用于诊断肺癌侵袭性和遗传不稳定性的标记制造技术

本发明专利技术涉及用于从患者的肺癌样本来诊断在所述患者中肺癌侵袭性的方法，包括：a)体外检测DNA复制应力标记的表达谱，所述标记包括CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因；以及任选地RAD51；b)将所述表达谱与参考表达谱进行比较；以及d)从所述比较中诊断癌的侵袭性。还描述了专用微阵列和试剂盒，以及选择或调整合适治疗的方法。

【技术实现步骤摘要】
【国外来华专利技术】
本专利技术涉及肺癌管理领域，包括诊断所述癌的侵袭性和选择合适的治疗。本专利技术基于以下发现：过表达的标记，包括CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因，以及任选地RAD51基因，与肿瘤的侵袭性高度相关，因此与患者的生存高度相关。
技术介绍
癌症是多元的疾病，其中一组细胞显示出不受控的增长、侵入并摧毁相邻组织的浸润，并且有时经由淋巴或血液转移或扩散至身体的其它部位。癌的这三种恶性性质将其与不浸润或转移的良性肿瘤区分开来。肺癌-主要为非小细胞肺癌(NSCLC)-是全世界癌症死亡的首要原因，其导致每年约100万人死亡。尤其是对于不吸烟的女性，它的发病率上升。虽然在预防、筛查、切除方法和化学疗法方案上的进步，只有约15％的患者存活5年以上。对于患者，选择合适的治疗至关重要。有必要知道什么时候立刻使用剧烈的积极治疗操作以防止侵袭性癌的扩散。相反地，当患者所携带的肿瘤没有必要的时候进行剧烈的积极治疗，对于患者也是不利的。事实上，剧烈的积极治疗常常导致不利的毒性，可能严重影响患者的生活质量。此外，这种剧烈的积极治疗通常非常昂贵，因此仅应在必须时才进行。目前，对实体瘤的治疗选择基于肿瘤分期(staging)，其通常使用来自美国癌症联合委员会(AJCC)的肿瘤/结节/转移(TNM)测试进行。TNM系统基于三种类别分配一个数字。“T”表示肿瘤大小，″N″表示淋巴结参与的程度，以及“M”表示转移程度。癌症更宽的分期通常被引作数字I、II、III、IV，其源自根据预后分组的TNM值；更高的数字代表更多进展的癌症和可能更坏的结果。在患者诊断患有实体癌的分期中，尽管此测试和分期系统提供了一些关于分期的有价值信息，通常认为其不精确和不充分。特别是，其不能鉴定肿瘤进展的最早期。另外，TNM测试不能给出肿瘤侵袭性的信息，因而其对预后的用处受到限制。根据临床医师和病理学家，因此目前的临床分期“肿瘤结节转移”(TNM)系统对于预测患者的结局不充分。真正需要更好的癌症预后测试，其不仅仅改善患者的全面生存，还改善了他们的生活质量，并且使真正能从积极的高花费化学疗法受益的患者坚持该化学疗法。特别是，需要能够可靠地用于肺癌预后的新的强大预后标志物。在试图鉴定患者预后和对治疗反应的预测因子(predicator)中，许多描述在肺癌中基因表达的研究已经完成或正在进行中。到目前为止，这些遗传测试为标准预测方法添加了适度的预后信息。事实上，这些多基因标记大多获自数以千计基因的基于无偏倚微阵列分析的筛选，因此大多数包括“终点”选择的细胞增殖相关基因，即在肿瘤发生的最后阶段驱动细胞周期进展或肿瘤分化的基因。然而，后两者的这些特征已经通过标准的临床病理标志物，如组织学分级、有丝分裂计数、Ki67指数等得以评估，所述临床病理标志物也捕获增殖状态。由于常规的临床分期分类不足以预测患有肺癌患者的生存，需要额外的预后因素以更好地预测其结局。本专利技术人已经表明，DNA复制应力(stress)标记是癌症生存的预测因子。
技术实现思路
本专利技术已经鉴定出DNA复制应力标记，并已经显示这种标记与肺癌中的不良预后相关。更具体地，一组基因，其包括CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ，在肺癌中过表达，并且这种过表达给出关于患者预后的信息。例如，在93类肺癌的大多数中发现这四个基因过表达。不管进行何种生存期检查(总体生存、无复发生存、无疾病生存)，这种过表达都与患者生存相关。明显地，在这4个基因标记和患者生存之间的统计学相关不依赖于肿瘤分期和治疗，当在这种标记包括RAD51时这种相关性甚至更好。因此，本专利技术提供用于诊断在患者中肺癌侵袭性的DNA复制应力基因标记，所述标记包括CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因。有利地，所述标记进一步包括RAD51基因。在优选的实施方案中，所述标记由CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因组成。在另一优选的实施方案中，所述标记由CDC6、CLASPIN、PLK1、POLQ和RAD51基因组成。在另一方面，本专利技术还涉及用于诊断患者中肺癌侵袭性的方法。根据本专利技术的方法，DNA复制应力基因标记的基因升高的表达水平说明所述癌症的侵袭性。因此，本专利技术提供一种用于诊断患者中肺癌的侵袭性的方法，其包括以下步骤：a)从所述患者的生物样本中检测DNA复制应力基因标记的表达谱，所述标记包括CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因；b)将步骤a)的表达谱与至少一种参考表达谱进行比较；以及c)从所述比较中诊断肺癌的侵袭性或非侵袭性。在本专利技术方法的优选实施方案中，所述标记进一步包括RAD51基因。在本发明方法的另一优选实施方案中，所述标记由CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因组成。在一个甚至更优选的实施方案中，所述标记由CDC6、CLASPIN、PLK1、POLQ和RAD51基因组成。如本文所用，术语“癌”和“癌性的”指或描述哺乳动物中通常以失控的细胞生长为特征的病理状态。本文使用的术语“癌”和“癌性的”意为包括该疾病的所有分期。因此，本文所用的“癌”可包括良性和恶性肿瘤两者。根据本专利技术的“肺癌”是非小细胞肺癌或小细胞肺癌。优选地，本专利技术的肺癌是非小细胞肺癌(NSCLC)。更优选地，本专利技术的NSCLC选自：鳞状细胞癌、大细胞癌、腺癌、多形性癌、类癌瘤和未分类的肺癌。最优选地，NSCLC是鳞状细胞癌、大细胞癌或腺癌。如本文所用，术语“POLQ”指编码DNA聚合酶θ的人类基因(Entrez基因ID号：10721；mRNA序列参照号:NM_199420.3；蛋白序列参照号:NP_955452.3)；术语“PLK1”指编码polo样激酶1的人类基因(mRNA序列参考号：NM_005030；蛋白序列参考号：NP_005021.2)；术语“CLASPIN”指编码Chk1的调节因子的人类基因，所述基因也被指定为CLSPN(mRNA序列参考号：NM_001190481.1；蛋白序列参考号：NP_001177410.1)；术语“CDC6”指编码复制起始所需蛋白的人类基因(mRNA序列参考号：NM_001254.3；蛋白序列参考号：NP_001245.1)；以及术语“RAD51”指编码协助修复DNA双链断裂的蛋白的人类基因(mRNA序列参考号：NM_002875；蛋白序列参考号：NP_002866)。此外，本专利技术包括所述基因的所有同种型。如此处所用的同种型，涉及所述基因的所有不同形式，并本文档来自技高网...

【技术保护点】
一种用于诊断患者中肺癌侵袭性的方法，其包括以下步骤：a)从所述患者的生物样本检测DNA复制应力基因标记的表达谱，所述标记包括CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因；b)将步骤a)的表达谱与至少一种参考表达谱进行比较；以及c)从所述比较中诊断肺癌为侵袭性或非侵袭性。

【技术特征摘要】
【国外来华专利技术】2012.01.05 EP 12305012.21.一种用于诊断患者中肺癌侵袭性的方法，其包括以下步骤：
a)从所述患者的生物样本检测DNA复制应力基因标记的表达谱，所述标记
包括CDC6、CLASPIN、PLK1和POLQ基因；
b)将步骤a)的表达谱与至少一种参考表达谱进行比较；以及
c)从所述比较中诊断肺癌为侵袭性或非侵袭性。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述标记还包括RAD51基因。
3.根据权利要求1至2中任一项所述的方法，其中通过测量所述标记的每个
基因的表达水平进行根据步骤a)的表达谱检测。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的方法，其中通过测量在参考样本中所
述标记的每个基因的表达水平获得所述参考表达谱。
5.根据权利要求4所述的方法，其中所述参考表达样本是来自所述患者的健
康肺组织样本。
6.根据权利要求1至5中任一项所述的方法，其中对于所述标记的每个基因
通过计算在测试生物样本中的表达水平和参考样本中的表达水平之间的表达水平
比来进行步骤b)的比较。
7.根据权利要求1至6中任一项所述的方法，其中通过将获得的表达水平比
与相应阈值进行比较来获得诊断。
8.根据权利要求1至7中任一项所述的方法，其包括将所述标记的每个基因
的表达水平对于对照基因的表达水平进行归一化的步骤。
9.根据权利要求8所述的方法，其中所述对照基因是管家基因。
10.根据权利要求9所述的方法，其中所述管家基因是选自B2M、TFRC、
YWHAZ、RPLO、18S、GUSB、UBC、TBP、GAPDH、PPIA、POLR2A、ACTB、
PGK1、HPRT1、IPO8和HMBS的基因。
11.根据权利要求10所述的方法，其中所述基因选自IPO8、HMBS、GUSB
和UBC。
12.根...

【专利技术属性】
技术研发人员：C·卡佐，JS·霍夫曼，
申请(专利权)人：国家科学研究中心，
类型：发明
国别省市：法国;FR