RNA测序数据处理的方法和装置制造方法及图纸

本发明专利技术公开了一种RNA测序数据的处理方法和装置。该方法包括获取RNA测序数据的文件路径；根据RNA测序数据的文件路径获取包含RNA测序数据的测序数据文件；获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件，查询条件至少包括如下任意一种或多种条件：包含至少一个基因名称的基因名称列表以及至少一个样本的基因信息标签；根据查询条件从测序数据文件中查询得到RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果；输出RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果。通过根据用户输入的感兴趣查询条件对RNA测序数据进行查询，为RNA测序数据的多样化筛选及分析提供了便利，从而使得处理结果更多样化，信息更全面，更具有指导价值。

【技术实现步骤摘要】
【专利摘要】本专利技术公开了一种RNA测序数据的处理方法和装置。该方法包括获取RNA测序数据的文件路径；根据RNA测序数据的文件路径获取包含RNA测序数据的测序数据文件；获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件，查询条件至少包括如下任意一种或多种条件：包含至少一个基因名称的基因名称列表以及至少一个样本的基因信息标签；根据查询条件从测序数据文件中查询得到RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果；输出RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果。通过根据用户输入的感兴趣查询条件对RNA测序数据进行查询，为RNA测序数据的多样化筛选及分析提供了便利，从而使得处理结果更多样化，信息更全面，更具有指导价值。【专利说明】RNA测序数据处理的方法和装置
本专利技术涉及测序数据处理领域，具体而言，涉及一种RNA测序数据的处理方法和 目.ο
技术介绍
由于高通量测序技术具有通量高、成本低、数据信息量大的优点，越来越多的生物学研宄人员选择采用高通量测序的方法作为一种研宄的手段。然而，测序所得的数据是海量的，各大测序公司纷纷推出各种处理方法供用户选择，但现有技术中的测序数据的处理方法存在处理效率低下(只能针对单一样本进行分析)、输出结果单一、无法进行多样化分析的缺陷。 因此，急需建立一种能够对测序数据进行多样化分析的方法，以提供更准确、更全面的分析结果。
技术实现思路
本专利技术旨在提供一种RNA测序数据的处理方法和装置，以改善现有的处理方法所得结果单一、信息不全等缺陷。 为了实现上述目的，根据本专利技术的一个方面，提供了一种RNA测序数据的处理方法，方法包括:获取RNA测序数据的文件路径；根据RNA测序数据的文件路径获取包含RNA测序数据的测序数据文件；获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件，查询条件至少包括如下任意一种或多种条件:包含至少一个基因名称的基因名称列表以及至少一个样本的基因信息标签；根据查询条件从测序数据文件中查询得到RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果；输出RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果。 进一步地，通过如下任意一种方式获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表:方式一:通过应用界面提供的输入框接收用户输入的基因名称列表；方式二:确定基因名称列表对应的列表保存地址，根据列表保存地址读取并导入基因名称列表；方式三:根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表，其中，基因名称的筛选条件包括如下任意一个或多个信息:样品表达量、差异比较组以及基因功能。 进一步地，在通过方式三获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表的情况下:当基因名称的筛选条件至少包括样品表达量时，根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表的步骤包括:获取用户输入样品的RPKM阈值或FPKM阈值，根据样品的RPKM阈值或FPKM阈值，从测序数据文件中筛选得到满足样品的RPKM阈值或FPKM阈值的基因名称列表。 进一步地，在通过方式三获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表的情况下:当基因名称的筛选条件至少包括差异比较组时，根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表的步骤包括:获取用户输入的比较样品组的log2fold change阈值和q值阈值，根据比较样品组的log2fold change阈值和q值阈值，从测序数据文件中筛选得到满足比较样品组的log2fold change阈值和q值阈值的基因名称列表。 进一步地，在通过方式三获取用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表的情况下:当基因名称的筛选条件至少包括基因功能时，根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表的步骤包括:获取用户输入包括如下任意一个或多个基因功能信息:GO ID号、GO注释库中的关键词、KEGG ID号以及KEGG注释库中的关键词；根据一个或多个功能信息，从测序数据文件中筛选得到满足一个或多个基因功能信息的基因名称列表。 进一步地，在获取到用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表之后，方法还包括:根据用户输入的提取基因的基因信息标签，获取测序数据文件中符合基因名称列表中的基因的基因信息标签；其中，基因信息标签包括基因功能注释、基因表达量、基因分子标记、基因序列、基因差异分析和基因富集。 进一步地，在基因信息标签为基因功能注释的情况下，在获取到用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表之后，方法还包括:获取用户输入的用于提取基因的如下任意一种或多种基因功能注释:基因长度、NR、NT、KEGG、Swissprot、PFAM和GO的功能注释；根据基因名称列表和一种或多种基因功能注释，从测序数据文件中查询得到满足基因名称列表和基因功能注释的筛选结果。 进一步地，在基因信息标签为基因分子标记的情况下，在获取到用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表之后，方法还包括:获取用户输入的用于提取基因的如下任意一种或多种基因分子标记:SSR、SNP和INDEL ;根据基因名称列表和一种或多种基因分子标记，从测序数据文件中查询得到满足基因名称列表和基因分子标记的筛选结果。 进一步地，在基因信息标签为基因序列的情况下，其中，在获取到用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表之后，方法还包括:获取用户输入的用于提取基因的如下任意一种或多种基因序列:转录本序列、单基因簇序列和CDS序列；根据基因名称列表和一种或多种基因序列，从测序数据文件中查询得到满足基因名称列表和基因序列的筛选结果。 进一步地，在基因信息标签为基因富集的情况下，在获取到用于对测序数据文件进行筛选处理的查询条件中的基因名称列表之后，方法还包括:获取用户输入的用于提取基因的如下任意一种或多种基因富集:G0富集和KEGG富集；根据基因名称列表和一种或多种基因富集，从测序数据文件中查询得到满足基因名称列表和基因富集的筛选结果。 根据本专利技术的另一方面，提供了一种RNA测序数据的处理装置，该装置包括:路径模块:用于获取RNA测序数据的文件路径；访问模块:用于根据RNA测序数据的文件路径获取包含RNA测序数据的测序数据文件；获取模块:用于获取对测序数据文件进行筛选处理的查询条件，查询条件至少包括如下任意一种或多种条件:包含至少一个基因名称的基因名称列表以及至少一个样本的基因信息标签；查询模块:用于根据查询条件从测序数据文件中查询得到RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果；以及输出模块:用于输出RNA测序数据中满足查询条件的筛选结果。 进一步地，获取模块包括如下任意一个获取子模块:第一获取子模块:用于通过应用界面提供的输入框接收用户输入的基因名称列表；第二获取子模块:用于确定基因名称列表对应的列表保存地址，并根据列表保存地址读取并导入基因名称列表；第三获取子模块:用于根据预先确定的基因名称的筛选条件，从测序数据文件中筛选得到基因名称列表，其中，基因名称的筛选条件包括如下任意一个或多个信息:样品表达量、差异比较组以及基因功能。 进一步地，第三获取本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种RNA测序数据的处理方法，其特征在于，所述方法包括：获取RNA测序数据的文件路径；根据所述RNA测序数据的文件路径获取包含所述RNA测序数据的测序数据文件；获取用于对所述测序数据文件进行筛选处理的查询条件，所述查询条件至少包括如下任意一种或多种条件：包含至少一个基因名称的基因名称列表以及至少一个样本的基因信息标签；根据所述查询条件从所述测序数据文件中查询得到所述RNA测序数据中满足所述查询条件的筛选结果；输出所述RNA测序数据中满足所述查询条件的筛选结果。

【技术特征摘要】

【专利技术属性】
技术研发人员：陈利群，姜晓雪，郭阳，周婷婷，
申请(专利权)人：北京诺禾致源生物信息科技有限公司，
类型：发明
国别省市：北京;11