一种单倍型分子标记在鸭屠体性状检测中的应用制造技术

本发明专利技术属于家禽分子标记制备技术领域，具体涉一种单倍型分子标记在鸭屠体性状检测中的应用。所述的分子标记从MSTN基因中克隆得到，该分子标记的核苷酸序列如序列表SEQ ID NO：1和SEQ ID NO：2所示。本发明专利技术还公开了上述分子标记在鸭屠体性状分子检测中的应用。根据PCR-RFLP图谱中的带型筛选如图2中基因型分别为GG、CC、AA、CC的个体，即h1h1单倍型组合的个体。本发明专利技术操作简单，结果稳定可靠，制备的SNPs分子标记和单倍型分子标记可用于辅助鉴定鸭的屠体性状。

【技术实现步骤摘要】

本专利技术属于家禽分子标记辅助育种
，具体涉一种单倍型分子标记在鸭屠体性状检测中的应用。
技术介绍
屠体性状是畜禽生产中重要的经济性状，也是畜禽品种选育的重要指标。畜禽的屠体性状为微效多基因控制的数量性状，寻找鉴定与目标性状相关的候选基因及分子标记是非常必要的。但一个候选基因通常存在多个SNPs位点，且许多表型性状不是由单个SNP引起的，而是由多个SNPs的特定组合所致，这种SNPs特定组合即是单倍型。不同SNP位点上核苷酸碱基的线型排列即为一种SNP单倍型。单倍型集合了多个SNPs的信息，可为目标性状的研究提供更加丰富的信息、更加可靠的参考。动物胚胎及肌肉的发生是一个复杂的过程，涉及一系列相关基因的表达及这些基因之间形成的调控网络与信号转导通路，这些综合作用促进动物的生长发育。肌肉生长抑制素(Myostatin，MSTN)基因，又称生长分化因子-8(GDF-8)，是转化生长因子-β(TGF-β)超家族的成员之一，对肌肉的生长发育起负调控作用。MSTN基因首先是在小鼠中发现的，并从骨骼肌cDNA文库中克隆得到。在哺乳动物中，利用基因打靶技术敲除小鼠的MSTN基因，发现突变型小鼠的体重比野生型重30％左右；牛MSTN基因外显子3上11bp的缺失，造成移码突变，引起“双肌”现象的出现。研究还发现，MSTN的缺失不仅使骨骼肌过度发育，对脂肪沉积也有抑制作用。这些研究表明肌肉生长抑制素对机体的生长发育具有重要调控作用，r>因此，在鸭中寻找鉴定MSTN基因与屠体性状相关的SNPs及单倍型分子标记对畜禽生长性能的提高具有重要意义。
技术实现思路
本专利技术的目的在于寻找鸭MSTN基因的SNPs位点，提供一种单倍型分子标记在鸭屠体性状检测中应用，并以此作为鸭屠体性状相关的SNPs及单倍型分子标记在标记辅助选择中的应用。本专利技术通过以下技术方案实现：申请人提供了一种单倍型SNP分子标记在检测鸭屠体性状中的应用，所述的单倍型SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在该序列的第125位和320位的碱基处有两个G/A和C/T的突变，所述突变分别导致Bsp1407Ⅰ-RFLP和BpiⅠ-RFLP酶切的多态性。一种单倍型SNP分子标记在检测鸭屠体性状中的应用，所述的单倍型SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示；在该序列的第72位和93位的碱基处有两个A/G和C/A的突变，所述突变分别导致Csp6Ⅰ-RFLP和Bsp143Ⅰ-RFLP酶切的多态性。扩增或检测如SEQ ID NO：1所述的分子标记的引物对，其DNA序列如SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4所示。扩增或检测如SEQ ID NO：2所述的分子标记的引物对，其DNA序列如SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6所示。申请人提供了一种制备鸭屠体性状的单倍型分子标记的方法，其要点在于下列步骤：提取待测样本的鸭基因组DNA，经序列SEQ ID NO：3-6所示的特异性引物扩增分别得到368bp和217bp的片段，目的片段分别经Bsp1407 Ⅰ与Bpi Ⅰ、Csp6 Ⅰ与Bsp143 Ⅰ酶切，得到2个PCR产物的4个RFLP图谱，根据图谱中的带型筛选得到h1h1单倍型组合的个体。本专利技术的具体方法是：提取待测样本的鸭基因组DNA，针对鸭MSTN基因设计2对引物，经序列如SEQ ID NO：3-6所示的特异性引物扩增分别得到368bp和217bp的片段，目的片段经回收后直接测序，比对分析共发现6个SNPs位点，其中4个SNPs分别引起了Bsp1407 Ⅰ、Bpi Ⅰ、Csp6 Ⅰ和Bsp143 Ⅰ酶切位点的改变。这4个位点经PCR-RFLP酶切分型，每个位点均出现3种基因型，且有两个位点的基因型完全一一对应，可合并为一个位点。利用PHASE2.1软件计算分析这4个SNPs产生的单倍型种类及其频率，SAS软件进行基因型与性状间的关联分析。结果显示，4个SNPs中，125G/A位点对所测量的所有屠体性状均有显著影响(P<0.05)，320C/T、72A/G(93C/A)位点对主要屠体性状有显著影响(P<0.05)；4个位点重构的单倍型，不同单倍型组合对所测量的所有屠体性状都有显著影响(P<0.05)，其中h1h1单倍型组合的屠体性状值最大。本专利技术通过直接测序、PCR-RFLP、单倍型构建及关联分析的方法得到与鸭屠体性状相关的分子标记，为鸭的分子标记辅助选择提供了4个新的SNPs分子标记及1个单倍型分子标记。更详细的技术方案参见《具体实施方式》。附图说明序列表SEQ ID NO：1是本专利技术制备的与鸭屠体性状相关的其中一个分子标记的核苷酸序列，序列长度为368bp，在该序列的125位和320位依次存在两个G/A、C/T的碱基突变，该突变分别导致Bsp1407 Ⅰ-RFLP和Bpi Ⅰ-RFLP酶切的多态性。序列表SEQ ID NO：2是本专利技术制备的与鸭屠体性状相关的另一个分子标记的核苷酸序列，序列长度为共217bp，在该序列中的72位、93位依次存在两个A/G、C/A的碱基突变，该突变分别导致Csp6 Ⅰ-RFLP和Bsp143 Ⅰ-RFLP酶切的多态性。序列表SEQ ID NO：3和SEQ ID NO：4是本专利技术制备的.扩增或检测如SEQ ID NO：1所示的分子标记的引物。序列表SEQ ID NO：5和SEQ ID NO：6是本专利技术制备的扩增或检测如SEQ ID NO：2所示的分子标记的引物。图1：是MSTN基因6个SNPs位点的测序峰图。图中依次为：125G/A、320C/T、72A/G、93C/A、114A/G和156A/G位点的测序峰图。图2：是MSTN基因4个SNPs位点的PCR-RFLP琼脂糖凝胶电泳图谱。图中依次为：125G/A、320C/T、72A/G和93C/A位点的PCR-RFLP琼脂糖凝胶电泳图谱。图3：是本专利技术制备的其中一个分子标记的原序列。序列方框中的碱基为突变位点，突变位点附近带下划线部分为酶切位点，在序列的收尾部分的阴影区的下划线部分是正反向引物序列。图4：是本专利技术制备的另一个分子标记的原序列。序列方框中的碱基为突变位点，突变位点附近带下划线部分为酶切位点，在序列的收尾部分的阴影区的下划线部分是正反向引物序列。具体实施方式实施例11.1实验动物实验动物来自武汉市汉口精武食品工业园有限公司，为连城白鸭与白改鸭杂交第二世代...

【技术保护点】
一种单倍型SNP分子标记在检测鸭屠体性状中的应用，其特征在于：所述的单倍型SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在该序列的第125位和320位的碱基处有G/A和C/T的两个突变，所述突变分别导致Bsp1407 Ⅰ‑RFLP和Bpi Ⅰ‑RFLP酶切的多态性。

【技术特征摘要】
1.一种单倍型SNP分子标记在检测鸭屠体性状中的应用，其特征在于：所述的单倍
型SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：1所示；在该序列的第125位和320位的碱
基处有G/A和C/T的两个突变，所述突变分别导致Bsp1407 Ⅰ-RFLP和Bpi Ⅰ-RFLP酶切的
多态性。
2.一种单倍型SNP分子标记在检测鸭屠体性状中的应用，其特征在于：所述的单倍型
SNP分子标记的核苷酸序列如SEQ ID NO：2所示；在该序列...

【专利技术属性】
技术研发人员：龚萍，杨宇，叶胜强，杨永平，王丽霞，邓兵，喻婷，童伟文，
申请(专利权)人：武汉市畜牧兽医科学研究所，
类型：发明
国别省市：湖北;42