本发明专利技术公开了一种与九孔鲍生长性状相关联的分子标记及其筛选方法和应用，该分子标记为SEQ ID NO.1所示基因序列。本发明专利技术还公开了用于检测上述分子标记的引物AMY-FP和引物AMY-RP，所述引物AMY-FP为SEQ ID NO.2所示序列，引物AMY-RP为SEQ ID NO.3所示序列。本发明专利技术的分子标记、引物、筛选方法获得的SNP位点应用于九孔鲍的选择育种。利用本发明专利技术所述引物和方法筛选亲本，其繁育的后代生长速率显著高于未筛选的对照组，该分子标记和引物可以高效、快速、简便地应用于九孔鲍的选择育种。
【技术实现步骤摘要】
本专利技术涉及一种与九孔鲍生长性状相关联的SNP标记检测及其应用，属于水产 动物遗传及分子标记辅助育种
技术介绍
九孔鲍soperieZia)又称杂色鲍，隶属于软体动物门、 腹足纲、鲍鱼科。因鲍腹足发达，肉质鲜美，营养价值高，被誉为"海产八珍"。我国九孔鲍人 工繁殖及养殖技术研宄始于20世纪70年代，90年代中期由于工厂化养鲍技术的引进，九孔 鲍人工养殖形成产业化，并逐渐成为我国南方水产养殖行业中不可或缺的养殖品种。但是 伴随九孔鲍养殖业迅速发展，育苗和养成期病害发生愈来愈频繁。此外，鲍鱼养殖过程中不 注重亲鲍选择与育苗工艺改进，造成鲍鱼近亲繁殖、品种种质不断下降，给九孔鲍养殖业造 成巨大经济损失，严重抑制了我国鲍鱼产业的健康发展。因此，采用遗传育种技术培育优良 品种的九孔鲍作为亲鲍已迫在眉睫。 遗传标记主要分为细胞学标记、形态学标记、生化标记以及DNA分子标记，其中， DNA标记作为一种新的育种方法已倍受瞩目。与常规育种相比，DNA分子标记具有准确、稳 定、不受环境影响等特点。目前常用的DNA分子标记技术主要有：限制性内切酶酶切片段的 长度多态性（RFLP)、随机扩增DNA多态性（RAPD)、扩增片段长度多态性（AFLP)、锚定简单重 复序列（ISSR)、简单重复序列（SSR)、单核苷酸多态性（SNPs)等，其中，SNPs作为第三代分 子标记在分子标记辅助育种中得到广泛应用。常将SNPs与经济性状相关联，分析寻找出影 响性状的主效基因或与主效基因紧密连锁的候选基因，将其应用与后续育种中。现有技术 已利用SNPs标记研宄暗纹东方飩肌肉生长抑制素基因（MSTN)的多态性与生长性状的关联 分析，发现在MSTN基因中有2个SNP位点（A748G、Cl 197T)，分别位于第二个外显子和第二 个内含子，特别是标记C1197T与暗纹东方飩生长性状显著相关。也有学者对南阳牛肝细胞 生长因子（HGF)的单核苷酸多态性与生长性状相关联，研宄表明在HGF编码区中存在4个 SNP位点（288T>C、72801G>A、77172G>T、77408T>G)，且4个位点均与南阳牛生长性状显著相 关。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种与九孔鲍生长相关的分子标记，该分子标记可应用于九 孔鲍生长性状的标记辅助遗传育种，进行九孔鲍生长性状的标记辅助选择及应用。 本专利技术的技术方案如下：一种与九孔鲍生长性状相关的分子标记，该分子标记的 核苷酸序列为SEQ ID NO. 1所示基因序列，该基因的第18位，其碱基为A或T，第299位，其 碱基为T或C。 本专利技术的分子标记用于九孔鲍生长性状的标记辅助遗传育种。 本专利技术另一个目的在于提供用于检测本专利技术上述分子标记的引物对。 所述用于检测本专利技术上述分子标记的引物对为引物AMY-FP和引物AMY-RP，所述 引物AMY-FP为SEQ ID NO. 2所示序列，引物AMY-RP为SEQ ID NO. 3所示序列： (1) SEQ ID NO. 2 ：GTTTGTCCGAGTGATGAGTAGTTATTT ； (2) SEQ ID NO. 3 :ACTATTGGTTCCTCGTTGTTGCT。 本专利技术的目的还在于提供一种九孔鲍生长性状相关的分子标记的筛选方法，所述 方法包括如下步骤： (1) 以不同九孔鲍的基因组DNA为模板，利用引物AMY-FP和引物AMY-RP分别进行扩 增，获得扩增片段； (2) 将步骤（1)获得的扩增片段进行测序，得到峰图，筛选出碱基突变位点； (3) 利用chromas软件对测序的峰图进行基因分型分析，并用SPSS13. 0软件ANOVA对 九孔鲍生长性状值与基因型间的关系进行分析； (4) 采用多重比较分析按照不同基因型间壳长、壳宽和体重性状的差异，最终确定与九 孔鲍壳长、壳宽和体重存在显著相关（K0. 05)的SNP (单核苷酸多态性）位点。 所述扩增片段的长度为333bp。 所述的生长性状值可以是壳长、壳宽、体重等本领域技术人员知晓的，常用来表示 九孔鲍生长性状的参数或指标。 所述引物AMY-FP和引物AMY-RP为本专利技术SEQ ID NO. 2、SEQ ID NO. 3分别所示的 引物。 所述引物AMY-FP和AMY-RP是用盘鲍α -淀粉酶基因 mRNA (GenBank Accession NO. EF103353. 1)序列设计得到。SEQ :atcacccac aaaacaccca gggattacaa gatggctcaa gcgtttactc tggcctacaa ttatgggttt gtccgagtga tgagtagtta tttcttcgga gacgactctg atgctggacc gcctgacaaa gatgttagta tcaatggaga tggctcctgt ggtaatggct gggtttgtga gcacaggtgg gcccccattg ccaacatggt ggcgttcagg aacgctgtgg ctggcactgg catcgaacac tggtttgata gtggggacgt cgtcgccttt gccagaggta acaagggctt ctttgcgatg gcgaagcaag gaaatctgga tcaaaccttc cgaacagggc tgccagccgg agaatactgt gacatcatcc atgattgcca acaaaaggtc acagtggatg gctcaggaaa cgcccacgtt cacatcagca acaacgagga accaatagtc gccattattg ttggtggtcc aactggcagt acaggaggcg gaaacactgg aggaggaact caagcccccg ttacctcagg ccctgttgtc acacccgact atggaagtgg tagttggaaa cacacagtgat attggtacag〇 步骤（1)所述扩增为PCR扩增。PCR扩增条件可以由本领域技术人员进行优化选 择。 步骤（2)所述测序采用直接测序法，测序时对九孔鲍中SNP进行检测，在某一碱基 处在某一碱基处出现双峰则说明是杂合型，单峰则是纯合子，将测序后的序列与野生型比 对，得出突变纯合型。 利用获得的SNP位点辅助高产九孔鲍选育的方法，具体是在高产九孔鲍的选择育 种过程中，对九孔鲍育种候选群体进行SNP位点分型，结合其他与生长性状相关位点的分 型信息，优先选择SNP位点均为GG型的个体和SNP位点为CC型的个体作为高产九孔鲍选 育的亲本或者进行规模养殖，避免选择SNP位点为CC、SNP位点为TT作为亲本或者进行规 模养殖。 利用本专利技术的分子标记、引物、筛选方法获得的SNP位点应用于九孔鲍的选择育 种时，通过所述引物和方法筛选亲本，其繁育的后代生长速率显著高于未筛选的对照组，该 分子标记和引物可以高效、快速、简便地应用于九孔鲍的选择育种。 本专利技术实施例通过对九孔鲍α -淀粉酶基因的部分序列进行测序和Clustal比 对，筛查到了 2个SNP位点，筛选的第18位SNP位点为GG型的九孔鲍，其壳长、壳本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种与九孔鲍生长性状相关的分子标记，其特征在于：该分子标记的核苷酸序列为SEQ ID NO.1所示基因序列，该基因的第18位，其碱基为A或T，第299位，其碱基为T或C。
【技术特征摘要】
【专利技术属性】
技术研发人员：刘东超，刘建勇，钱佳慧，
申请(专利权)人：广东海洋大学，
类型：发明
国别省市：广东;44
还没有人留言评论。发表了对其他浏览者有用的留言会获得科技券。