本发明专利技术提供了一种辅助诊断待测胎儿是否为21-三体综合征患者的试剂盒，包括核苷酸测序工具、samtools-0.1.19软件、21-三体综合征筛查程序和记载如下操作规程的载体：(1)取正常对照血样本以及待测血样本，测序；(2)在21-三体综合征筛查程序中调用samtools-0.1.19软件，将正常对照血样本以及待测血样本的测序结果输入21-三体综合征筛查程序，输入“perl T21.pl ctrl test n”，程序输出xi(i＝1～n)；是xi(i＝1～n)的平均值；sd(x)是xi(i＝1～n)的标准差；t(n-1)(x)是自由度为n-1的t分布的概率密度函数；如果p﹤0.01，待测胎儿为候选的21-三体综合征患者；如果p﹥0.01,待测胎儿为候选的非21-三体综合征患者。
【技术实现步骤摘要】
一种辅助诊断待测胎儿是否为21-三体综合征患者的试剂盒
本专利技术涉及一种辅助诊断待测胎儿是否为21-三体综合征患者的试剂盒。
技术介绍
21-三体综合征，又称先天愚型或Down综合征，是小儿最为常见的由常染色体畸变性所导致的出生缺陷类疾病。现代医学证实，21-三体综合征发生率与母亲怀孕年龄有相关，系21号染色体的异常(多了一条21号染色体)。高龄孕妇、卵子老化是发生不分离的重要原因。21-三体综合征患儿的表征如下：(1)具明显的特殊面容体征，如眼距宽、鼻根低平、眼裂小、眼外侧上斜、有内眦赘皮、外耳小、舌胖、常伸出口外、流涎多、身材矮小、头围小于正常，头前/后径短、枕部平呈扁头、颈短、皮肤宽松、骨龄常落后于年龄、出牙延迟且常错位、头发细软而较少、前囟闭合晚、顶枕中线可有第三囟门、四肢短、韧带松弛、关节可过度弯曲、手指粗短、小指中节骨发育不良使小指向内弯曲、指骨短、手掌三叉点向远端移位等，常见通贯掌纹、草鞋足，拇趾球部约半数患儿呈弓形皮纹；(2)常呈现嗜睡和喂养困难，其智能低下表现随年龄增长而逐渐明显，智商25～50，动作发育和性发育都延迟；(3)男性唐氏婴儿长大至青春期，也不会有生育能力；而女性唐氏婴儿长大后有月经，并且有可能生育；(4)患儿常伴有先天性心脏病等其他畸形，因免疫功能低下，易患各种感染，白血病的发生率比一般增高10～30倍，如存活至成人期，则常在30岁以后即出现老年性痴呆症状。羊水细胞染色体检查(羊膜腔穿刺)，即在B超引导下，将针通过孕妇腹部刺入羊水中，抽取羊水，对胎儿细胞进行染色体分析，适宜孕16～20周的孕妇)，是唐氏综合征产前诊断的一种有效方法。羊膜腔穿刺筛查结果为“高危”的孕妇需要经胎儿脐静脉穿刺确诊胎儿是否为唐氏综合征患儿。
技术实现思路
本专利技术的目的是提供一种辅助诊断待测胎儿是否为21-三体综合征患者的试剂盒。本专利技术提供了一种辅助诊断待测胎儿是否为21-三体综合征患者的试剂盒，包括核苷酸测序仪器、samtools-0.1.19软件、21-三体综合征筛查程序和记载有如下操作规程和判断标准的载体：(1)取一个正常对照血样本以及待测血样本，提取各个样本的基因组DNA，测序，得到各个样本的全基因组测序结果；(2)在21-三体综合征筛查程序中调用samtools-0.1.19软件，将步骤(1)得到的正常对照血样本的全基因组测序结果以及步骤(1)得到的待测血样本的全基因组测序结果输入21-三体综合征筛查程序，输入以下命令“perlT21.plctrltestn，n为10以上30以下的自然数”，程序输出xi(i＝1～n)；是xi(i＝1～n)的平均值；sd(x)是xi(i＝1～n)的标准差；t(n-1)(x)是自由度为n-1的t分布的概率密度函数；如果p﹤0.01，待测胎儿为候选的21-三体综合征患者；如果p﹥0.01,待测胎儿为候选的非21-三体综合征患者。如果p﹦0.01，需要进行胎儿脐静脉穿刺检查。所述21-三体综合征筛查程序的计算机语言如下：所述21-三体综合征筛查程序的编程语言:Perl。所述21-三体综合征筛查程序的操作系统：Linux。所述21-三体综合征筛查程序的运行条件：系统中已经安装samtools-0.1.19。n具体可为20。所述正常对照血样本具体可为已生产下正常婴儿的母亲处于孕12周-孕24周时抽取并留存的外周血。所述待测血样本具体可为待测孕妇处于孕12周-孕24周时抽取的外周血。所述核苷酸测序仪器可为IonTorrentTMPersonalGenome(PGM)(lifetechonologies)。无创21三体产前检验能在不对母体和胎儿产生危害的情况下以较高的精度和灵敏度得到胎儿罹患21-三体综合症的风险率。本专利技术的优势如下：(1)传统的方法需要构造一个正常样本的分布，为了保证分布的准确性，至少需要10个以上的正常样本的数据，这使得测序的成本大大增加了；本专利技术提供的方法只需要一个已知的正常样本就能检验受试样本。样本量需求小，成本低。(2)在传统的方法中，需要构造一个正常样本的分布，但是这很难保证每次测序的条件都相同，因此可能会对数据造成一定的噪声，从而降低所构造的分布的准确性；本专利技术提供的方法是在同一次测序中同时测了正常样本和受试样本，能够保证测序条件完全相同，从而降低了噪声，使得测序结果更加准确。具体实施方式以下的实施例便于更好地理解本专利技术，但并不限定本专利技术。下述实施例中的实验方法，如无特殊说明，均为常规方法。下述实施例中所用的试验材料，如无特殊说明，均为自常规生化试剂商店购买得到的。以下实施例中的定量试验，均设置三次重复实验，结果取平均值。患儿母体血样本为已进行胎儿脐静脉穿刺检查并确认怀有21-三体综合征胎儿的孕妇(均为知情同意的志愿者)处于孕12周-孕24周时抽取并留存的外周血。取17个来自不同孕妇的外周血，依次命名为Run1_bc001、Run1_bc004、Run1_bc005、Run2_bc005、Run2_bc007、Run3_bc015、Run3_bc016、Run4_bc005和Run4_bc015、Run5_bc001、Run6_bc001、Run7_bc002、Run7_bc006、Run8_bc028、Run9_bc007、Run9_bc028、Run9_bc029。正常对照血样本为已生产下正常婴儿的母亲(均为知情同意的志愿者)处于孕12周-孕24周时抽取并留存的外周血。取28个来自不同孕妇的外周血，依次命名为Run1_bc002、Run1_bc003、Run1_bc006、Run2_bc008、Run3_bc012、Run3_bc013、Run3_bc014、Run4_bc013、Run4_bc016、Run4_bc020、Run5_bc005、Run5_bc014、Run5_bc021、Run5_bc022、Run5_bc026、Run6_bc014、Run6_bc015、Run6_bc017、Run6_bc019、Run6_bc024、Run7_bc012、Run7_bc014、Run8_bc017、Run8_bc022、Run8_bc024、Run9_bc011、Run9_bc015、Run9_bc017。由于待测血样本的未知性，患儿母体血样本和正常对照血样本均可作为待测血样本。21-三体综合征筛查程序的计算机语言如下：21-三体综合征筛查程序的编程语言:Perl；21-三体综合征筛查程序的操作系统：Linux；21-三体综合征筛查程序的运行条件：系统中已经安装samtools-0.1.19；21-三体综合征筛查程序的使用方法：将21-三体综合征筛查程序的计算机语言保存为一个文本文件，命名为T21.pl；待测血样本的全基因组的序列文件名为test.bam；正常对照血样本的全基因组的序列文件名为ctrl.bam；设定将21号染色体平均分为n个窗口(即输入以下命令：perlT21.plctrltestn；n为10以上30以下的自然数)，得到正常对照血样本和待测血样本在21号染色体上n个窗口中对应的序列的百分含量的差值，即xi＝Controli-Testi，(i＝1～n)。实施例、采用本专利技术的方法辅助诊断待测胎儿本文档来自技高网...
【技术保护点】
一种辅助诊断待测胎儿是否为21‑三体综合征患者的试剂盒，包括核苷酸测序仪器、samtools‑0.1.19软件、21‑三体综合征筛查程序和记载有如下操作规程和判断标准的载体：(1)取一个正常对照血样本以及待测血样本，提取各个样本的基因组DNA，测序，得到各个样本的全基因组测序结果；(2)在21‑三体综合征筛查程序中调用samtools‑0.1.19软件，将步骤(1)得到的正常对照血样本的全基因组测序结果以及步骤(1)得到的待测血样本的全基因组测序结果输入21‑三体综合征筛查程序，输入以下命令“perl T21.pl ctrl test n，n为10以上30以下的自然数”，程序输出xi(i＝1～n)；是xi(i＝1～n)的平均值；sd(x)是xi(i＝1～n)的标准差；t(n‑1)(x)是自由度为n‑1的t分布的概率密度函数；如果p﹤0.01，待测胎儿为候选的21‑三体综合征患者；如果p﹥0.01,待测胎儿为候选的非21‑三体综合征患者；所述21‑三体综合征筛查程序的计算机语言如下：
【技术特征摘要】
1.核苷酸测序仪器、samtools-0.1.19软件、21-三体综合征筛查程序和记载有如下操作规程和判断标准的载体在制备辅助诊断待测胎儿是否为21-三体综合征患者的系统中的应用：(1)取一个正常对照血样本以及待测血样本，提取各个样本的基因组DNA，测序，得到各个样本的全基因组测序结果；(2)在21-三体综合征筛查程序中调用samtools-0.1.19软件，将步骤(1)得到的正常对照血样本的全基因组测序结果以及步骤(1)得到的待测血样本的全基因组测序结果输入21-三体综合征筛查程序，程序输出xi，i＝1～n，n为用于分割染色体的window的数量；是xi的平均值；sd(x)是xi的标准差；t(n-1)(x)是自由度为n-1的t分布的概率密度函数；如果p﹤0.01，待测胎儿为候选的21-三体综合征患者；如果p﹥0.01,待测胎儿为候选的非21-三体综合征患者；所述核苷酸测序仪器为IonTorrentTMPersonalGenome所述21-三体综合征筛查程序如下：使用文件句柄模块；指定待比较的第一个样本为程序的第一个输入参数；指定待比较的第二个样本为程序的第二个输入参数；指定分割染色体的window的数量为程序的第三个输入参数；预处理第一个样本，具体步骤见后；得到第一个样本的总的染色体读数；得到第一个样本的21号染色...
【专利技术属性】
技术研发人员：师咏勇，沈佳薇，温祖佳，
申请(专利权)人：上海交通大学，
类型：发明
国别省市：上海;31
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