用于数字PCR数据的视像工具制造技术

技术编号:12024682 阅读:124 留言:0更新日期:2015-09-10 09:43
提供一种用于产生数据视像的方法。所述方法包含向用户显示来自衬底的所检测数据的一部分的表示。所述方法进一步包含产生所检测数据的所述部分的数据质量值,并且连同所检测数据的所述部分的所述表示一起显示所检测数据的所述部分的数据质量值的指示。所述方法进一步包含由所述用户选择质量值阈值,并且显示符合所述质量值阈值的所检测数据所述部分的数据质量值的经调整指示。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】【专利说明】
技术介绍
用于生物反应和生化反应的系统已经用来实时监测、测量和/或分析此类反应。此类系统通常用于测序、基因分型、聚合酶链反应(PCR)和其它生化反应以监测进程并且提供定量数据。目前,对每次测试或实验提供更多数目的反应的日益增长的需求已经产生了能够同步进行更高数目的反应的仪器。测试或实验中的采样点数目的增加已经导致微量滴定板以及提供更小样本体积的采样格式。另外,例如数字PCR(dPCR)等技术已经增长了对在大量测试样本的所有或大部分中容纳或者零个或者一个靶核苷酸序列的更小样本体积的需求。数字PCR可以用来对稀有等位基因的浓度进行检测并定量,以提供核酸样本的绝对定量并且测量核酸浓度中的低倍数变化。通常,增加复制的数目提高了 dPCR结果的准确性和再现性。在dPCR中,含有相对少量的靶多核苷酸或核苷酸序列的溶液可以被细分成大量的小测试样本,使得每一样本一般或者含有靶核苷酸序列的一个分子或者不含有任何靶核苷酸序列。当样本随后在PCR方案、程序或实验中经过热循环时,含有靶核苷酸序列的样本被扩增并产生阳性检测信号,而不含有靶核苷酸序列的样本未被扩增且不产生检测信号。对于进一步分析,从dPCR实验收集的数据的大量数据点对于以对用户有用的方式来组织和显现是具有挑战性的。
技术实现思路
在一个示例性实施例中,提供一种用于产生数据视像的方法。所述方法包含向用户显示来自衬底的所检测数据的一部分的表示。所述方法进一步包含产生所检测数据的所述部分的数据质量值,并且连同所检测数据的所述部分的表示一起显示所检测数据的所述部分的数据质量值的指示。所述方法进一步包含由用户选择质量值阈值,并且显示符合所述质量值阈值的所检测数据所述部分的数据质量值的经调整指示。在另一示例性实施例中,提供一种用于计算生物分析的结果的方法。所述方法包含向用户显示来自多个反应部位的发射数据的散布图并且确定每一数据点的分类。所述方法进一步包含接收数据点的选择以将所确定的分类更改为第二分类。所述方法包含基于每一分类中的数据点的数目计算结果。在一些实施例中,所述结果是靶分子的浓度。根据各种实施例,分类可以包含:阳性反应、阴性反应、FAM、VIC、FAM和VIC、无扩增、空、以及未确定的。【附图说明】图1图示可以实施本文所描述的各种实施例的示例性计算系统。图2图示根据本文所描述的各种实施例的数据视像。图3图示根据本文所描述的各种实施例的数据视像。图4图示根据本文所描述的各种实施例的数据视像。图5图示根据本文所描述的各种实施例的数据视像。图6图示根据本文所描述的各种实施例用以显现数据的所产生的图。图7图示根据本文所描述的各种实施例用以显现数据的所产生的图。图8图示用于根据本文所描述的实施例组织实验的工具。图9图示根据本文所描述的各种实施例的来自多个数据点的萤光值的直方图。图10图示包含反应部位的芯片,数据从所述反应部位收集且根据本文所描述的各种实施例来显现。图11图示用于根据本文所描述的各种实施例检阅数据的工具。图12图示用于根据本文所描述的各种实施例调整和组织数据的工具。【具体实施方式】为了提供对本专利技术的更透彻理解,以下描述阐述许多特定细节,例如特定配置、参数、实例等。然而,应认识到,此类描述不意图作为对本专利技术的范围的限制,而是意图提供示例性实施例的更好描述。所属领域的技术人员将认识到,可以使用硬件、软件、固件或适当时其组合来实施各种实施例的操作。例如,可以在软件、固件或硬连线逻辑的控制下使用处理器或其它数字电路执行一些处理。(本文的术语“逻辑”是指如所属领域的技术人员所熟知的用以执行所阐述功能的固定硬件、可编程逻辑和/或其适当组合。)软件以及固件可以存储在计算机可读媒体上。如所属领域的技术人员所熟知,可以使用模拟电路来实施一些其它处理。另外,在本专利技术的实施例中可以采用存储器或其它存储装置以及通信组件。图1是图示根据各种实施例可以用于进行处理功能的计算机系统100的框图,在所述计算机系统上可以使用热循环仪系统(未示出)的实施例。计算系统100可以包含一或多个处理器,例如处理器104。处理器104可以使用一般或专用处理引擎来实施,例如微处理器、控制器或其它控制逻辑。在此实例中,处理器104连接到总线102或其它通信媒体上。此外,应了解,图1的计算系统100可以体现为若干形式中的任一者,例如机架式计算机、大型主机、超级计算机、服务器、客户端、桌上型计算机、膝上型计算机、平板计算机、手持式计算装置(例如,PDA、蜂窝电话、智能电话、掌上电脑等)、群集栅格、上网本、嵌入式系统、或可以合乎需要或适合于给定应用或环境的任何其它类型的专用或通用计算装置。另外,计算系统100可以包含传统网络系统,所述传统网络系统包含客户机/服务器环境和一或多个数据库服务器,或与LIS/UMS基础设施整合。本领域中已知包含局域网(LAN)或广域网(WAN)以及包含无线和/或有线组件的许多传统网络系统。另外,客户机/服务器环境、数据库服务器和网络在本领域中有充分记载。计算系统100可以包含总线102或用于传送信息的其它通信机制、以及与总线102耦合以用于处理信息的处理器104。计算系统100还包含存储器106,所述存储器可以是随机存取存储器(RAM)或其它动态存储器,其耦接到总线102上用于存储将由处理器104执行的指令。存储器106还可以用于在执行将由处理器104执行的指令期间存储临时变量或其它中间信息。计算系统100进一步包含只读存储器(ROM) 108或其它静态存储装置,其耦接到总线102上用于存储用于处理器104的静态信息和指令。计算系统100还可以包含存储装置110,提供例如磁盘、光盘或固态驱动器(SSD)并耦合到总线102上以用于存储信息和指令。存储装置110可以包含媒体驱动器和可移动存储接口。媒体驱动器可以包含用以支持固定的或可移动的存储媒体的驱动器或其它机制,例如硬盘驱动器、软盘驱动器、磁带驱动器、光盘驱动器、⑶或DVD驱动器(R或RW)、闪速驱动器、或其它可移动的或固定的媒体驱动器。如这些实例所图示,存储媒体可以包含计算机可读存储媒体,其中存储了特定计算机软件、指令或数据。在替代实施例中,存储装置110可以包含用于允许计算机程序或其它指令或数据加载到计算系统100上的其它类似工具。此类工具可以包含例如可移动储存单元和接口(例如,程序盒带和盒带接口)、可移动存储器(例如,闪存或其它可移动存储器模块)和存储器槽、以及允许软件和数据从存储装置110传递至计算系统100的其它可移动存储单元和接口。计算系统100还可以包含通信接口 118。通信接口 118可以用于允许软件和数据在计算系统100与外部装置之间传递。通信接口 118的实例可以包含调制解调器、网络接口(例如以太网或其它NIC卡)、通信端口(例如,USB端口、RS-232C串行端口)、PCMCIA插槽和卡、蓝牙等。经由通信接口 118传递的软件和数据呈信号的形式,这些信号可以是能够通过通信接口 118接收的电子、电磁、光学或其它信号。这些信号可以经由信道通过通信接口 118传输以及接收,所述信道例如无线媒体、导线或电缆、光纤、或其它通信媒体。信道的一些实例包含电话线、蜂窝电话链路、RF链路、网络接口、局域网或广本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于产生数据视像的方法,所述方法包括:向用户显示来自衬底的所检测数据的一部分的表示;产生所检测数据的所述部分的数据质量值;连同所检测数据的所述部分的所述表示一起显示所检测数据的所述部分的数据质量值的指示;由所述用户选择质量值阈值;并且显示符合所述质量值阈值的所检测数据所述部分的数据质量值的经调整指示。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】...

【专利技术属性】
技术研发人员:哈里森·梁奈弗蒂塔·苏米·马朱木达尔杰弗里·马克斯西奥多·斯特劳博赖安·塔尔波特凯文·博德大卫·郝德
申请(专利权)人:生命技术公司
类型:发明
国别省市:美国;US

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