性好。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于生物检测
，尤其设及一种检测XRCC1基因多态性的引物与方 法。
技术介绍
销类抗癌药物，包括顺销、卡销和奥沙利销等，是目前临床应用中对多种癌症具有 较高活性的抗癌药物，主要通过引起细胞内DNA损伤来清除癌细胞。 X线修复交叉互补基团1aRCCl)，位于人类染色体19ql3. 2-13. 3,大小为33化， XRCC1是第一个分离到的影响细胞对电离福射敏感性的哺乳动物基因，广泛参与DNA损伤 的修复。 现有研究数据显示，XRCC1_R399QR/R，R/Q和Q/Q基因型频率分别约为55%，37〇/〇， 8%。因此，通过XRCC1基因多态性的检测，有助于预测销类药物化疗的预后，在帮助指导用 药和个性化治疗方面具有重要意义。现有技术缺少一种特异性好、灵敏度高、可实现XRCC1 基因多态性检测的引物及其方法。
技术实现思路
为解决现有技术中存在的问题，本专利技术提供一种检测XRCC1基因多态性的引物与 方法，具有特异性好、灵敏度高、准确性好等优点。本专利技术检测的位点包括XRCC1_R399Q; C.1196A>G(p.Gln399Arg)(SNP；rs25487) 〇[000引本专利技术提供一种检测XRCCl基因多态性的引物，包括PCR扩增引物 和SNaPshotPCR引物；所述PCR扩增引物包括：针对XRCC1_R399Q的上游引物 5，-TCTGACTCCCCTCCAGATT-3'（SEQIDNO. 1)和下游引物5'-GCCCCTCAGATCACACCTA-3'（SEQ IDNO. 2);所述SNaPshotPCR引物包括；针对XRCC1_R399Q的SNaPshotPCR引物 5，-CGTCGGCGGCTGCCCTCCC-3'（SEQIDNO. 3)。 采用上述技术方案，本专利技术提供的检测XRCCl基因多态性的引物，可w实现XRCCl 基因多态性的特异性检测，准确性好。[000引相应地，本专利技术还提供一种检测XRCC1基因多态性的方法，包括如下步骤；A)提取DNA样品；B)采用权利要求1中所述的PCR扩增引物进行PCR扩增，对扩增产物进行纯化； C)采用权利要求1中所述的SNaPshotPCR引物进行SNaPshotPCR扩增，对扩增产物进行 纯化；D)毛细管电泳技术进行检测，对检测结果进行分析，确定SNP位点及其基因型。 优选地，所述步骤A)中的DNA样品为邸TA抗凝外周血的DNA样品。 优选地，所述步骤B)中的PCR扩增反应条件包括；阶段1 ;98°C3min;阶段2 : 981：1〇3;阶段3;581：3〇3;阶段4;721：1111111;阶段5;返回到阶段2,29个循环；阶段6; 72°C5min;阶段 7;25°C保温。即，St巧 1 ;98。Cfor3minutes;Step2 ;98。Cfor10 seconds；Step3 ；58°Cfor30seconds；Step4 ；72°Cfor1minute；Step5；Goto step2, 29times；Step6 ；72°Cfor5minutes；Step7 ；25°Cforever。 所述步骤c)中的SNaPshot PCR扩增反应条件包括；阶段1;96它10s;阶段2: 55它5s;阶段3;6(TC 30s;阶段4;返回到阶段1，25个循环；阶段5:4它保温。即，St邱 1；96° C forlOseconds ;Step 2；55° C for 5 seconds ;Step 3；60° C for SOseconds ; Step 4 ；Go to step 1，25 times ;Step 5；4° C forever。 优选地，所述步骤D)中，采用GE肥MAP阳RIDV4. 1软件对检测结果进行分析。 此外，本专利技术还提供检测XRCC1基因多态性的引物在制备检测XRCC1基因多态性 试剂中的用途。 与现有技术相比，本专利技术的有益效果是：本专利技术提供了一种检测XRCC1基因多态 性的引物，引物的特异性好，准确性好，实现了XRCC1基因多态性的检测，提高了检测效率。 此外，本专利技术还提供了一种检测XRCC1基因多态性的SNaPshot法，通过使用特异性的PCR 扩增引物和SNaPshotPCR引物，具有特异性好、灵敏度高、准确性好等优点，可W为销类药 物的临床用药提供指导。【附图说明】 图1本专利技术提供的XRCC1基因引物的扩增片段。 图2XRCC1基因引物扩增产物的部分测序图。 图3样品的XRCC1基因多态性检测结果图。【具体实施方式】[001引下面结合附图和实施例对本专利技术做进一步详细说明。[001引实施例一引物 专利技术人针对XRCC1的基因多态性位点，设计了大量引物，通过引物反应条件的优化和 比较，筛选出了特异性好的引物。本专利技术提供的引物包括PCR扩增引物和SNaPshotPCR引 物，PCR扩增引物和SNaPshotPCR引物是相对应的。本专利技术提供的所有引物序列均通过 UCSC数据库比对，无已知SNP位点。 实施例二引物的特异性 将本专利技术提供的引物于UCSC中进行Blasting,XRCC1_R399Q引物扩增片段位于C虹19: 44055651-44055888,长度为238bp。结果如图1所示，引物的扩增片段均覆盖了相应的检测 位点，无其它同源基因。 使用表1中PCR扩增引物分别对检测样品进行扩增及Sanger测序，测序结果显 示，引物扩增片段与XRCC1基因参考序列吻合，结果如图2所示。使用表1中SNaPshotPCR 引物，SNaPshot法进行检测，结果如图3所示。从图3可知，各产物峰的相对位置及测序反 应渗入的碱基与预期相符，且无其它干扰峰。 实施例二XRCCl基因多态性的检测 提取邸TA抗凝外周血的DNA样品，提取方法参照TIANampBloodDNAKit(购自Tiagen，货号；DP318)的说明书，将DM样品稀释至l(K)ng/yL，备用。[002引 PCR扩增采用Q5?热启动超保真2XMasterMix(购自肥B公司，货号；M049化），反 应体系如表2所示，XRCC1_R399Q的引物浓度为5pmol/uL。PCR扩增反应条件包括；阶段1 ; 98°C3min;阶段2;98°C10s;阶段3;58°C30s;阶段4;72°CImin;阶段5;返回到阶段2， 29个循环；阶段6 ;72°C5min;阶段7 ;25°C保温。PCR扩增结束后，取2. 0yLExoSAP-IT (购自Affymetrix，货号；78205)和3.OuLd地20,混匀，加入PCR扩增产物2.OuL，混匀微 离屯、；在PCR仪中进行酶切反应，程序；37°C，15min;80°C，15min;4°C，保温。采用SNaPshot?MultiplexKit(购自ABI公司，货号4323151)进行扩增，反应体 系如表3所示，XRCC1_R399Q的引物浓度为5pmol/uL。SNaPshotPCR反应条件包括：阶段 1;96°C10s;阶段2;55°C5s;阶段3;60°C30s;阶段4;返回到阶段1，25个循环；阶段5; 4C保温。在SNaPshotPCR产物中加入l.OyLSAP酶，按照W下程序进本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种检测XRCC1基因多态性的引物，其特征在于：包括PCR扩增引物和SNaPshot PCR引物；所述PCR扩增引物包括：针对XRCC1_R399Q的上游引物5’‑TCTGACTCCCCTCCAGATT‑3’和下游引物5’‑GCCCCTCAGATCACACCTA‑3’；所述SNaPshot PCR引物包括：针对XRCC1_R399Q的SNaPshot PCR引物5’‑CGTCGGCGGCTGCCCTCCC‑3’。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：赵薇薇，胡昌明，燕启江，郭周萍，
申请(专利权)人：广州金域医学检验中心有限公司，广州医科大学，
类型：发明
国别省市：广东;44