基因突变体及其应用制造技术

本发明专利技术公开了基因突变体及其应用。其中，该基因突变体，与野生型ABCA4基因相比，具有c.4604dup突变；或者与野生型CNGB3基因相比具有选自下列的至少一种突变：c.1774dup、c.129+1G>A和c.1957G>A；或者与野生型PDE6C基因相比具有选自下列的至少一种突变：c.1935+1del、c.2518+5G>C和c.1004+1G>A；或者与野生型RPGRIP1基因相比具有c.2592T>G突变；或者与野生型CACNA1F基因相比具有c.2542G>A突变。通过检测这些突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生物样品是否易感锥杆营养不良症。

【技术实现步骤摘要】
基因突变体及其应用 优先权信息 本申请请求2013年6月10日向中国国家知识产权局提交的、专利申请号为 201310270648. 6的专利申请的优先权和权益，并且通过参照将其全文并入此处。
本专利技术涉及基因突变体及其应用。具体地，本专利技术涉及分离的核酸、分离的多肽、 筛选易感锥杆营养不良症的生物样品的方法、筛选易感锥杆营养不良症的生物样品的系 统、用于筛选易感锥杆营养不良症的生物样品的试剂盒、构建体以及重组细胞。
技术介绍
锥杆营养不良（CORD)是指一系列主要是锥细胞参与的遗传性视网膜疾病。视杆 细胞减少的情况可能同时发生，或后期发生。CORD患者通常会有视觉灵敏度降低，畏光，色 觉异常的症状。 CORD可以以常染色体显性（adCORD)，常染色体隐性（arCORD)，或者X连锁 (xlCORD)方式遗传。目前为止至少有25个基因被报道与不同遗传方式的CORD相关，涉及 较多致病突变，但仍存在着相当一部分未知致病基因位点。 因而，目前对锥杆营养不良症的研究仍有待深入。
技术实现思路
本专利技术旨在至少解决现有技术中存在的技术问题之一。为此，本专利技术的一个目的 在于提出一种能够有效筛选易感锥杆营养不良症的生物样品的方法。 本专利技术是基于专利技术人的下列工作而完成的：专利技术人通过高通量外显子组测序联合 候选基因突变验证的方法确定了锥杆营养不良症的致病基因上的新突变。 根据本专利技术的第一方面，本专利技术提出了一种分离的核酸。根据本专利技术的实施例，与 野生型ABCA4基因相比，所述核酸具有c. 4604dup突变；或者与野生型CNGB3基因相比，所 述核酸具有选自下列的至少一种突变：c. 1774dup、c. 129+1G>A和c. 1957G>A ;或者与野生 型TOE6C基因相比，所述核酸具有选自下列的至少一种突变：c. 1935+ldel、c. 2518+5G>C和 c. 1004+1G>A ;或者与野生型RPGRIP1基因相比，所述核酸具有c. 2592T>G突变；或者与野 生型CACNA1F基因相比，所述核酸具有c. 2542G>A突变。根据本专利技术的实施例，专利技术人确定 了 ABCA4、CNGB3、H)E6C、RPGRIP1和CACNA1F基因突变体，这些新突变体与锥杆营养不良症 的发病密切相关，从而通过检测这些新突变体在生物样品中是否存在，可以有效地检测生 物样品是否易感锥杆营养不良症。 根据本专利技术的第二方面，本专利技术提出了一种筛选易感锥杆营养不良症的生物样 品的方法。根据本专利技术的实施例，该方法包括以下步骤：从生物样品提取核酸样本；确定 所述核酸样本的核酸序列；所述核酸样本的核酸序列或其互补序列，与野生型ABCA4基因 相比具有c. 4604dup突变，或者与野生型CNGB3基因相比具有选自下列的至少一种突变： c. 1774dup、c. 129+1G>A和c. 1957G>A，或者与野生型TOE6C基因相比具有选自下列的至少 一种突变：c. 1935+ldel、c. 2518+5G>C和c. 1004+1G>A，或者与野生型RPGRIP1基因相比具 有c. 2592T>G突变，或者与野生型CACNA1F基因相比具有c. 2542G>A突变，是所述生物样品 易感锥杆营养不良症的指示。通过根据本专利技术实施例的筛选易感锥杆营养不良症的生物样 品的方法，可以有效地筛选易感锥杆营养不良症的生物样品。 根据本专利技术的第三方面，本专利技术提出了一种筛选易感锥杆营养不良症的生物样品 的系统。根据本专利技术的实施例，该系统包括：核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所 述生物样品提取核酸样本；核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装 置相连，用于对所述核酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本的核酸序列；判断装置，所 述判断装置与所述核酸序列确定装置相连，以便基于所述核酸样本的核酸序列或其互补序 列，与野生型ABCA4基因相比具有c. 4604dup突变，或者与野生型CNGB3基因相比具有选自 下列的至少一种突变：c. 1774dup、c. 129+1G>A和c. 1957G>A，或者与野生型TOE6C基因相比 具有选自下列的至少一种突变：c. 1935+ldel、c. 2518+5G>C和c. 1004+1G>A，或者与野生型 RPGRIP1基因相比具有c. 2592T>G突变，或者与野生型CACNA1F基因相比具有c. 2542G>A突 变，判断所述生物样品是否易感锥杆营养不良症。利用该系统，能够有效地实施前述筛选易 感锥杆营养不良症的生物样品的方法，从而可以有效地筛选易感锥杆营养不良症的生物样 品。 根据本专利技术的第四方面，本专利技术提出了一种用于筛选易感锥杆营养不良症的生 物样品的试剂盒。根据本专利技术的实施例，该试剂盒含有：适于检测ABCA4、CNGB3、TOE6C、 RPGRIP1和CACNA1F基因突变体的至少一种的试剂，其中与野生型ABCA4基因相比，所述 ABCA4基因突变体具有c. 4604dup突变；与野生型CNGB3基因相比，所述CNGB3基因突变体 具有选自下列的至少一种突变：c. 1774dup、c. 129+1G>A和c. 1957G>A ;与野生型H)E6C基 因相比，所述PDE6C基因突变体具有选自下列的至少一种突变：c. 1935+ldel、c. 2518+5G>C 和c. 1004+1G>A ;与野生型RPGRIP1基因相比，所述RPGRIP1基因突变体具有c. 2592T>G突 变；与野生型CACNA1F基因相比，所述CACNA1F基因突变体具有c. 2542G>A突变。利用根据 本专利技术的实施例的试剂盒，能够有效地筛选易感锥杆营养不良症的生物样品。 根据本专利技术的第五方面，本专利技术还提出了一种构建体。根据本专利技术的实施例，该构 建体包含前面所述的分离的核酸。需要说明的是，构建体包含前面所述的分离的核酸表 示，本专利技术的构建体包含与野生型ABCA4基因相比具有c. 4604dup突变的ABCA4基因突变 体的核酸序列，或者与野生型CNGB3基因相比具有选自下列的至少一种突变：c. 1774dup、 c. 129+1G>A和c. 1957G>A的CNGB3基因突变体的核酸序列，或者与野生型TOE6C基因相比 具有选自下列的至少一种突变：c. 1935+ldel、c. 2518+5G>C和c. 1004+1G>A的PDE6C基因 突变体的核酸序列，或者与野生型RPGRIP1基因相比具有c. 2592T>G突变的RPGRIP1基因 突变体的核酸序列，或者与野生型CACNA1F基因相比具有c. 2542G>A突变的CACNA1F基因 突变体的核酸序列，或者同时包含上述各种基因突变体的核酸序列。由此，本专利技术的构建体 转化受体细胞获得的重组细胞，能够有效地用作锥杆营养不良症相关研究的模型。 根据本专利技术的第六方面，本专利技术还提出了一种重组细胞。根据本专利技术的实施例，该 重组细胞本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种分离的核酸，其特征在于，与野生型ABCA4基因相比，所述核酸具有c.4604dup突变；或者与野生型CNGB3基因相比，所述核酸具有选自下列的至少一种突变：c.1774dup、c.129+1G>A和c.1957G>A；或者与野生型PDE6C基因相比，所述核酸具有选自下列的至少一种突变：c.1935+1del、c.2518+5G>C和c.1004+1G>A；或者与野生型RPGRIP1基因相比，所述核酸具有c.2592T>G突变；或者与野生型CACNA1F基因相比，所述核酸具有c.2542G>A突变，任选地，所述核酸为DNA。

【技术特征摘要】
2013.06.10 CN 201310270648.61. 一种分离的核酸，其特征在于， 与野生型ABCA4基因相比，所述核酸具有c. 4604dup突变；或者 与野生型CNGB3基因相比，所述核酸具有选自下列的至少一种突变：c. 1774dup、 c. 129+1G>A 和 c. 1957G>A ;或者 与野生型TOE6C基因相比，所述核酸具有选自下列的至少一种突变：c. 1935+ldel、 c. 2518+5G>C 和 c. 1004+1G>A ;或者 与野生型RPGRIP1基因相比，所述核酸具有c. 2592T>G突变；或者 与野生型CACNA1F基因相比，所述核酸具有c. 2542G>A突变， 任选地，所述核酸为DNA。2. -种筛选易感锥杆营养不良症的生物样品的方法，其特征在于，包括以下步骤： 从所述生物样品提取核酸样本； 确定所述核酸样本的核酸序列； 所述核酸样本的核酸序列或其互补序列，与野生型ABCA4基因相比具有c. 4604dup突 变，或者与野生型CNGB3基因相比具有选自下列的至少一种突变：c. 1774dup、c. 129+1G>A 和c. 1957G>A，或者与野生型TOE6C基因相比具有选自下列的至少一种突变：c. 1935+ldel、 c. 2518+5G>C和c. 1004+1G>A，或者与野生型RPGRIP1基因相比具有c. 2592T>G突变，或者 与野生型CACNA1F基因相比具有c. 2542G>A突变，是所述生物样品易感锥杆营养不良症的 指示， 任选地，所述生物样品为选自人体血液、皮肤、毛发和肌肉的至少一种， 任选地，所述核酸样本为全基因组DNA。3. 根据权利要求2所述的方法，其特征在于，从所述生物样品提取核酸样本进一步包 括： 从所述生物样品提取RNA样本，优选所述RNA样本为mRNA ;以及 基于所述RNA样本，通过反转录反应，获得cDNA样本，所述cDNA样本构成所述核酸样 本。4. 根据权利要求2所述的方法，其特征在于，确定所述核酸样本的核酸序列进一步包 括： 针对所述核酸样本，构建核酸测序文库；以及 对所述核酸测序文库进行测序，以便获得由多个测序数据构成的测序结果， 任选地，采用选自Hiseq2000、S0LiD、454和单分子测序装置的至少一种对所述核酸测 序文库进行测序。5. 根据权利要求4所述的方法，其特征在于，针对所述核酸样本，构建核酸测序文库进 一步包括： 利用选自ABCA4、CNGB3、TOE6C、RPGRIP1和CACNA1F基因外显子特异性引物的至少一 种，对所述核酸样本进行PCR扩增；以及 针对所得到的扩增产物，构建所述核酸测序文库， 任选地， 所述ABCA4基因外显子特异性引物具有如SEQ ID N0:l-2所示的核苷酸序列； 所述CNGB3基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO :3-8所示的核苷酸序列； 所述TOE6C基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO :9-14所示的核苷酸序列； 所述RPGRIP1基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO :15-16所示的核苷酸序列； 所述CACNA1F基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO :17-18所示的核苷酸序列， 任选地， 针对c. 1774dup突变，所述CNGB3基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO :3-4所示 的核苷酸序列； 针对c. 129+1G>A突变，所述CNGB3基因外显子特异性引物具有如SEQ ID N0:5-6所示 的核苷酸序列； 针对c. 1957G>A突变，所述CNGB3基因外显子特异性引物具有如SEQ ID NO :7-8所示 的核苷酸序列， 任选地， 针对c.l935+ldel突变，所述roE6C基因外显子特异性引物具有如SEQIDN0:9-10所 示的核苷酸序列； 针对c. 2518+5G>C突变，所述TOE6C基因外显子特异性引物具有如SEQ ID N0:ll-12 所示的核苷酸序列； 针对c. 1004+1G>A突变，所述TOE6C基因外显子特异性引物具有如SEQ ID N0:13-14 所示的核苷酸序列。6. -种筛选易感锥杆营养不良症的生物样品的系统，其特征在于，包括： 核酸提取装置，所述核酸提取装置用于从所述生物样品提取核酸样本； 核酸序列确定装置，所述核酸序列确定装置与所述核酸提取装置相连，用于对所述核 酸样本进行分析，以便确定所述核酸样本...

【专利技术属性】
技术研发人员：管李萍，张清岩，王俊，
申请(专利权)人：深圳华大基因科技有限公司，
类型：发明
国别省市：广东;44